pybwtool 1.0.2

Python wrapper for the bwtool library.

Python wrapper for the bwtool library. Please take a look to the bwtool wiki for notes on the installation process and to the known issues listed below within this readme.

How do I install this package?

As usual, just download it using pip:

pip install pybwtool

Tests Coverage

Since some software handling coverages sometime get slightly different results, here’s three of them:

Extract

The extract method returns a tuple of pandas Dataframes with the data from the regions of a bed file extracted from the given bigwig.

from pybwtool import extract

bed, scores = extract(
    bed_path="path/to/my/bed_file.bed",
    bigwig_path="path/to/my/bigwig_file.bigwig",
    nan_threshold=0.95 # maximum amount of NaN to allow, otherwise the line is dropped
)

The obtained dataframes look as follows:

chr11	14606206	14606406	chr11:14606206-14606406	200
chr1	1336296	1336496	chr1:1336296-1336496	200
chr11	47745644	47745844	chr11:47745644-47745844	200
chr11	62609072	62609272	chr11:62609072-62609272	200
chr14	21523971	21524171	chr14:21523971-21524171	200

0.22	0.22	0.21	0.22	0.21	0.22	0.24	0.25	0.28	0.28	0.26	0.26	0.26	0.26	0.26	0.31	0.31	0.31	0.32	0.33	0.33	0.33	0.32	0.35	0.36	0.36	0.36	0.36	0.36	0.36	0.37	0.37	0.36	0.37	0.37	0.37	0.36	0.32	0.32	0.32	0.33	0.33	0.33	0.33	0.35	0.35	0.35	0.35	0.35	0.35	0.36	0.39	0.39	0.37	0.37	0.36	0.35	0.33	0.31	0.31	0.29	0.29	0.29	0.29	0.29	0.25	0.24	0.28	0.26	0.25	0.25	0.25	0.24	0.19	0.18	0.18	0.17	0.17	0.18	0.19	0.18	0.18	0.18	0.17	0.18	0.18	0.18	0.18	0.18	0.18	0.17	0.24	0.25	0.25	0.24	0.22	0.22	0.25	0.25	0.25	0.24	0.21	0.22	0.22	0.22	0.22	0.22	0.22	0.22	0.24	0.24	0.24	0.26	0.26	0.26	0.26	0.26	0.22	0.22	0.22	0.22	0.22	0.22	0.22	0.22	0.21	0.21	0.21	0.19	0.19	0.19	0.22	0.22	0.22	0.22	0.24	0.25	0.25	0.26	0.26	0.26	0.19	0.18	0.18	0.18	0.18	0.18	0.15	0.15	0.15	0.15	0.15	0.17	0.17	0.17	0.17	0.17	0.17	0.18	0.17	0.17	0.17	0.14	0.14	0.14	0.14	0.14	0.14	0.14	0.14	0.14	0.17	0.17	0.17	0.17	0.17	0.18	0.18	0.18	0.18	0.18	0.15	0.15	0.15	0.14	0.12	0.11	0.12	0.11	0.11	0.11	0.11	0.11	0.11	0.11	0.11	0.11	0.11	0.11	0.11
1.25	1.26	1.32	1.43	1.42	1.36	1.36	1.37	1.37	1.32	1.31	1.31	1.35	1.35	1.43	1.5	1.56	1.56	1.64	1.67	1.67	1.64	1.68	1.67	1.68	1.69	1.71	1.71	1.74	1.71	1.67	1.65	1.58	1.56	1.43	1.36	1.24	1.24	1.28	1.26	1.33	1.36	1.44	1.42	1.44	1.46	1.5	1.49	1.47	1.47	1.54	1.54	1.54	1.47	1.49	1.53	1.51	1.5	1.51	1.57	1.57	1.57	1.53	1.54	1.49	1.46	1.43	1.43	1.39	1.39	1.4	1.42	1.39	1.37	1.37	1.4	1.4	1.43	1.4	1.42	1.44	1.44	1.4	1.37	1.36	1.32	1.29	1.31	1.29	1.29	1.19	1.24	1.19	1.19	1.25	1.24	1.26	1.28	1.26	1.37	1.33	1.33	1.28	1.24	1.25	1.25	1.25	1.26	1.24	1.22	1.28	1.28	1.32	1.37	1.39	1.36	1.32	1.31	1.36	1.33	1.5	1.5	1.5	1.5	1.5	1.47	1.46	1.49	1.57	1.58	1.58	1.62	1.64	1.64	1.67	1.67	1.68	1.74	1.81	1.93	1.93	1.87	1.85	1.83	1.76	1.76	1.72	1.75	1.92	1.83	1.82	1.79	1.85	1.86	1.83	1.83	1.82	1.81	1.89	1.89	1.92	1.93	1.96	1.92	1.86	1.86	1.86	1.93	1.87	1.85	1.72	1.71	1.71	1.72	1.75	1.81	1.82	1.75	1.71	1.67	1.68	1.65	1.65	1.65	1.67	1.69	1.75	1.64	1.57	1.44	1.6	1.69	1.68	1.72	1.69	1.71	1.67	1.64	1.49	1.46
