Hydrogen adder for pdb protein files
Project description
Hadder--专用蛋白质补氢工具
很多蛋白质数据库往往会采用去掉氢原子的方式来存储各种pdb蛋白质结构文件, 这就要求我们在实际构建力场的过程中手动去补齐氢原子, 本开源工具就可以实现这样的功能。
安装与使用
本软件支持pip一键安装与更新:
$ python3 -m pip install hadder --upgrade -i https://pypi.org/simple
支持在python中调用API接口,来完成蛋白质补氢:
from hadder import AddHydrogen
AddHydrogen('input.pdb', 'output.pdb')
如果成功运行,会在终端窗口上打印如下文字:
1 H-Adding task with 3032 atoms complete in 0.116 seconds.
在1.4以及之后的版本中,安装完成后,也支持直接使用命令行操作来补氢:
$ python3 -m hadder -h
usage: __main__.py [-h] [-i I] [-o O]
optional arguments:
-h, --help show this help message and exit
-i I Set the input pdb file path.
-o O Set the output pdb file path.
$ python3 -m hadder -i input.pdb -o ouput.pdb # e.g. $ python3 -m hadder -i examples/case2.pdb -o examples/case2-complete.pdb
1 H-Adding task with 3032 atoms complete in 0.116 seconds.
不论是调用API接口的补氢,还是使用命令形式的补氢,都建议使用绝对路径
来进行文件索引。如果在此处使用相对路径,会导致一些文件索引错误的问题。
示例
在examples
路径下有一个case2.pdb
的文件,这是一个不含氢原子的蛋白质,其结构如下图所示:
使用Hadder
完成补氢的操作之后,得到的结果如下图所示:
代码贡献
如果希望在本仓库贡献您的代码,为开源社区的用户提供更多的技术支持,请在按照如下操作确保代码符合PEP8规范之后, 再提交Pull Request进入审核阶段,审核结束后即可合并分支。
安装Flake8
Flake8是一个常用的代码规范检查工具,可以使用pip进行安装和管理。但是由于不同版本的Flake8检查出来的问题可能存在不一致的现象, 因此我们要求使用Flake8的3.8.4指定版本,安装方法如下:
$ python3 -m pip install flake8==3.8.4
使用Flake8
进入到hadder/
路径下,执行如下指令:
$ flake8
如果返回的结果为空,即表明当前路径下的所有python文件符合相关的规范要求,可以提交PR进入审核阶段。
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