Convert bioinformatics data to plots
Project description
Jeddinformatics
Initial setup
pip install -r requirements.txt
This will install the required packages
Running on errything
python3 main.py <your data folder>
Building and distributing
rm -fr dist && python3 -m build && python3 -m twine upload --repository testpypi dist/*
Rename all to OV (Ovarian canver) and UCEC (Uterine cancer) and make "normal"/"Normal" to NC (Non-cancer)
Data should look like:
│
├───Gene Expression
│ └───ONCODB
│ ├───Ovarian Cancer
│ │ ├───CAS
│ │ │ data.txt
│ │ │
│ │ ├───IPO5
│ │ │ data.txt
│ │ │
│ │ ├───KPNA2
│ │ │ data.txt
│ │ │
│ │ ├───KPNB1
│ │ │ data.txt
│ │ │
│ │ ├───RAN
│ │ │ data.txt
│ │ │
│ │ ├───TNPO1
│ │ │ data.txt
│ │ │
│ │ └───XPO1
│ │ data.txt
│ │
│ └───Uterine Cancer
│ ├───CAS
│ │ data.txt
│ │
│ ├───IPO5
│ │ data.txt
│ │
│ ├───KPNA2
│ │ data.txt
│ │
│ ├───KPNB1
│ │ data.txt
│ │
│ ├───RAN
│ │ data.txt
│ │
│ ├───TNPO1
│ │ data.txt
│ │
│ └───XPO1
│ data.txt
│
└───Protein Expression
└───UALCAN
├───Ovarian Cancer
│ ├───CAS
│ │ data.json
│ │
│ ├───IPO5
│ │ data.json
│ │
│ ├───KPNA2
│ │ data.json
│ │
│ ├───KPNB1
│ │ data.json
│ │
│ ├───RAN
│ │ data.json
│ │
│ ├───TNPO1
│ │ data.json
│ │
│ └───XPO1
│ data.json
│
└───Uterine Cancer
├───CAS
│ data.json
│
├───IPO5
│ data.json
│
├───KPNA2
│ data.json
│
├───KPNB1
│ data.json
│
├───RAN
│ data.json
│
├───TNPO1
│ data.json
│
└───XPO1
data.json
So general form is:
{gene or protein expression}
└───{source database}
└───{type of cancer}
└───{gene or protein name}
└───{data.json or data.txt}
Project details
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Source Distribution
jeddinformatics-0.4.2.tar.gz
(9.6 kB
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Hashes for jeddinformatics-0.4.2-py3-none-any.whl
Algorithm | Hash digest | |
---|---|---|
SHA256 | c59901c62c02b36a7785c7be8a8b57c4c1050e04723b5424d42c1da43be2a5de |
|
MD5 | 26cb5199ee61eb8d680eeab1dbc3a2b5 |
|
BLAKE2b-256 | e87eae8c7c926e9e7cc32969344e34468c6d4e8dc327394a13e068f3aaba7d45 |