Skip to main content

Proteinko is used for modeling distributions of psysicochemical properties of proteins

Project description

Протеинко 🇷🇸

Протеинко се користи за моделовање дистрибуција хемијског састава као и физикохемисјксих особина пептида.


О Протеинку

Протеин или пептид је секвенца амино киселина повезаних пептидним везама. Свака аминокиселина окарактерисана је сопственим хемијски саставом и последично одређеним физикохемијским особинама.

Помоћу Протеинка можемо моделовати дистрибуцију хемисјког састава пептида и на тај начин преставити протеин као скуп једнодимензионих вектора од који сваки представља дистрибуцију једног хемијсог елемента или једне физичке или хемијске особине.

Главна особина али и ограничење Протеинка је то што подразумева линеарну или близу линеарну тродимензионалну структуру протеина, односно да протеин у свом природном окружењу или интеракцијама не заузума комплексну глобуларну структуру.

Протеинко дакле пружа могућност изоловања одређених особина линеарних пептида ради упоређивања са другим пептидима или откривања скривених законитости у структури или интеракцијама. Најзначајније је то што Протеинко омогућава представљање прептида на нумерички начин што отвара могућност за коришћење различитих софтвера и алгоритама за манупулацију нумеричким подацима.

plot1

Протеинко може да моделује следеће особине:

  • Хемијски састав (C, H, N, O, S)
  • Хидрофобност
  • Донорске водоничне везе
  • Акцепторске водоничне везе
  • Изоелектрични потенцијал
  • Ван дер Валсов волумен, тј. запремина

Инсталација

pip install proteinko

Употреба

from proteinko import Proteinko

prot = Proteinko()

# Излистај све подржане шеме
prot.schemas

# Моделуј дистрибуцију пептида, по једној од шема
dist = prot.get_dist('ILKEPVHGV', schema='hydropathy')

Download files

Download the file for your platform. If you're not sure which to choose, learn more about installing packages.

Files for proteinko, version 4.0
Filename, size File type Python version Upload date Hashes
Filename, size proteinko-4.0-py3-none-any.whl (6.0 kB) File type Wheel Python version py3 Upload date Hashes View hashes
Filename, size proteinko-4.0.tar.gz (4.7 kB) File type Source Python version None Upload date Hashes View hashes

Supported by

Elastic Elastic Search Pingdom Pingdom Monitoring Google Google BigQuery Sentry Sentry Error logging AWS AWS Cloud computing DataDog DataDog Monitoring Fastly Fastly CDN DigiCert DigiCert EV certificate StatusPage StatusPage Status page