Tools for dspaw
Project description
简介
dspawpy 是 DS-PAW 的后处理辅助工具,提供一些数据抓取、换算、结构转化、绘图功能
安装提示
如果普通pip可以安装dspawpy,但是conda环境中的pip无法安装,报错
ERROR: Could not find a version that satisfies the requirement dspawpy
那么,尝试升级conda和pip
conda update conda
conda update pip
再重新用pip安装。
版本更新简述
1.0.5
- 功能强化: to_file() 写pdb文件时,结构可以不含晶胞信息
1.0.4
- BUG修复: build_Structures_from_datafile()选择原子序号时上限设置,h5文件里最后一个离子步信息改成尝试读取
- 功能强化: build_Structures_from_datafile()支持读取pdb格式
- 细节修改: AIMD读不到PressureKinetic信息时增加相应警告
1.0.3
- BUG修复: 解决浮点数过大时volumetricData相关文件浮点数粘在一起的问题
- BUG修复: plot_barrier()读取neb.h5/json绘制能垒图时,反应坐标依旧累加
- BUG修复: plot_bandunfolding()能带反折叠费米能级被默认置零
- 功能强化: 新增cube格式用于保存volumetricData
- 功能强化: 全局支持相对路径与绝对路径混写
- 功能强化: datafile参数以及io.read以及diffusion.nebtools模块中的相应参数,可以是文件位置,也可以是文件所在的文件夹路径
- 功能强化: build_Structures_from_datafile()增加task参数,用于配合datafile为文件夹路径的情况
- 重要变更: 移除中文提示语句,精简提示信息
- 重要变更: volumetricData默认使用cube格式写入
- 重要变更: 移除thermo_correction(),一个单纯的外包装函数
- 细节修改: 保存图片或文件时,统一使用 ==> 标记文件绝对路径
1.0.2
- BUG修复: 当存在Fix或Mag信息时,structure.as 坐标类型可能解析错误的问题
- 功能强化: 预览NEB链条函数改名 write_xyz(json)_chain,增加dst参数制定保存路径
- 功能强化: potential 中数据集不预作限制
- 功能强化: get_lagtime_msd, get_lagtime_rmsd 自动从数据文件中读取timestep(以前必须手动指定)
- 细节修改: 优化部分提示语句
1.0.1
- BUG修复: to_file绑定filename参数,避免老版本pymatgen的兼容性问题
- BUG修复: average_along_axis的task参数改成大小写敏感,避免rhoBound任务类型解析错误
- 功能强化: 将文件存入不存在的目录前,先创建(支持相对路径)
- 功能强化: write_VESTA和average_along_axis增加subtype参数,指定TotalLocalPotential数据
1.0.0
- BUG修复: 文件开头增加utf8编码声明
- 功能强化: 电荷密度差分支持更多组分(不限二元)
- 重要变更: io.utils的getZPE、getTSads、getTSgas函数,增加参数用于将计算结果存入文件
- 重要变更: io.write.write_VESTA() data_type参数可选值从boundcharge改成rhoBound,且大小写敏感,从而保持与DS-PAW输出文件名相同
0.9.9
- BUG修复: 修复新版numpy不支持混用array和list生成数组的问题
- BUG修复: 修复从json文件读能带时zero_to_efermi不生效的问题
- 新增功能: build_Structures_from_datafile模块支持读取 neb.h5 和 phonon.h5 文件
- 重要变更: 移除io模块中冗余的 _json.py (相关功能已整合进其他模块中并有所加强)
- 重要变更: 删除 setup.py 中不需要的 joblib 依赖库
0.9.8
- BUG修复: to_file 和 build_Structures_from_datafile 接口统一
- BUG修复: io.write模块涉及的保存文件操作,当目标路径上层文件夹不存在时将自动创建
- BUG修复: io.read.get_band_data的zero_to_efermi参数设置为True时,数据的处理逻辑
- BUG修复: io.read.get_sinfo读取relax.json不再因FixLattice而报错
- 新增选项: nebtools的summary函数,新增show_converge用于控制是否显示收敛图,outdir用于指定收敛图的路径
- 新增功能: 写文件涉及的操作,支持传入路径,而不单是文件名
- 新增功能: nebtools的restart函数支持在Windows机器上操作,不必在旧NEB路径执行,备份路径可随意指定
- 新增功能: nebtools的get_neb_subfolder函数新增return_abs参数,用于返回子文件夹的绝对路径
- 重要变更: nebtools的restart函数删除inputin参数,采用压缩较快的zip方法,将生成zip压缩包而不是tar.xz
- 重要变更: io.read.get_band_data的zero_to_fermi参数改名zero_to_efermi
0.9.7
- BUG修复: get_rdf 元素对自己计算RDF时的索引
- 新增选项:to_file 增加 si 参数,支持读入单个structure以及Structure列表
0.9.6
- BUG修复: pymatgen支持的几类结构文件的读取接口
0.9.5
- 重要变更: get_band_data 的 shift_efermi 参数改名为 zero_to_fermi
0.9.4
- 新增功能: get_band_data 增加 shift_efermi 参数
- BUG修复: 电荷密度差分函数移除 numpy 多维数组的 shape 参数
- BUG修复: Fe_1 -> Fe+, Fe_2 -> Fe2+ 用于能带、态密度绘图
0.9.3
- 新增功能: 接入pymatgen支持的几类结构文件的读写操作
- 新增功能: 支持通过
dspawpy.__version__
查看版本号 - 重要变更: write_xyz_traj, write_dump_traj 并入 to_file 函数
- 细节优化: 大幅提高RDF计算效率
0.9.2
- 新增功能: 支持从as文件中解析磁矩和FIX信息
- 新增功能: 从h5/json文件中读取数据时支持指定读取的离子步(从1开始)
0.9.1
- 重要变更: 精简合并多个函数,统一调用方法
- 新增功能: 支持合并多个xyz和dump文件
- 细节优化: 读取h5或json文件后若无错误,不再打印空行
- 细节优化: 耗时的RDF计算显示进度百分比
0.9.0
- 重要变更: 一些函数合并、所在模块迁移,请确认版本
- 新增功能: 支持读取含多离子步计算结果的h5/json文件中的磁矩信息
- BUG修复: get_band_data 函数指定efermi不生效
0.8.9
- BUG修复: d_band 脚本运行错误
0.8.8
- 新增功能: 支持读取正在进行中的NEB信息,生成movie轨迹文件(可用DS打开观察)
- 新增功能: 支持NEB转XYZ轨迹文件(可用OVITO打开观察)
- 新增功能: plot_aimd 支持读取多个h5文件画在同一张图中
- BUG修复: 电荷差分处理json文件报错
- BUG修复: 极化曲线标记的数值错误
- BUG修复: neb_movie_*.json 中反应坐标重复累加错误
0.8.7
- 代码重构,大幅修改数据结构,加速处理过程
- 支持读取h5格式的输出文件
- 新增AIMD, NEB等部分常用功能
0.3.0
- 对应2021A版本DS-PAW,辅助处理一些常见数据文件
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Source Distribution
dspawpy-1.0.5.tar.gz
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Built Distribution
dspawpy-1.0.5-py3-none-any.whl
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