dspawpy 1.0.3

Tools for dspaw

简介

dspawpy 是 DS-PAW 的后处理辅助工具，提供一些数据抓取、换算、结构转化、绘图功能

安装提示

如果普通pip可以安装dspawpy，但是conda环境中的pip无法安装，报错

ERROR: Could not find a version that satisfies the requirement dspawpy

那么，尝试升级conda和pip

conda update conda
conda update pip

再重新用pip安装。

详见 https://stackoverflow.com/questions/75542688/conda-installed-pip-failed-to-find-packages/75542962#75542962

版本更新简述

1.0.3

• BUG修复： 解决浮点数过大时volumetricData相关文件浮点数粘在一起的问题
• BUG修复： plot_barrier()读取neb.h5/json绘制能垒图时，反应坐标依旧累加
• BUG修复： plot_bandunfolding()能带反折叠费米能级被默认置零
• 功能强化： 新增cube格式用于保存volumetricData
• 功能强化： 全局支持相对路径与绝对路径混写
• 功能强化： datafile参数以及io.read以及diffusion.nebtools模块中的相应参数，可以是文件位置，也可以是文件所在的文件夹路径
• 功能强化： build_Structures_from_datafile()增加task参数，用于配合datafile为文件夹路径的情况
• 重要变更： 移除中文提示语句，精简提示信息
• 重要变更： volumetricData默认使用cube格式写入
• 重要变更： 移除thermo_correction()，一个单纯的外包装函数
• 细节修改： 保存图片或文件时，统一使用 ==> 标记文件绝对路径

1.0.2

• BUG修复： 当存在Fix或Mag信息时，structure.as 坐标类型可能解析错误的问题
• 功能强化： 预览NEB链条函数改名 write_xyz(json)_chain，增加dst参数制定保存路径
• 功能强化： potential 中数据集不预作限制
• 功能强化： get_lagtime_msd, get_lagtime_rmsd 自动从数据文件中读取timestep（以前必须手动指定）
• 细节修改： 优化部分提示语句

1.0.1

• BUG修复： to_file绑定filename参数，避免老版本pymatgen的兼容性问题
• BUG修复： average_along_axis的task参数改成大小写敏感，避免rhoBound任务类型解析错误
• 功能强化： 将文件存入不存在的目录前，先创建（支持相对路径）
• 功能强化： write_VESTA和average_along_axis增加subtype参数，指定TotalLocalPotential数据

1.0.0

• BUG修复： 文件开头增加utf8编码声明
• 功能强化： 电荷密度差分支持更多组分（不限二元）
• 重要变更： io.utils的getZPE、getTSads、getTSgas函数，增加参数用于将计算结果存入文件
• 重要变更： io.write.write_VESTA() data_type参数可选值从boundcharge改成rhoBound，且大小写敏感，从而保持与DS-PAW输出文件名相同

0.9.9

• BUG修复： 修复新版numpy不支持混用array和list生成数组的问题
• BUG修复： 修复从json文件读能带时zero_to_efermi不生效的问题
• 新增功能： build_Structures_from_datafile模块支持读取 neb.h5 和 phonon.h5 文件
• 重要变更： 移除io模块中冗余的 _json.py （相关功能已整合进其他模块中并有所加强）
• 重要变更： 删除 setup.py 中不需要的 joblib 依赖库

0.9.8

• BUG修复： to_file 和 build_Structures_from_datafile 接口统一
• BUG修复： io.write模块涉及的保存文件操作，当目标路径上层文件夹不存在时将自动创建
• BUG修复： io.read.get_band_data的zero_to_efermi参数设置为True时，数据的处理逻辑
• BUG修复： io.read.get_sinfo读取relax.json不再因FixLattice而报错
• 新增选项： nebtools的summary函数，新增show_converge用于控制是否显示收敛图，outdir用于指定收敛图的路径
• 新增功能： 写文件涉及的操作，支持传入路径，而不单是文件名
• 新增功能： nebtools的restart函数支持在Windows机器上操作，不必在旧NEB路径执行，备份路径可随意指定
• 新增功能： nebtools的get_neb_subfolder函数新增return_abs参数，用于返回子文件夹的绝对路径
• 重要变更： nebtools的restart函数删除inputin参数，采用压缩较快的zip方法，将生成zip压缩包而不是tar.xz
• 重要变更： io.read.get_band_data的zero_to_fermi参数改名zero_to_efermi

0.9.7

• BUG修复： get_rdf 元素对自己计算RDF时的索引
• 新增选项：to_file 增加 si 参数，支持读入单个structure以及Structure列表

0.9.6

• BUG修复： pymatgen支持的几类结构文件的读取接口

0.9.5

• 重要变更： get_band_data 的 shift_efermi 参数改名为 zero_to_fermi

0.9.4

• 新增功能： get_band_data 增加 shift_efermi 参数
• BUG修复： 电荷密度差分函数移除 numpy 多维数组的 shape 参数
• BUG修复： Fe_1 -> Fe+, Fe_2 -> Fe2+ 用于能带、态密度绘图

0.9.3

• 新增功能： 接入pymatgen支持的几类结构文件的读写操作
• 新增功能： 支持通过 dspawpy.__version__ 查看版本号
• 重要变更： write_xyz_traj, write_dump_traj 并入 to_file 函数
• 细节优化： 大幅提高RDF计算效率

0.9.2

• 新增功能： 支持从as文件中解析磁矩和FIX信息
• 新增功能： 从h5/json文件中读取数据时支持指定读取的离子步（从1开始）

0.9.1

• 重要变更： 精简合并多个函数，统一调用方法
• 新增功能： 支持合并多个xyz和dump文件
• 细节优化： 读取h5或json文件后若无错误，不再打印空行
• 细节优化： 耗时的RDF计算显示进度百分比

0.9.0

• 重要变更： 一些函数合并、所在模块迁移，请确认版本
• 新增功能： 支持读取含多离子步计算结果的h5/json文件中的磁矩信息
• BUG修复： get_band_data 函数指定efermi不生效

0.8.9

• BUG修复： d_band 脚本运行错误

0.8.8

• 新增功能： 支持读取正在进行中的NEB信息，生成movie轨迹文件（可用DS打开观察）
• 新增功能： 支持NEB转XYZ轨迹文件（可用OVITO打开观察）
• 新增功能： plot_aimd 支持读取多个h5文件画在同一张图中
• BUG修复： 电荷差分处理json文件报错
• BUG修复： 极化曲线标记的数值错误
• BUG修复： neb_movie_*.json 中反应坐标重复累加错误

0.8.7

• 代码重构，大幅修改数据结构，加速处理过程
• 支持读取h5格式的输出文件
• 新增AIMD, NEB等部分常用功能

0.3.0

• 对应2021A版本DS-PAW，辅助处理一些常见数据文件