Command line interface for Bioinformatics.
Project description
biotools-cli
介绍
一个可扩展的,为生物信息学分析提供支持的命令行工具集合(当前仅支持 uniprotkb 网络药理学蛋白质转换基因名)。
软件架构
软件架构说明
安装教程
请确保你的计算机已经正确安装了 python
pip install biotools-cli
安装 python-Levenshtein 可以加速查找过程(可选)
pip install python-Levenshtein
使用说明
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根据你的需求下载 uniprotkb 数据库文件,一般我们选择 Swiss-Prot 和 Human,格式请选择 xml,如果你下载的是压缩文件,请将它解压。假设最终得到的文件为 uniprot_sprot_human.xml,并把它放置在 example 目录下。
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从 uniprot_sprot_human.xml 中提取蛋白质名称以及对应的基因名称并保存到 tsv 格式的文本文件中。
biotools uniprotkb extract .\example\uniprot_sprot_human.xml .\example\uniprot_sprot_human.xml.tsv
如果 xml 文件不变化,extract 命令则仅需要执行一次。
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准备蛋白质列表,protein.list,参考 .\example\protein.list
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查找对应的基因名称并保存结果到 .\example\gene.list
biotools uniprotkb lookup .\example\uniprot_sprot_human.xml.tsv .\example\protein.list .\example\gene.list
参与贡献
- Fork 本仓库
- 新建 Feat_xxx 分支
- 提交代码
- 新建 Pull Request
特技
- 使用 Readme_XXX.md 来支持不同的语言,例如 Readme_en.md, Readme_zh.md
- Gitee 官方博客 blog.gitee.com
- 你可以 https://gitee.com/explore 这个地址来了解 Gitee 上的优秀开源项目
- GVP 全称是 Gitee 最有价值开源项目,是综合评定出的优秀开源项目
- Gitee 官方提供的使用手册 https://gitee.com/help
- Gitee 封面人物是一档用来展示 Gitee 会员风采的栏目 https://gitee.com/gitee-stars/
Project details
Release history Release notifications | RSS feed
Download files
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Source Distribution
Built Distribution
Hashes for biotools_cli-0.1.8-py3-none-any.whl
Algorithm | Hash digest | |
---|---|---|
SHA256 | bc5c64041d2c9a0a309ac891560e041ba3cbca5f056a2e9cf10cc16a4b826939 |
|
MD5 | 93aa3dadf96b0a1b90b77666111665f7 |
|
BLAKE2b-256 | 4947fa123bc48eed0a01542bfbf66a3e23a73d0aabffc5e369f96379742e2e07 |