plaguepy 2019.7.2.2

Ziekteverspreiding gevisualiseerd

PlaguePY

Repository

Deze repository bevat alle code, documentatie en de applicatie van het IPASS-project. Alle code bevind zich in plaguepy/. Dit is de libary. De code maakt gebruik van en genereerd data in data/. De applicatie waarmee de functionaliteit aan de hand van verschillende casussen wordt getoont is te vinden in app.ipynb.

Documentatie

De documentatie is te vinden in iedere functie. Tevens zijn er HTML-pagina's gegenereerd, deze zijn te vinden in docs/build/html/index.html. Via ReadTheDocs.io is de laatste versie van de documentatie te zien via deze link.
De documentatie kan worden bijgewerkt met make html. Tevens kan de documentatie in EPUB- of LaTeX-vorm worden gegenereerd met make epub resp. make latex.

Installatie

De libary is te installeren via Pypi met pip: pip install plaguepy. Vervolgens kan de repository worden geimporteerd als plaguepy.
De benodigde libary's zijn te vinden in requirements.txt en te installeren met:
pip install -r requirements.txt . Het is aanbevolen om met een Anaconda omgeving te werken zodat de GEOS uitbreiding in C goed wordt geinstalleerd. Deze komt standaard met Anaconda wanneer cartopy wordt geinstalleerd.

Om de code te testen kan het commando pytest worden uitgevoerd. Helaas zijn plots niet te testen.

© Thijs van den Berg 2019
1740697

Bronnen:

Malhotra, R., Dey, D., van Doorn, E. A., & Koonen, A. M. J. (2000). Traffic modeling in a reconfigurable broadband nomadic computing environment. In Proceedings of SPIE Vol. 4211: Internet, Performance and Control of Network Systems. Boston.

Dobrin, A. (2002). A REVIEW OF PROPERTIES AND VARIATIONS OF VORONOI DIAGRAMS. Whitman. Geraadpleegd van https://www.whitman.edu/Documents/Academics/Mathematics/dobrinat.pdf

van den Berg, T. (2009). Denbergvanthijs/AC-opdrachten. Geraadpleegd 24 juni 2019, van https://github.com/Denbergvanthijs/AC-opdrachten

9.2. math — Mathematical functions — Python 2.7.16 documentation. (z.d.). Geraadpleegd 17 juni 2019, van https://docs.python.org/2/library/math.html

Distributiekasten lichtnet Den Haag | Data overheid. (2017). Geraadpleegd 22 juni 2019, van https://data.overheid.nl/dataset/47539-distributiekasten-lichtnet-den-haag

Hondenpoepbakken Tilburg | Data overheid. (2017). Geraadpleegd 22 juni 2019, van https://data.overheid.nl/dataset/58437-hondenpoepbakken-tilburg

How to get the filename without the extension from a path in Python? (2009, 24 maart). Geraadpleegd 24 juni 2019, van https://stackoverflow.com/questions/678236/how-to-get-the-filename-without-the-extension-from-a-path-in-python

mplot3d tutorial — Matplotlib 2.0.1 documentation. (2017). Geraadpleegd 21 juni 2019, van https://matplotlib.org/2.0.1/mpl_toolkits/mplot3d/tutorial.html

mplot3d tutorial — Matplotlib 2.0.2 documentation. (2017). Geraadpleegd 21 juni 2019, van https://matplotlib.org/mpl_toolkits/mplot3d/tutorial.html

scipy.spatial.Voronoi — SciPy v0.18.1 Reference Guide. (2016). Geraadpleegd 19 juni 2019, van https://docs.scipy.org/doc/scipy-0.18.1/reference/generated/scipy.spatial.Voronoi.html

Simulation of Infectious Disease Spread. (2019). Geraadpleegd 20 juni 2019, van http://apmonitor.com/wiki/index.php/Apps/MeaslesVirus

Structuring Your Project — The Hitchhiker’s Guide to Python. (2019). Geraadpleegd 27 juni 2019, van https://docs.python-guide.org/writing/structure/

WisFaq! (2009). Geraadpleegd 19 juni 2019, van https://www.wisfaq.nl/show3archive.asp?id=59864

Zorginstellingen Utrecht | Data overheid. (2017). Geraadpleegd 22 juni 2019, van https://data.overheid.nl/dataset/48412-zorginstellingen-utrecht