VedatMSA 1.0.1

MUSCLE algoritmasıyla Çoklu Dizi Hizalaması

VedatMSA

MUSCLE algoritmasıyla Çoklu Dizi Hizalaması (Multiple Sequence Alignment)

Vedat Ersoy — İstanbul Rumeli Üniversitesi Yazılım Mühendisliği

Kurulum

pip install VedatMSA

Kullanım

from vedatmsa import muscle

diziler = [
    ("Insan",  "ATCGATCGTTGCA"),
    ("Fare",   "ATCGTTCGTTGCA"),
    ("Tavuk",  "ATCGAACGTTGTA"),
]

sonuc = muscle(diziler, verbose=True)

for isim, hizalanmis in sonuc:
    print(f"{isim:10} {hizalanmis}")

Algoritma

MUSCLE 3 aşamada çalışır:

1. Aşama 1 — k-mer mesafe matrisi + UPGMA ağacı + progressive alignment
2. Aşama 2 — Hizalanmış dizilerle yeni mesafe matrisi + yeni ağaç + tekrar hizalama
3. Aşama 3 — Refinement: hizalamayı bölerek iteratif iyileştirme