unKR 0.2.0

An Open Source Library for uncertain Knowledge Reasoning

unKR

uncertain Knowledge Graph

第一阶段：复现UKGE

1. 数据处理
2. 模型构建
3. 整合跑通

第二阶段：复现其他模型

#	Model	Paper	🐮🐴	Notes
1.	UKGE	To be continue...	zst
2.	PASSLEAF	To be continue...	zst
3.	BEUrRE	To be continue...	lyc	🧈
4.	FocesE	To be continue...	lyc
5.	UKGsE	To be continue...	lw
6.	GTransE	To be continue...	lw
7.	GMUC	To be continue...	csl	💡
8.	GMUC+	To be continue...	csl	💡
9.	UPGAT	To be continue...	xjy

模型实现进度及问题

记录实现其它模型时，遇到的暂时无法解决的问题，以便组内复查 ……

BEUrRE

1. 可以再讨论一下BaseLitModel里关于指标的逻辑，每个模型不需要所有指标都测量，例如耗时的NDCG可以默认关闭。
2. Pyrcharm会自动识别src为源文件，因此能找到src.unKR，使用其他编译器或服务器则无法识别，因此可以考虑将unKR移出替代src文件夹？
3. 为什么训练中会出现Hit@10指标上升，但MAE和MSE指标同时也在上升的情况？

GMUC & GMUCp

1. MSE，MAE置信度预测结果达到论文水平，但是链路预测的mrr，hits@1等指标异常，与原文差距较大
2. GMUCp源码中的loss可以降到1以下，但在本框架中始终卡在4点多，暂未找到原因，因此导致链路预测效果差
3. GMUCp越训练，效果反而越差，初始的仅训练一个epoch，hits10能达到0.2左右，而训练了600epoch，预测结果不到0.1

总结：在该框架下训练模型，须适当调小学习率，方能得到与论文中接近的结果。

PASSELAF

1. 论文指标的数量级存疑 2. RotatE加进来后的表现明显相比另外两个指标而言较差，后续需查明原因

GeneratePSL

此部分以linqs团队开发的PSL程序为核心，为unKR用户提供了一个适用于我们数据格式的PSL接口，并允许用户自定义关系与谓词，不过目前上传的示例中，受内存限制，obs略小于实际值，生成的softlogic也较小，但是已能完整地运行整个流程，后续会跑出来一个完整的示例。

第三阶段：模型结果

NL27k

	链	接	预	测					置信度	预测
模型	Hits@1	Hits@5	Hits@10	MR	MRR	WMR	WMRR	nDCG	MSE	MAE
UKGE	0.3650	0.5390	0.6110	155.9530	0.4510	134.0200	0.4810	0.7538	0.0310	0.0720
UKGE_PSL	0.4350	0.6270	0.7050	154.2640	0.5280	131.4950	0.5610	0.8267	0.0290	0.0680
PASSLEAF_DistMult	0.3240	0.5040	0.5840	256.2660	0.4110	222.6580	0.4630	0.7393	0.0220	0.0530
PASSLEAF_ComplEx	0.3280	0.5060	0.5850	267.5960	0.4150	232.4220	0.4660	0.7450	0.0230	0.0520
PASSLEAF_RotatE	0.5620	0.7540	0.8010	128.8960	0.6510	111.2940	0.6970	0.8983	0.0330	0.0820
BEUrRE	0.2430	0.5210	0.5990	597.7600	0.2890	466.1090	0.3179	0.7083	0.0872	0.2179
FocusE(DistMult)	0.7459	0.8919	0.9419	408.2340	0.8180	366.8210	0.8429	0.9332	/	/
UKGsE	0.0030	0.0110	0.0230	1822.4110	0.0120	1018.4010	0.0410	0.3201	0.1100	0.2630
GTransE	0.1740	0.3920	0.4620	1230.9091	0.2790	1159.0580	0.3000	0.6026	/	/
GMUC	0.3589	0.5189	0.5960	67.2689	0.4399	67.1389	0.4420	0.6349	0.0280	0.1209
GMUC+	0.3499	0.5490	0.6480	44.2350	0.4480	44.0069	0.4490	0.6309	0.0149	0.0970
UPGAT

CN15k

	链	接	预	测					置信度	预测
模型	Hits@1	Hits@5	Hits@10	MR	MRR	WMR	WMRR	nDCG	MSE	MAE
UKGE	0.0800	0.1650	0.2090	2044.1680	0.1240	1876.6320	0.1370	0.6140	0.2160	0.3830
UKGE_PSL	0.0800	0.1740	0.2240	1906.1050	0.1290	1738.6910	0.1420	0.6211	0.2190	0.3830
PASSLEAF_DistMult	0.0590	0.1510	0.1930	1629.4900	0.1060	1484.8370	0.1200	0.5771	0.1800	0.3390
PASSLEAF_ComplEx	0.0740	0.1650	0.2040	1897.3080	0.1210	1727.7020	0.1360	0.5988	0.1750	0.3400
PASSLEAF_RotatE	0.0780	0.2150	0.2570	1631.1870	0.1440	1446.1200	0.1620	0.7010
BEUrRE	0.0439	0.2409	0.2920	1136.7280	0.1390	1055.7650	0.1500	0.7309	0.1800	0.3529
FocusE(DistMult)	0.1640	0.2806	0.3429	2025.5419	0.2259	1890.2019	0.2489	0.8325	/	/
UKGsE	0.0030	0.0110	0.0210	1858.2120	0.0110	1068.9890	0.0370	0.3124	0.1060	0.2570
GTransE	0.0490	0.1710	0.2240	1090.5320	0.1110	959.9320	0.1190	0.4907	/	/
GMUC	0.0120	0.0890	0.1539	94.0910	0.0630	93.8160	0.0619	0.2070	0.0299	0.1599
UPGAT

