hadder 1.2

Hydrogen adder for pdb protein files

Hadder--专用蛋白质补氢工具

很多蛋白质数据库往往会采用去掉氢原子的方式来存储各种pdb蛋白质结构文件， 这就要求我们在实际构建力场的过程中手动去补齐氢原子， 本开源工具就可以实现这样的功能。

安装与使用

本软件支持pip一键安装：

python3 -m pip install hadder --upgrade

支持在python中调用API接口，来完成蛋白质补氢：

from hadder import AddHydrogen
AddHydrogen('input.pdb', 'output.pdb')

如果成功运行，会在终端窗口上打印如下文字：

1 H-Adding task complete.

示例

在examples路径下有一个case2.pdb的文件，这是一个不含氢原子的蛋白质，其结构如下图所示：

使用Hadder完成补氢的操作之后，得到的结果如下图所示：

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