ncbi-api 0.1

NCBI数据下载

安装

pip install ncbi_api

或者

pip install ncbi_api -i https://pypi.python.org/simple

使用

Geo数据下载

series_matrix

• example1

  from ncbi_api.geo import GeoDownloader, GeoDataType
  
  
  accessions = ['GSE113138', 'GSE171935', 'GSE164612', 'GSE166066']
  
  
  geo = GeoDownloader(accession_list=accessions)
  geo.run(data_type=GeoDataType.SeriesMatrix, workers=4)
  

• 运行

  -*--*--*--*--*--*--*--*--*--*--*--*--*--*--*--*--*--*--*--*--*--*-
  正在读取 Accession 列表
  	--> 共有 Accession 数量：4
  -*--*--*--*--*--*--*--*--*--*--*--*--*--*--*--*--*--*--*--*--*--*-
  成功读取并完成过滤 -> takes 0.104 seconds
  https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/geo/series/GSE166nnn/GSE166066/matrix/
  https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/geo/series/GSE171nnn/GSE171935/matrix/
  https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/geo/series/GSE113nnn/GSE113138/matrix/
  https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/geo/series/GSE164nnn/GSE164612/matrix/
  GSE113138 200
  

GSE164612 200 GSE171935 200 GSE166066 200 -------------------------------------------- 正在读取 Accession 列表 --> 共有 Accession 数量：4, 成功下载：4, 下载失败(404)：0, 还剩：0 -------------------------------------------- 成功读取并完成过滤 -> takes 0.046 seconds -------------------------------------------- 正在读取 url 列表 --> 共有 url 数量：4 -------------------------------------------- 成功读取并完成过滤 -> takes 0.004 seconds 正在下载 -> GSE113138_series_matrix.txt.gz -> 3.18 KB: 4KB [00:00, 1999.91KB/s]
正在下载 -> GSE166066_series_matrix.txt.gz -> 3.01 KB: 4KB [00:00, 1333.64KB/s]
正在下载 -> GSE164612_series_matrix.txt.gz -> 2.21 MB: 21%|█ | 465/2258 [00:31<02:02, 14.60KB/s]

- example2

```python
from ncbi_api.geo import GeoDownloader, GeoDataType


accessions = ['GSE113138', 'GSE171935', 'GSE164612', 'GSE166066']


geo = GeoDownloader(accession_list=accessions)
geo.run(data_type=GeoDataType.SeriesMatrix, workers=4, series_matrix_url_filepath='history/series_matrix_urls.txt')

• 运行

  -*--*--*--*--*--*--*--*--*--*--*--*--*--*--*--*--*--*--*--*--*--*-
  正在读取 url 列表
  	--> 共有 url 数量：4, 成功下载：3, 下载失败(404)：0,  还剩：1
  -*--*--*--*--*--*--*--*--*--*--*--*--*--*--*--*--*--*--*--*--*--*-
  成功读取并完成过滤 -> takes 0.002 seconds
  
  正在下载 -> GSE171935_series_matrix.txt.gz -> 1.86 KB: 2KB [00:00, 666.93KB/s]                     
  正在下载 -> GSE113138_series_matrix.txt.gz -> 3.18 KB: 4KB [00:00, 1335.45KB/s]                   
  正在下载 -> GSE166066_series_matrix.txt.gz -> 3.02 KB: 4KB [00:00, 14.50KB/s]                     
  正在下载 -> GSE164612_series_matrix.txt.gz -> 2.21 MB:  49%|█▉  | 1105/2258 [00:46<00:28, 41.07KB/s]