PPI5k

	链	接	预	测					置信度	预测
模型	Hits@1	Hits@5	Hits@10	MR	MRR	WMR	WMRR	nDCG	MSE	MAE
UKGE	0.6090	0.9090	0.9560	22.1730	0.7430	16.2180	0.7680	0.9836	0.0030	0.0240
UKGE_PSL	0.6150	0.9180	0.9630	20.9030	0.7500	15.4580	0.7740	0.9839	0.0030	0.0230
PASSLEAF_DistMult	0.3560	0.7900	0.9010	11.5460	0.5480	11.2380	0.5840	0.9544	0.0030	0.0220
PASSLEAF_ComplEx	0.4440	0.8350	0.9300	9.0550	0.6200	8.3860	0.6530	0.9654	0.0030	0.0220
PASSLEAF_RotatE	0.3670	0.8780	0.9410	7.7170	0.6000	6.9570	0.6210	0.9611	0.0040	0.0290
BEUrRE	0.0	0.8190	0.9190	9.8590	0.3689	7.5050	0.4050	0.9160	0.0170	0.0820
FocusE(DistMult)	0.9359	0.9840	0.9929	4.6939	0.9610	5.3559	0.9679	0.9483	/	/
UKGsE	0.1980	0.4480	0.6080	58.6620	0.3300	39.7310	0.3940	0.9124	0.0080	0.0530
GTransE	0.0120	0.2070	0.3120	160.7230	0.1210	109.0610	0.1780	0.7669	/	/
UPGAT

评测任务及指标

1. 置信度预测任务：

   1）MSE为均方误差（预测值与真实值的绝对平方误差的平均值） $${ MSE }=\frac{1}{m} \sum_{i=1}^m\left(y_i-\hat{y}_i\right)^2$$

   2）MAE为平均绝对误差（预测值与真实值的绝对误差的平均值） $${ MAE }=\frac{1}{m} \sum_{i=1}^m\left|\hat{y}_i-y_i\right|$$

2. 链接预测任务：

   1）Hits@k指标越大越好(该指标是指在链接预测中排名小于k的三元组的平均占比) $${Hits} @ k=\frac{1}{|S|} \sum_{i=1}^{|S|} \mathbb{I}\left({rank}_i \leqslant k\right)$$

   2）MR指标越小越好（排名越靠前rank越小，求和也就更小） $${MR}=\frac{1}{|S|} \sum_{i=1}^{|S|} {rank}_i$$

   3）MRR指标越大越好（即预测排名越靠前，倒数就越大，求和结果越大越好） $${MRR}=\frac{1}{|S|} \sum_{i=1}^{|S|} \frac{1}{{rank}_i}$$

   4）nDCG为归一化折损累计增益

   Gain: 表示一个列表中所有item的相关性分数，rel(i)表示item(i)相关性得分 $$Gain={rel}(i)$$

   Cumulative Gain（CG）: 表示对K个item的Gain进行累加 $$C G_k=\sum_{i=1}^k {rel}(i)$$

   Discounted Cumulative Gain（DCG）: 考虑排序顺序的因素，使得排名靠前的item增益更高，对排名靠后的item进行折损 $$D C G_k=\sum_{i=1}^k \frac{{rel}(i)}{\log _2(i+1)}$$

   $$I D C G_k=\sum_{i=1}^{|REL_k|} \frac{{rel}(i)}{\log _2(i+1)}$$

   Normalized DCG(nDCG): 归一化折损累计增益 $$n D C G_k=\frac{{DCG}_k} {{IDCG}_k}$$

   5）WMR指标越小越好（排名越靠前rank越小，求和也就更小） $$WMR=\frac{1}{\sum_i c_i}\sum_i c_i\cdot rank_i$$

   6）WMRR指标越大越好（即预测排名越靠前，倒数就越大，求和结果越大越好） $$WMRR=\frac{1}{\sum_i c_i}\sum_i c_i\cdot \frac{1}{rank_i}$$

数据集

Dataset	Original Dataset	Entities	Relations	Uncertain Relation Facts
CN15K	ConceptNet	15000	36	241158
NL27K	NELL	27221	404	175412
PPI5K	STRING	4999	7	271666

参考⼯作

• NeuralKG，浙⼤张⽂ NeuralKG: An Open Source Library for Diverse Representation Learning of Knowledge Graphs. SIGIR 2022 Demo. https://arxiv.org/pdf/2202.12571.pdf
• NeuralKG-ind: A Python Library for Inductive Knowledge Graph Representation Learning. SIGIR 2023 Demo. https://arxiv.org/pdf/2304.14678.pdf
• GitHub⽹⻚：https://github.com/zjukg/NeuralKG