NepTrain 1.3.3

NEP自动训练

安装

Python包索引PyPI中的版本始终是相对无bug的最新稳定版本，可以通过pip安装:

pip install NepTrain

如果你想在主分支上使用最新未发布的更改，你可以直接从GitHub安装:

pip install -U git+https://github.com/aboys-cb/NepTrain

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软件架构

建议使用 Python 3.10 以上版本。旧版本可能会报错类型错误。 推荐使用GPUMD3.9.5以上的版本。

使用方式

修改vim ~/.NepTrain 修改赝势文件路径, 如果没有这个文件，请任意执行一次NepTrain init

1. 初始化

首先先初始化下 会在当前目录下创建提交脚本

NepTrain init

(mysci) aboy@aboy:/mnt/d/Desktop/1$ NepTrain init
[2024-11-05 13:20:57.264180]-- 对于已有的文件我们选择跳过，如果需要强行生成覆盖，请使用-f 或者--force。
[2024-11-05 13:20:57.270163]-- 创建./structure，请将需要跑md的扩包结构放到该文件夹！
[2024-11-05 13:20:57.285512]-- 请检查sub_vasp.sh中的队列信息以及环境设置！
[2024-11-05 13:20:57.289824]-- 请检查sub_gpu.sh中的队列信息以及环境设置！
[2024-11-05 13:20:57.294086]-- 您需要检查修改job.yaml的vasp_job以及vasp.cpu_core。
[2024-11-05 13:20:57.294713]-- 同样需要检查修改job.yaml的gpumd主动学习的设置！
[2024-11-05 13:20:57.472578]-- 创建run.in，您可修改系综设置！温度和时间程序会修改！
[2024-11-05 13:20:57.478132]-- 初始化完成，您在检查好文件后，运行NepTrain train job.yaml即可

2. 制作训练集（可选）

针对结构或者结构文件生成微扰训练集

0.03的晶格形变+0.1的原子扰动

NepTrain perturb ./structure/Cs16Ag8Bi8I48.vasp --num 200 --cell 0.03 -d 0.1 -o train.xyz

3. 提交任务

在修改提交脚本以及任务配置后，在登陆节点运行以下命令即可

NepTrain train job.yaml

如果是后台运行 配合nohup即可

nohup NepTrain train job.yaml &

如果中途出现异常停止了，目录下有一个restart.yaml 执行以下命令即可

NepTrain train restart.yaml

以下是单独使用部分功能的命令demo

• 很多参数都是默认的可通过-h查看 比如NepTrain vasp -h

计算VASP单点能

NepTrain vasp demo.xyz -np 64 -g --kpoints 20  

如果想修改执行目录 输出目录 以及指定incar 参考以下命令

NepTrain vasp demo.xyz -np 64 --directory ./cache -g --incar=./INCAR --kpoints 20 -o ./result/result.xyz

执行主动学习

对./structure的结构跑300k、500k 10ps的md

NepTrain gpumd ./structure  -t 10 -T 300 500

更多细节参数执行NepTrain gpumd -h