kara-storage 2.1.5

Kara Storage SDK

KARA Storage

KARA 平台存储模块！！！

1. 介绍

kara_storage是KARA平台存储模块的Python SDK，目前提供了行存储和对象存储的服务。

1.1 行存储

行存储 以条为单位实现数据的写入和读取，可以轻松的完成大规模训练数据的存储，理论上可以支持任意形式的数据（包括类和bytes，对于任意类型的数据支持请实现自己的Serializer）。

1.2 对象存储

对象存储 是一种以文件为单位的 Key-Value 数据库，可以实现各种尺寸的文件的存储。在kara_storage中，对象存储用于保存目录，例如模型的训练结果等

目前工具包提供了 load_directory 和 save_directory 两个接口的支持。

1.3 安装方法

将源代码保存到本地后，输入一下命令即可安装。

1.3.1 PIP（推荐）

$ pip install kara-storage

1.3.2 clone安装

将仓库克隆到本地，并在项目目录中执行以下命令即可完成安装。

$ python setup.py install

2. 使用说明

2.1 打开数据库

使用绝对路径打开本地数据库

import kara_storage
storage = kara_storage.KaraStorage("file:///path/to/your/database")

其中/path/to/your/database表示数据库的绝对路径。

使用相对路径打开本地数据库

import kara_storage
storage = kara_storage.KaraStorage("file://my/databse")

其中 my/database 表示数据库在当前工作目录下的相对路径。

打开阿里云上的数据库

import kara_storage
storage = kara_storage.KaraStorage("oss://OSS_ENDPOINT/YOUR_BUCKET_NAME", app_key="*** APP KEY ***", app_secret="*** APP SECRET ***")

其中OSS_ENDPOINT表示oss的节点，例如oss-cn-beijing.aliyuncs.com。

在使用阿里云上的数据库前，请确保你的APP KEY和APP SECRET有权限访问数据库。

打开HTTP数据库

import kara_storage
storage = kara_storage.KaraStorage("https://path-to-your-dataset/prefix")

可以结合阿里云OSS实现简单的数据公开。

2.2 行存储

2.2.1 打开数据集

dataset = storage.open("namespace", "dataset_name", "r", version="latest")

open命令会返回一个dataset实例，用于后继数据的写入和读取，它主要包含四个参数：

• namespace: “命名空间”。KARA Storage提供基于命名空间的数据隔离。
• key: “数据集名称”。在命名空间下，可以有多个数据集，数据集之间以key进行区分。
• mode: "r"表示读，"w"表示写。
• version: “数据集版本”。KARA Storage提供了同一数据集不同版本的管理，当不指定version或将version指定为"latest"时，会自动打开最新创建的版本。版本的名称可以是数字或者字符串。

如果要打开的数据集不存在，open命令会自动创建一个对应的数据集，在创建新数据集时，必须要指定数据集的version，否则会报错或打开最新一次修改的数据集。

2.2.2 读取数据集

data = dataset.read()

使用 read 接口即可从数据集中读取一条数据，多次的调用read会自动的依次读取下去。

对于同一个数据集，从里面读取出的数据的顺序总是和写入时相同。当数据被读取完时，将会返回None。

2.2.3 追加写入数据

ok = dataset.write(obj)

使用write接口可以在数据集的末尾追加写入一条数据，它需要传入一个参数obj。这个obj在默认情况下将被序列化为json对象，你可以使用storage.open接口中的serialization来控制这一过程，例如使用我们提供的其它序列化方案（pickle）或者使用自己的序列化方法。

write接口将会把数据写入缓冲区，在刷新缓冲区之前，数据不会被持久化，你可以手动的调用dataset.flush()来强制刷新缓冲区，当然这样可能会带来额外的开销。

提示 : 在调用dataset.close()时，flush也会被自动的调用。

2.2.4 移动读取指针

dataset.seek(offset, whence)

类似于文件操作，KARA Storage的行存储也支持读取指针的移动，指针移动的最小单位为 “1条数据” 。

whence = 0

whence = 0表示移动到距离数据集开头offset的地方。

例如：dataset.seek(0, 0)表示移动到数据集的开头，在此时调用read接口会返回数据集的第一条数据。

whenc = 1

whence = 1表示根据当前指针位置偏移offset个数据。

例如：dataset.seek(1, 1)表示跳过下一跳数据。

whence = 2

whence = 2表示移动到距离数据集末尾offset的地方。

例如：dataset.seek(0, 2)表示移动到数据集末尾，此时调用read接口会返回None。

2.2.5 实现自己的序列化方法

用户可以通过实现自己的Serializer来使用自定义的方法序列化数据，同时也可以使用我们内置的其它方法来替换我们的默认序列化方法。

编写自己的 Serializer

import kara_storage
import pickle

class MySerializer(kara_storage.serialization.Serializer):
    def serialize(self, x): # 序列化x，将x转换为bytes
        return pickle.dumps(x)
    
    def deserialize(self, x): # 反序列化x，将x从bytes重新转换回对象
        return pickle.loads(x)

使用自己的序列化方法

import kara_storage
dataset = storage.open("namespace", "dataset_name", "r", version="latest", serialization=MySerializer())

