kimariplot 1.1.1

A tool for generating Kimari-plots.

KimariPlot 是一个开源的 Python 绘图脚本，用来绘制科研中的 Free Energy Profile。KimariPlot 使用简单，可以直接从命令行读取 Toml 文件绘制 Free Energy Profile，可以不需要用鼠标一直拖来拖去，是懒人绘制 Free Energy Profile 的极佳选择。

安装

KimariPlot 可以使用 pip 工具直接安装。

pip install kimariplot

与此同时还需要安装 matplotlib 以及 toml 库（暂时不需要安装 numpy 和 pandas 库，以后可能需要）。

pip install matplotlib, toml

使用

安装完 KimariPlot 之后，可以直接通过如下命令在命令行中运行。

kimariplot profile.toml

其中，profile.toml 是一个记录了颜色、曲线格式以及绘制所需要的数据的 Toml 文件。以下是 kimariplot/example/profile1.toml 和 kimariplot/example/profile2.toml 的内容，以及生成的 Free Energy Profile 图像。

[path.1]
color = "black"
style = "-"
data = [
    ["7", "1", "-0.7"],
    ["TS1", "2", "22.4"],
    ["8", "3", "10.9"],
    ["TS2", "4", "18.0"],
    ["9", "5", "-8.7"],
    ["10", "6", "-10.0"]
]

[path.2]
color = "red"
style = "--"
data = [
    ["7", "1", "-0.7"],
    ["TS3", "2", "34.9"],
    ["11", "3", "17.2"],
    ["TS4", "4", "23.8"],
    ["10", "6", "-10.0"]
]

[path.1]
color = "black"
style = "-"
data = [
    ["R", "1", "0.0"],
    ["", "2", "-2.9"],
    ["", "3", "16.6"],
    ["CP2", "4", "-3.6"],
    ["P", "5", "-2.1"]
]

[path.2]
color = "red"
style = "--"
data = [
    ["R", "1", "0.0"],
    ["CP1", "2", "-4.4"],
    ["TS1", "3", "13.5"],
    ["", "4", "-1.5"],
    ["P", "5", "-2.1"]
]

[path.3]
color = "blue"
style = "--"
data = [
    ["", "1", "0.0"],
    ["", "2", "1.2"],
    ["", "3", "18.1"],
    ["", "4", "1.3"],
    ["", "5", "-2.1"]
]

[path.4]
color = "green"
style = "--"
data = [
    ["", "1", "0.0"],
    ["", "2", "2.3"],
    ["", "3", "19.8"],
    ["", "4", "2.5"],
    ["", "5", "-2.1"]
]

鸣谢

KimariPlot 的开发离不开以下开源项目：

• NumPy
• Matplotlib
• SciPy
• Toml

还要感谢所有为 KimariPlot 做出贡献的开发者 Kimariyb 和用户。

许可证

KimariPlot 基于 MIT 许可证开源。这意味着您可以自由地使用、修改和分发代码。有关更多信息，请参见 LICENSE 文件。