Skip to main content

Python wrapper for the bwtool library.

Project description

Travis CI build SonarCloud Quality SonarCloud Maintainability Codacy Maintainability Maintainability Pypi project Pypi total project downloads

Python wrapper for the bwtool library. Please take a look to the bwtool wiki for notes on the installation process and to the known issues listed below within this readme.

How do I install this package?

As usual, just download it using pip:

pip install pybwtool

Tests Coverage

Since some software handling coverages sometime get slightly different results, here’s three of them:

Coveralls Coverage SonarCloud Coverage Code Climate Coverate

Extract

The extract method returns a tuple of pandas Dataframes with the data from the regions of a bed file extracted from the given bigwig.

from pybwtool import extract

bed, scores = extract(
    bed_path="path/to/my/bed_file.bed",
    bigwig_path="path/to/my/bigwig_file.bigwig",
    nan_threshold=0.95 # maximum amount of NaN to allow, otherwise the line is dropped
)

The obtained dataframes look as follows:

chr11 14606206 14606406 chr11:14606206-14606406 200
chr1 1336296 1336496 chr1:1336296-1336496 200
chr11 47745644 47745844 chr11:47745644-47745844 200
chr11 62609072 62609272 chr11:62609072-62609272 200
chr14 21523971 21524171 chr14:21523971-21524171 200
0.22 0.22 0.21 0.22 0.21 0.22 0.24 0.25 0.28 0.28 0.26 0.26 0.26 0.26 0.26 0.31 0.31 0.31 0.32 0.33 0.33 0.33 0.32 0.35 0.36 0.36 0.36 0.36 0.36 0.36 0.37 0.37 0.36 0.37 0.37 0.37 0.36 0.32 0.32 0.32 0.33 0.33 0.33 0.33 0.35 0.35 0.35 0.35 0.35 0.35 0.36 0.39 0.39 0.37 0.37 0.36 0.35 0.33 0.31 0.31 0.29 0.29 0.29 0.29 0.29 0.25 0.24 0.28 0.26 0.25 0.25 0.25 0.24 0.19 0.18 0.18 0.17 0.17 0.18 0.19 0.18 0.18 0.18 0.17 0.18 0.18 0.18 0.18 0.18 0.18 0.17 0.24 0.25 0.25 0.24 0.22 0.22 0.25 0.25 0.25 0.24 0.21 0.22 0.22 0.22 0.22 0.22 0.22 0.22 0.24 0.24 0.24 0.26 0.26 0.26 0.26 0.26 0.22 0.22 0.22 0.22 0.22 0.22 0.22 0.22 0.21 0.21 0.21 0.19 0.19 0.19 0.22 0.22 0.22 0.22 0.24 0.25 0.25 0.26 0.26 0.26 0.19 0.18 0.18 0.18 0.18 0.18 0.15 0.15 0.15 0.15 0.15 0.17 0.17 0.17 0.17 0.17 0.17 0.18 0.17 0.17 0.17 0.14 0.14 0.14 0.14 0.14 0.14 0.14 0.14 0.14 0.17 0.17 0.17 0.17 0.17 0.18 0.18 0.18 0.18 0.18 0.15 0.15 0.15 0.14 0.12 0.11 0.12 0.11 0.11 0.11 0.11 0.11 0.11 0.11 0.11 0.11 0.11 0.11 0.11
1.25 1.26 1.32 1.43 1.42 1.36 1.36 1.37 1.37 1.32 1.31 1.31 1.35 1.35 1.43 1.5 1.56 1.56 1.64 1.67 1.67 1.64 1.68 1.67 1.68 1.69 1.71 1.71 1.74 1.71 1.67 1.65 1.58 1.56 1.43 1.36 1.24 1.24 1.28 1.26 1.33 1.36 1.44 1.42 1.44 1.46 1.5 1.49 1.47 1.47 1.54 1.54 1.54 1.47 1.49 1.53 1.51 1.5 1.51 1.57 1.57 1.57 1.53 1.54 1.49 1.46 1.43 1.43 1.39 1.39 1.4 1.42 1.39 1.37 1.37 1.4 1.4 1.43 1.4 1.42 1.44 1.44 1.4 1.37 1.36 1.32 1.29 1.31 1.29 1.29 1.19 1.24 1.19 1.19 1.25 1.24 1.26 1.28 1.26 1.37 1.33 1.33 1.28 1.24 1.25 1.25 1.25 1.26 1.24 1.22 1.28 1.28 1.32 1.37 1.39 1.36 1.32 1.31 1.36 1.33 1.5 1.5 1.5 1.5 1.5 1.47 1.46 1.49 1.57 1.58 1.58 1.62 1.64 1.64 1.67 1.67 1.68 1.74 1.81 1.93 1.93 1.87 1.85 1.83 1.76 1.76 1.72 1.75 1.92 1.83 1.82 1.79 1.85 1.86 1.83 1.83 1.82 1.81 1.89 1.89 1.92 1.93 1.96 1.92 1.86 1.86 1.86 1.93 1.87 1.85 1.72 1.71 1.71 1.72 1.75 1.81 1.82 1.75 1.71 1.67 1.68 1.65 1.65 1.65 1.67 1.69 1.75 1.64 1.57 1.44 1.6 1.69 1.68 1.72 1.69 1.71 1.67 1.64 1.49 1.46