0.04	0.04	0.04	0.04	0.04	0.04	0.04	0.04	0.04	0.04	0.04	0.04	0.04	0.04	0.04	0.04	0.04	0.03	0.03	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.03	0.03	0.03	0.03	0.03	0.03	0.03	0.03	0.03	0.03	0.04	0.04	0.04	0.04	0.04	0.04	0.04	0.04	0.03	0.03	0.03	0.03	0.04	0.04	0.04	0.04	0.04	0.04	0.04	0.04	0.04	0.04	0.04	0.04	0.04	0.04	0.04	0.04	0.04	0.04	0.04	0.04	0.04	0.04	0.04	0.04	0.04	0.04	0.04	0.04	0.03	0.03	0.03	0.03	0.03	0.03	0.03	0.03	0.03	0.04	0.03	0.03	0.03	0.03	0.03	0.03	0.03	0.03	0.03	0.03	0.03	0.03	0.01	0.01	0.01	0.01	0.03	0.03	0.03	0.04	0.04	0.04	0.04	0.04	0.04	0.04	0.04	0.04	0.04	0.04	0.04	0.04	0.04	0.04	0.04	0.04	0.04	0.04	0.04	0.04	0.04	0.04	0.04	0.04	0.04	0.04	0.04	0.03	0.03	0.03	0.03	0.03	0.03	0.03	0.03	0.03	0.03	0.03	0.03	0.03	0.03	0.03	0.03	0.03	0.03	0.03	0.01	0.01	0.01	nan	nan	nan	nan	nan	nan	nan	nan	nan	nan	nan	nan	nan	nan	nan	nan	nan	nan	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.03	0.03	0.03	0.03	0.03	0.03	0.03	0.03	0.03	0.03	0.03	0.03	0.03	0.04
0.15	0.17	0.17	0.17	0.17	0.17	0.17	0.17	0.17	0.15	0.14	0.17	0.18	0.18	0.18	0.18	0.18	0.19	0.19	0.19	0.19	0.21	0.21	0.21	0.19	0.21	0.22	0.22	0.24	0.24	0.24	0.24	0.24	0.22	0.22	0.22	0.22	0.22	0.25	0.25	0.25	0.26	0.26	0.28	0.28	0.29	0.25	0.25	0.24	0.22	0.22	0.21	0.21	0.21	0.21	0.21	0.19	0.21	0.21	0.21	0.01	nan	nan	nan	nan	nan	nan	nan	nan	nan	nan	nan	nan	nan	nan	nan	nan	nan	nan	nan	nan	nan	nan	nan	nan	nan	0.01	0.01	0.03	0.03	0.03	0.03	0.03	0.03	0.03	0.03	0.03	0.03	0.03	0.03	0.03	0.03	0.03	0.03	0.03	0.03	0.03	0.03	0.03	0.03	0.03	0.03	0.03	0.03	0.03	0.03	0.03	0.03	0.06	0.06	0.06	0.06	0.06	0.06	0.06	0.06	0.06	0.06	0.06	0.06	0.06	0.06	0.06	0.06	0.06	0.06	0.04	0.04	0.03	0.03	0.03	0.03	0.03	0.03	0.03	0.03	0.03	0.03	0.03	0.04	0.04	0.04	0.04	0.04	0.04	0.04	0.04	0.04	0.04	0.04	0.04	0.04	0.04	0.04	0.04	0.04	0.04	0.04	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.03	0.03	0.03	0.03	0.03	0.01
0.31	0.25	0.21	0.19	0.19	0.19	0.19	0.18	0.19	0.21	0.21	0.21	0.21	0.22	0.26	0.26	0.26	0.26	0.29	0.28	0.26	0.26	0.26	0.26	0.28	0.26	0.24	0.24	0.22	0.24	0.25	0.25	0.25	0.26	0.29	0.28	0.28	0.28	0.29	0.29	0.29	0.29	0.29	0.29	0.25	0.25	0.25	0.25	0.26	0.26	0.26	0.26	0.26	0.26	0.26	0.26	0.28	0.28	0.26	0.26	0.26	0.26	0.25	0.24	0.19	0.19	0.19	0.19	0.17	0.17	0.17	0.17	0.17	0.15	0.14	0.15	0.15	0.15	0.18	0.17	0.15	0.15	0.15	0.12	0.11	0.12	0.14	0.14	0.14	0.15	0.17	0.17	0.17	0.17	0.17	0.18	0.18	0.18	0.17	0.17	0.17	0.17	0.18	0.18	0.18	0.18	0.17	0.17	0.18	0.17	0.18	0.18	0.18	0.18	0.19	0.19	0.21	0.21	0.22	0.22	0.22	0.22	0.22	0.22	0.22	0.21	0.21	0.22	0.21	0.21	0.21	0.21	0.21	0.21	0.21	0.19	0.18	0.18	0.17	0.15	0.15	0.15	0.15	0.15	0.15	0.14	0.14	0.14	0.14	0.14	0.17	0.18	0.17	0.17	0.17	0.17	0.17	0.17	0.15	0.15	0.14	0.14	0.14	0.14	0.12	0.12	0.11	0.11	0.1	0.1	0.1	0.1	0.1	0.1	0.12	0.12	0.12	0.12	0.11	0.11	0.12	0.12	0.12	0.12	0.12	0.12	0.12	0.12	0.12	0.14	0.12	0.14	0.15	0.15	0.15	0.15	0.17	0.17	0.17	0.17

Common fixes for getting bwtool to work

• For when the installation of bwtool gets stuck

• For when the installation of libbeato (a required library) gets stuck