Accelerate cell annotation in SingleR by GPU
Project description
cuSingleR
基于python版本SingleR软件,使用cuda加速.
编译whl
系统环境需要安装 cuda-toolkit 11.4 / gcc<11
export PATH=/usr/local/cuda/bin:$PATH
export LD_LIBRARY_PATH=/usr/local/cuda/lib64:$LD_LIBRARY_PATH
python setup.py sdist bdist_wheel
编译后的whl存放在dist目录
运行
python test/test_basic.py data/GSE84133_GSM2230761_mouse1.h5ad data/GSE84133_GSM2230762_mouse2.h5ad data/result.tsv
参数解释:
- 第一个参数表示reference的数据,格式为h5ad
- 第二个参数表示query的数据,格式为h5ad
- 第三个参数为输出文件,按tab分割的三列数据,分别表示cell/firstLabel/finalLabel
详情见脚本 test/test_basic.py
注意: 由于h5ad格式可能存在不同字段,如果脚本报错需要修改正确的字段以保证程序能获取到数据
输入文件要求
-
ref/qry输入文件均需有/X/data /X/indices /X/indptr 存储矩阵数据; 有/var/_index 存储基因名
-
ref需有 /obs/ClusterName/codes /obs/ClusterName/categories 或/obs/celltype/codes /obs/celltype/categories 存储分类结果
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qry需有 /obs/_index 存储细胞名
-
程序不会对h5ad数据做log2处理,如有此需要请客户自行对数据做预处理
-
如遇ref和qry的gene不完全一致,程序会自动取基因的交集参与计算,如果没有一个相同基因,则程序报错退出
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Source Distribution
cusingler-1.1.0.tar.gz
(6.1 kB
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Built Distributions
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Hashes for cusingler-1.1.0-cp38-cp38-win_amd64.whl
Algorithm | Hash digest | |
---|---|---|
SHA256 | b1d50ce15b8b7dfa3ef0471b8d26bc90e203037aedbcac8ce3720b4b67b53575 |
|
MD5 | ea269346b089d71a382ec1963b30a122 |
|
BLAKE2b-256 | 38f624ae0a294a5423636b81c101a0e3b0fb8797075a157ca6c57571f0386fa1 |
Close
Hashes for cusingler-1.1.0-cp38-cp38-manylinux1_x86_64.whl
Algorithm | Hash digest | |
---|---|---|
SHA256 | b2d3da9d520f94878f55190d79a25a2796d35a3191e35c3cb0f4a46baff75386 |
|
MD5 | 9e4f6413a8d6060fd3330f5498197006 |
|
BLAKE2b-256 | d43e6f20ababb85ce8fdf2300c8abe449d14b5e05f319b2ce6adbfb91065ffac |