Yucebio Wdl适配器
Project description
Yucebio Wdl适配器
- 根据不同云平台的Cromwell基础设施将通用的workflow内容转换适合对应平台的版本
- 已经支持的云
- Yucebio 本地SGE集群
- 阿里云批量计算平台
- 亚马逊云Batch平台
安装
# 初始化环境,如通过conda初始化python>=3.8的环境
conda create -n python3.8 python=3.8
# 安装依赖包
pip install click icecream requests
# 安装
pip install -i https://test.pypi.org/simple/ Yucebio-Wdladaptor
配置(基于Yucebio-Config,配置文件在~/.yucebioconfig/...)
# 查看使用方式
yucebio_wdl_adaptor --help
# 设置指定平台的配置信息
yucebio_wdl_adaptor config -p <platform> -g <global_path> -s <simg_path> -h <host>
# -p --platform 需要设置的平台
# -h --host 待设置平台的cromwell api地址,如 http://host:port
# -g --global_path 公共文件路径,用于替换输入文件中的__GLOBAL__
# -s --simg_path singularity镜像路径,用于替换输入文件中的__SIMG__
转换wdl到指定平台
yucebio_wdl_adaptor convert -p <platform> -i <json> [--submit|-s] <WDL>
# -i --input JSON文件路径
# -p --platform 平台名称
# -s --submit 是否直接投递任务【default:False】
# WDL workflow文件路径
Project details
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Download files
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Source Distributions
No source distribution files available for this release.See tutorial on generating distribution archives.
Built Distribution
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Hashes for Yucebio_Wdladaptor-0.0.8-py3-none-any.whl
Algorithm | Hash digest | |
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SHA256 | a3b13d711743fd695bc15ce4238788127b92c75f8edb2551ee5686a6661fb7ca |
|
MD5 | 3c293d14d524aa2d7bfac8ed7e060f0f |
|
BLAKE2b-256 | 64f7e5c07289d63c80191748be4c2c84d39028f2e47ae05d89ea9e3de68a40a8 |