Skip to main content

Tools for camphor

Project description

camptools

camphor用ツール

インストール

  pip install camptools --user

コマンド一覧

ジョブを投入し、ジョブIDを記録する

$ nmyqsub <job file> -m <message> -d <directory>
  jobを投入し、job情報を記録する(job_status.sh, joblist.shなどに使用)
  directoryを指定した場合、指定ディレクトリに移動後にqsubを実行

$ myqsub <job file> -m <message> -d <directory>
  jobを投入し、job情報を記録する(job_status.sh, joblist.shなどに使用)
  directoryを指定した場合、指定ディレクトリに移動後にqsubを実行
  投入されるjobファイルは、パラメータファイルplasma.inpに応じてノード数を決定し置換したもの
  python環境にf90nmlが必要
  
  <job file>の形式は以下のようにすること
    1. #QSUB -A p={}:t=1:c=64:m=90G
    2. aprun -n {} -d 1 -N 64 ./mpiemses3D plasma.inp

実行中のジョブ状態を確認する

$ job_status
  jobの状態と標準出力の一部を出力

$ joblist
  jobの状態を出力

これまでに投入したジョブ一覧を表示する

$ jobhistory -n <num outputs> --correct_date
  過去のjobのリストを表示
  <job id>, <directory>, <message>, <date>

  --correct_date: 
    *.o*ファイルから日付を読み取りjobに日付情報を付加する
    (この日付情報は保存されるため毎回呼ばなくても良い)

EMSESの継続ジョブを投入する

$ extentsim <from-dir> <to-dir> --run
  EMSESの継続シミュレーションを行う
  from-dirに存在するmpiemses3D, job.sh, SNAPSHOT1, generate_xdmf.pyをto-dirにコピーする
  runフラグを指定するとmyqsubによるジョブの投入まで行う

ディレクトリセットを作成する

$ mymkdir --key <key> <directory>
  keyで指定した構成のディレクトリを作成する
  ディレクトリ構成の設定は~/copylist.jsonに記載する

簡易的なジョブファイルを作成する

$ cmdjob [-h] {register,create} ...
$ cmdjob register -ug <usergroup> -s <system> --local
  作成するjobの設定を登録する
  localフラグを指定するとそのディレクトリ以下での設定が変更される
$ cmdjob create <command> -o <output>
  commandを実行するジョブファイルを作成する
  出力ファイル名はoutputで指定(デフォルト: tmpjob.sh)

よく使うディレクトリのパスを記録する

$ checkpoint {register, clear, list}
$ checkpoint register -m <message>
  カレントディレクトリをチェックポイントとして保存する
$ checkpoint clear -a -i <index>
  チェックポイントを削除する
  -aフラグを指定するとすべてのチェックポイントを削除する
  -iフラグを指定すると指定した番号をチェックポイントを削除する
$ checkpoint list
  チェックポイントのリストを表示する

システム内で同期をとる

$ filesync {lock, wait, notify}
$ filesync lock <key>
  <key>名のロックを確保する (~/.camptools内にロック情報を書き込む)
$ filesync wait <key>
  <key>名のロックが確保されていたら待機する
$ filesync notify <key>
  <key>名のロックを解放する (~/.camptoolsからロック情報を削除する)

Project details


Download files

Download the file for your platform. If you're not sure which to choose, learn more about installing packages.

Source Distribution

camptools-0.9.1.tar.gz (20.8 kB view hashes)

Uploaded Source

Built Distribution

camptools-0.9.1-py3-none-any.whl (28.4 kB view hashes)

Uploaded Python 3

Supported by

AWS AWS Cloud computing and Security Sponsor Datadog Datadog Monitoring Fastly Fastly CDN Google Google Download Analytics Microsoft Microsoft PSF Sponsor Pingdom Pingdom Monitoring Sentry Sentry Error logging StatusPage StatusPage Status page