0.04 0.04 0.04 0.04 0.04 0.04 0.04 0.04 0.04 0.04 0.04 0.04 0.04 0.04 0.04 0.04 0.04 0.03 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.04 0.04 0.04 0.04 0.04 0.04 0.04 0.04 0.03 0.03 0.03 0.03 0.04 0.04 0.04 0.04 0.04 0.04 0.04 0.04 0.04 0.04 0.04 0.04 0.04 0.04 0.04 0.04 0.04 0.04 0.04 0.04 0.04 0.04 0.04 0.04 0.04 0.04 0.04 0.04 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.04 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.03 0.03 0.04 0.04 0.04 0.04 0.04 0.04 0.04 0.04 0.04 0.04 0.04 0.04 0.04 0.04 0.04 0.04 0.04 0.04 0.04 0.04 0.04 0.04 0.04 0.04 0.04 0.04 0.04 0.04 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.01 0.01 0.01 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.04
0.15 0.17 0.17 0.17 0.17 0.17 0.17 0.17 0.17 0.15 0.14 0.17 0.18 0.18 0.18 0.18 0.18 0.19 0.19 0.19 0.19 0.21 0.21 0.21 0.19 0.21 0.22 0.22 0.24 0.24 0.24 0.24 0.24 0.22 0.22 0.22 0.22 0.22 0.25 0.25 0.25 0.26 0.26 0.28 0.28 0.29 0.25 0.25 0.24 0.22 0.22 0.21 0.21 0.21 0.21 0.21 0.19 0.21 0.21 0.21 0.01 nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan 0.01 0.01 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.06 0.06 0.06 0.06 0.06 0.06 0.06 0.06 0.06 0.06 0.06 0.06 0.06 0.06 0.06 0.06 0.06 0.06 0.04 0.04 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.04 0.04 0.04 0.04 0.04 0.04 0.04 0.04 0.04 0.04 0.04 0.04 0.04 0.04 0.04 0.04 0.04 0.04 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.01
0.31 0.25 0.21 0.19 0.19 0.19 0.19 0.18 0.19 0.21 0.21 0.21 0.21 0.22 0.26 0.26 0.26 0.26 0.29 0.28 0.26 0.26 0.26 0.26 0.28 0.26 0.24 0.24 0.22 0.24 0.25 0.25 0.25 0.26 0.29 0.28 0.28 0.28 0.29 0.29 0.29 0.29 0.29 0.29 0.25 0.25 0.25 0.25 0.26 0.26 0.26 0.26 0.26 0.26 0.26 0.26 0.28 0.28 0.26 0.26 0.26 0.26 0.25 0.24 0.19 0.19 0.19 0.19 0.17 0.17 0.17 0.17 0.17 0.15 0.14 0.15 0.15 0.15 0.18 0.17 0.15 0.15 0.15 0.12 0.11 0.12 0.14 0.14 0.14 0.15 0.17 0.17 0.17 0.17 0.17 0.18 0.18 0.18 0.17 0.17 0.17 0.17 0.18 0.18 0.18 0.18 0.17 0.17 0.18 0.17 0.18 0.18 0.18 0.18 0.19 0.19 0.21 0.21 0.22 0.22 0.22 0.22 0.22 0.22 0.22 0.21 0.21 0.22 0.21 0.21 0.21 0.21 0.21 0.21 0.21 0.19 0.18 0.18 0.17 0.15 0.15 0.15 0.15 0.15 0.15 0.14 0.14 0.14 0.14 0.14 0.17 0.18 0.17 0.17 0.17 0.17 0.17 0.17 0.15 0.15 0.14 0.14 0.14 0.14 0.12 0.12 0.11 0.11 0.1 0.1 0.1 0.1 0.1 0.1 0.12 0.12 0.12 0.12 0.11 0.11 0.12 0.12 0.12 0.12 0.12 0.12 0.12 0.12 0.12 0.14 0.12 0.14 0.15 0.15 0.15 0.15 0.17 0.17 0.17 0.17

Project details


Download files

Download the file for your platform. If you're not sure which to choose, learn more about installing packages.

Files for pybwtool, version 1.0.2
Filename, size File type Python version Upload date Hashes
Filename, size pybwtool-1.0.2.tar.gz (8.0 kB) File type Source Python version None Upload date Hashes View

Supported by

AWS AWS Cloud computing Datadog Datadog Monitoring DigiCert DigiCert EV certificate Facebook / Instagram Facebook / Instagram PSF Sponsor Fastly Fastly CDN Google Google Object Storage and Download Analytics Pingdom Pingdom Monitoring Salesforce Salesforce PSF Sponsor Sentry Sentry Error logging StatusPage StatusPage Status page