Tools for camphor
Project description
camptools
camphor用ツール
インストール
pip install camptools --user
コマンド一覧
ジョブを投入し、ジョブIDを記録する
$ nmyqsub <job file> -m <message> -d <directory>
jobを投入し、job情報を記録する(job_status.sh, joblist.shなどに使用)
directoryを指定した場合、指定ディレクトリに移動後にqsubを実行
$ myqsub <job file> -m <message> -d <directory>
jobを投入し、job情報を記録する(job_status.sh, joblist.shなどに使用)
directoryを指定した場合、指定ディレクトリに移動後にqsubを実行
投入されるjobファイルは、パラメータファイルplasma.inpに応じてノード数を決定し置換したもの
python環境にf90nmlが必要
<job file>の形式は以下のようにすること
1. #QSUB -A p={}:t=1:c=64:m=90G
2. aprun -n {} -d 1 -N 64 ./mpiemses3D plasma.inp
実行中のジョブ状態を確認する
$ job_status
jobの状態と標準出力の一部を出力
$ joblist
jobの状態を出力
これまでに投入したジョブ一覧を表示する
$ jobhistory -n <num outputs> --correct_date
過去のjobのリストを表示
<job id>, <directory>, <message>, <date>
--correct_date:
*.o*ファイルから日付を読み取りjobに日付情報を付加する
(この日付情報は保存されるため毎回呼ばなくても良い)
EMSESの継続ジョブを投入する
$ extentsim <from-dir> <to-dir> --run
EMSESの継続シミュレーションを行う
from-dirに存在するmpiemses3D, job.sh, SNAPSHOT1, generate_xdmf.pyをto-dirにコピーする
runフラグを指定するとmyqsubによるジョブの投入まで行う
ディレクトリセットを作成する
$ mymkdir --key <key> <directory>
keyで指定した構成のディレクトリを作成する
ディレクトリ構成の設定は~/copylist.jsonに記載する
簡易的なジョブファイルを作成する
$ cmdjob [-h] {register,create} ...
$ cmdjob register -ug <usergroup> -s <system> --local
作成するjobの設定を登録する
localフラグを指定するとそのディレクトリ以下での設定が変更される
$ cmdjob create <command> -o <output>
commandを実行するジョブファイルを作成する
出力ファイル名はoutputで指定(デフォルト: tmpjob.sh)
よく使うディレクトリのパスを記録する
$ checkpoint {register, clear, list}
$ checkpoint register -m <message>
カレントディレクトリをチェックポイントとして保存する
$ checkpoint clear -a -i <index>
チェックポイントを削除する
-aフラグを指定するとすべてのチェックポイントを削除する
-iフラグを指定すると指定した番号をチェックポイントを削除する
$ checkpoint list
チェックポイントのリストを表示する
システム内で同期をとる
$ filesync {lock, wait, notify}
$ filesync lock <key>
<key>名のロックを確保する (~/.camptools内にロック情報を書き込む)
$ filesync wait <key>
<key>名のロックが確保されていたら待機する
$ filesync notify <key>
<key>名のロックを解放する (~/.camptoolsからロック情報を削除する)
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SHA256 | 4760a5d929408de3eac101ccc055760797894fc842f3297fa11616a5be8390ef |
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SHA256 | ba4416af140a649ddfd3a30fd7ad2b72e61b844c8f70c6749cea1c6a33067142 |
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