hadder 1.5

Hydrogen adder for pdb protein files

Hadder--专用蛋白质补氢工具

很多蛋白质数据库往往会采用去掉氢原子的方式来存储各种pdb蛋白质结构文件， 这就要求我们在实际构建力场的过程中手动去补齐氢原子， 本开源工具就可以实现这样的功能。

安装与使用

本软件支持pip一键安装与更新：

python3 -m pip install hadder --upgrade

支持在python中调用API接口，来完成蛋白质补氢：

from hadder import AddHydrogen
AddHydrogen('input.pdb', 'output.pdb')

如果成功运行，会在终端窗口上打印如下文字：

1 H-Adding task with 3032 atoms complete in 0.116 seconds.

在1.4以及之后的版本中，安装完成后，也支持直接使用命令行操作来补氢：

$ python3 -m hadder -h
usage: __main__.py [-h] [-i I] [-o O]

optional arguments:
  -h, --help  show this help message and exit
  -i I        Set the input pdb file path.
  -o O        Set the output pdb file path.
  
$ python3 -m hadder -i input.pdb -o ouput.pdb 
1 H-Adding task with 3032 atoms complete in 0.116 seconds.

不论是调用API接口的补氢，还是使用命令形式的补氢，都建议使用绝对路径来进行文件索引。如果在此处使用相对路径，会导致一些文件索引错误的问题。

示例

在examples路径下有一个case2.pdb的文件，这是一个不含氢原子的蛋白质，其结构如下图所示：

使用Hadder完成补氢的操作之后，得到的结果如下图所示：

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