bge-python-sdk 0.6.0

可用于调用 BGE 开放平台的相关接口。

BGE 开放平台 SDK - Python 版

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BGE 开放平台 是一个跨越多级数据的（多）组学数据平台，开发者在获得用户授权后，将可以通过开放平台提供的 API 访问关联用户的（多）组学数据，甚至写入数据。

基于开放平台 API，开发者可避免重复开发采样、提取、测序和生信分析等繁复的流程，直接使用清洁的结构化数据。

开发者可以通过开放平台提供的 API 创建极具创意性的（多）组学应用，如：

• 包含药物代谢或药物服用建议的应用
• 包含体检数据和营养代谢基因的餐饮应用
• 包含肠道菌群数据和痛风相关基因的痛风管理应用
• 基于祖源成分的社交网络应用，等等

BGE 开放平台 API 基于 OAuth 2.0 开发，并使用 SSL/TLS 加密传输，确保用户数据正确无误地授权，并安全地传输到第三方应用，确保用户数据不会被未经授权的应用获得。

安装

推荐使用 pip 进行安装。

$ pip install -U bge-python-sdk

或者

$ make install

再或者

$ python setup.py install

SDK 文档

更加详细的 SDK 文档请查看 SDK Documents。

快速开始

BGE 开放平台支持 OAuth2 的两种模式，分别是用户授权模式、客户端模式。

详情请参考开放平台文档 https://api.bge.genomics.cn/doc 。

ENDPOINTS

BGE 开放平台提供了如下可用的 endpoint。

endpoint	解释
https://api.bge.genomics.cn	线上环境 主域名地址
https://api.bge.omgut.com	线上环境 副域名地址，主域名地址不可用时可替换此域名地址

授权码模式

from bgesdk import OAuth2, API

code = '???????'  # 用户确认授权后平台返回的授权码
client_id = 'demo'
client_secret = 'demo'
redirect_uri = 'http://test.cn'
oauth2 = OAuth2(
    client_id, client_secret,
    endpoint='https://api.bge.genomics.cn', max_retries=3, timeout=16,
    verbose=False)
token = oauth2.exchange_authorization_code(code, redirect_uri)

api = oauth2.get_api(token.access_token)
print(api.get_user())

api = API(token.access_token)
print(api.get_user())

客户端模式

from bgesdk import OAuth2, API

client_id = 'demo'
client_secret = 'demo'
oauth2 = OAuth2(
    client_id, client_secret,
    endpoint='https://api.bge.genomics.cn', max_retries=3, timeout=16,
    verbose=False)
token = oauth2.get_credentials_token()

api = oauth2.get_api(token.access_token)
print(api.get_variants('E-B1243433', 'rs333'))

api = API(token.access_token)
print(api.get_variants('E-B1243433', 'rs333'))

Contributors

• xiangji1204's github
• leafcoder([e-mail])'s github