其它内置序列化方法

• kara_storage.serialization.NoSerializer: 直接将bytes数据写入数据库
• kara_storage.serialization.PickleSerializer: 将对象使用pickle序列化后存入数据库
• kara_storage.serialization.JSONSerializer: 将数据转换为json字符串存入数据库

2.2.6 和Pytorch对接

以上接口提供了简单的流式访问，为了更好的支持pytorch的dDataLoader，我们提供了KARA行存储对torch.utils.data.IterableDataset的包装。

import kara_storage
pytorch_ds = kara_storage.make_torch_dataset(dataset)

pytorch_ds.set_epoch(0) # 设置当前epoch

通过make_torch_dataset接口可以快速的将dataset包装为Pytorch所支持的IterableDataset类型。

distributed支持

在调用完torch.distributed.init_process_group后调用make_torch_dataset接口会自动的根据当前rank来分割数据集，实现对分布式训练的支持。

一份完整的代码可以参考 examples/read_dist.py

注意 ： 在多机训练环境下，数据库需要能被每台机器都访问到。

shuffle支持

import kara_storage
kara_storage.make_torch_dataset(dataset, shuffle=True)

通过在调用make_torch_dataset时，传入参数shuffle=True可以实现伪随机的数据打乱，在此时可以传入额外的参数对打乱算法进行控制。

额外参数：

• seed：打乱算法的随机数种子（int类型）
• buffer_size: 打乱缓冲区的大小（应当是一个整数，越大时占用内存越大，但打乱随机性也越好）
• shuffle_ratio: 每次打乱的比例（0~1之间的浮点数）

在默认情况下，这些参数的值为seed = 0，buffer_size = 10240，shuffle_ratio = 0.1

2.2.7. 可复现性

在数据集固定、GPU数量固定、随机参数（seed, buffer_size, shuffle_ratio）固定时，make_torch_dataset接口返回的数据集总能以相同的顺序读取出相同的数据。

2.3 对象存储

2.3.1 从服务器加载对象

storage.load_directory("namespace", "object_name", "local_path", "version")

load_d_irectory会返回一个字符串，表示当前加载的对象的版本。它主要包含4个参数：

• namespace: 命名空间
• object_name: 要加载的对象名称
• local_path: 要加载到的本地路径
• version: 要加载的数据版本，默认为"latest"，即表示加载最新的版本

2.3.2 将本地对象上传到服务器

storage.save_directory("namespace", "object_name", "local_path", "version")

save_directory会返回一个字符串，表示当前保存的对象的版本。它主要包含4个参数：

• namespace: 命名空间
• object_name: 要加载的对象名称
• local_path: 要加载到的本地路径
• version: 要加载的数据版本，默认为None，表示自动生成一个不重复的版本号

3. KARA Storage CLI

为了方便大家的使用，我们还提供了命令行工具来进行简单的数据查看和上传下载。

3.1 查看数据

可以使用以下命令进行数据的可视化查看（目前仅支持json序列化）。

$ kara_storage row <url> view <namespace> <key> [-v version] [--app-key app_key] [--app-secret app_secret] [--begin data_index]

例如

$ kara_storage row https://kara-public.oss-cn-beijing.aliyuncs.com/test view test_ns mydb

3.2 上传文件

$ kara_storage obj <url> save <namespace> <key> <local_path> [-v version] [--app-key app_key] [--app-secret app_secret]

该命令会将本地路径local_path上传，并设置版本号为version，默认会新建一个版本。

3.3 文件下载

$ kara_storage obj <url> load <namespace> <key> <local_path> [-v version] [--app-key app_key] [--app-secret app_secret]

该命令会将文件加载到local_path目录。

4. 其它

欢迎大家测试、提issue！

更新日志

2.1.4

• 修复了 Pytorch Dataset 获取len的问题

2.1.2

• 添加了自动重试机制（解决OSS掉线问题）

2.1.1

• 修复由trunk controller 导致 seek 后读取出错的问题

2.1.0

• 添加了针对 Dataset 的 RPC 支持。

2.0.4

• 紧急修复了 Dataset 在写入一段时间后报错的问题

2.0.3

• 修复了 kara_storage 对 oss2 依赖的问题
• 修复了在 load_directory 和 save_directory 时，使用 Ctrl+C 无法终止程序的问题

2.0.2

• 修复了blessed依赖问题
• CLI添加打印版本号

2.0.1

• 添加了文件上传和下载的进度条
• 添加了CLI支持

2.0.0

• 添加了 HTTP/HTTPS 存储后端的支持
• 完善了对象存储系统，实现了基于hash的数据压缩和文件续传
• 添加了RowDataset的多线程支持
• 重构了大部分代码

1.0.3

• 添加对 pytorch DataLoader 中 num_workers > 0 时候的支持
• 添加对 OSS 前缀访问的支持
  • 现在可以通过 oss://endpoint/bucket/prefix 的方法来指定使用oss存储时的前缀
• 修复 "r" 模式下可以修改数据集的问题

1.0.2

• 添加对线程安全的支持
  • 在RowDataset中添加了线程锁 threading.Lock
• 添加pytorch dataset的slice支持
  • 通过 kara_storage.make_torch_dataset( dataset, begin=a, end=b ) 来实现对数据集 [a, b) 区间的访问。