hadder 3.0

Hydrogen adder for pdb protein files

Hadder--专用蛋白质补氢工具

很多蛋白质数据库往往会采用去掉氢原子的方式来存储各种pdb蛋白质结构文件， 这就要求我们在实际构建力场的过程中手动去补齐氢原子， 本开源工具就可以实现这样的功能。

安装与使用

本软件支持pip一键安装与更新：

$ python3 -m pip install hadder --upgrade -i https://pypi.org/simple

支持在python中调用API接口，来完成蛋白质补氢：

from hadder import AddHydrogen
AddHydrogen('input.pdb', 'output.pdb')

如果成功运行，会在终端窗口上打印如下文字：

1 H-Adding task with 3032 atoms complete in 0.116 seconds.

在1.4以及之后的版本中，安装完成后，也支持直接使用命令行操作来补氢：

$ python3 -m hadder -h
usage: __main__.py [-h] [-i I] [-o O]

optional arguments:
  -h, --help  show this help message and exit
  -i I        Set the input pdb file path.
  -o O        Set the output pdb file path.
  
$ python3 -m hadder -i input.pdb -o ouput.pdb # e.g. $ python3 -m hadder -i examples/case2.pdb -o examples/case2-complete.pdb
1 H-Adding task with 3032 atoms complete in 0.116 seconds.

不论是调用API接口的补氢，还是使用命令形式的补氢，都建议使用绝对路径来进行文件索引。如果在此处使用相对路径，会导致一些文件索引错误的问题。

示例

在examples路径下有一个case2.pdb的文件，这是一个不含氢原子的蛋白质，其结构如下图所示：

使用Hadder完成补氢的操作之后，得到的结果如下图所示：

代码贡献

如果希望在本仓库贡献您的代码，为开源社区的用户提供更多的技术支持，请在按照如下操作确保代码符合PEP8规范之后， 再提交Pull Request进入审核阶段，审核结束后即可合并分支。

安装Flake8

Flake8是一个常用的代码规范检查工具，可以使用pip进行安装和管理。但是由于不同版本的Flake8检查出来的问题可能存在不一致的现象， 因此我们要求使用Flake8的3.8.4指定版本，安装方法如下：

$ python3 -m pip install flake8==3.8.4

使用Flake8

进入到hadder/路径下，执行如下指令：

$ flake8

如果返回的结果为空，即表明当前路径下的所有python文件符合相关的规范要求，可以提交PR进入审核阶段。

博客推荐

1. 从Hadder看蛋白质分子中的加氢算法
2. 用脚本的形式运行Hadder
3. 蛋白质基础组成结构
4. 氨基酸分子结构和原子命名