Proteinko is used for modeling distributions of psysicochemical properties of proteins
Project description
Протеинко 🇷🇸
Протеинко се користи за моделовање дистрибуција хемијског састава као и физикохемисјксих особина пептида.
О Протеинку
Протеин или пептид је секвенца амино киселина повезаних пептидним везама. Свака аминокиселина окарактерисана је сопственим хемијски саставом и последично одређеним физикохемијским особинама.
Помоћу Протеинка можемо моделовати дистрибуцију хемисјког састава пептида и на тај начин преставити протеин као скуп једнодимензионих вектора од који сваки представља дистрибуцију једног хемијсог елемента или једне физичке или хемијске особине.
Главна особина али и ограничење Протеинка је то што подразумева линеарну или близу линеарну тродимензионалну структуру протеина, односно да протеин у свом природном окружењу или интеракцијама не заузума комплексну глобуларну структуру.
Протеинко дакле пружа могућност изоловања одређених особина линеарних пептида ради упоређивања са другим пептидима или откривања скривених законитости у структури или интеракцијама. Најзначајније је то што Протеинко омогућава представљање прептида на нумерички начин што отвара могућност за коришћење различитих софтвера и алгоритама за манупулацију нумеричким подацима.
Протеинко може да моделује следеће особине:
- Хемијски састав (C, H, N, O, S)
- Хидрофобност
- Донорске водоничне везе
- Акцепторске водоничне везе
- Изоелектрични потенцијал
- Ван дер Валсов волумен, тј. запремина
Инсталација
pip install proteinko
Употреба
from proteinko import Proteinko
prot = Proteinko()
# Излистај све подржане шеме
prot.schemas
# Моделуј дистрибуцију пептида, по једној од шема
dist = prot.get_dist('ILKEPVHGV', schema='hydropathy')
Project details
Download files
Download the file for your platform. If you're not sure which to choose, learn more about installing packages.