Yucebio YC2 WdlAdaptor
Project description
Yucebio Wdl适配器
- 根据不同云平台的Cromwell基础设施将通用的workflow内容转换适合对应平台的版本
- 已经支持的云
- Yucebio 本地SGE集群
- 阿里云批量计算平台
- 亚马逊云Batch平台
- 适配器安装成功后会在本地python环境中添加
yc2_wdl
的命令行工具.使用人员可以通过输入该命令检查是否安装成功. - 适配器目前提供了6个子命令
yc2_wdl version
: 查看版本信息. 目前应当是 1.0.0yc2_wdl login
: 用于登录, 使用适配器必须先登录yc2_wdl config
: 用于配置Cromwell 和 APIyc2_wdl adaptor
: 用于投递作业yc2_wdl adaptor submit
生产人员投递通用流程yc2_wdl adaptor restart
生产人员重投作业, 重投之前,需要先中止运行中的作业yc2_wdl adaptor abort
中止作业yc2_wdl adaptor convert
生信研发人员投递(或重新投递)开发中的流程作业yc2_wdl adaptor update-bcs-instance
生信研发人员更新本地阿里云实例配置信息.避免因阿里云平台实例类型错误导致分析失败
yc2_wdl api
: 提供API相关的辅助命令yc2_wdl api sync-backends
将本地Cromwell配置上传到服务器或从服务器下载Cromwell配置到本地yc2_wdl api list-backends
列出服务器上保存的Cromwell配置yc2_wdl api link-job
该命令用于管理历史作业, 手动将历史作业信息上传到服务器.yc2_wdl api export-workflow
导出作业适配后的JSON或WDL内容
yc2_wdl monitor
: 提供查询作业信息相关的辅助命令yc2_wdl monitor query
: 基于Cromwell原生接口查询指定Cromwell服务器上的所有作业信息yc2_wdl monitor ls
: 查询个人(JSON中的owner)投递的作业.
- 所有子命令(和二级子命令)支持最小前缀匹配的简写模式,即根据子命令前缀自动识别要执行的命令
安装
# 初始化环境,如通过conda初始化python>=3.9的环境
$ conda create -n python3.9 python=3.9
# 安装
$ pip install Yucebio-Wdladaptor
# 使用
$ yc2_wdl --help
详细使用说明
更新日志
附录
各个平台可用自定义RUNTIME属性
通用属性
- cpu
- memory
阿里云
- rescource_type 控制生成竞价型或按需型实例
- systemDisk
- cluster
- mounts, vpc
- continueOnReturnCode, failOnStderr
SGE
- owner: 指定sge任务属主
- 'cpu', 'memory', "sge_queue", "sge_project", "mount", 'continueOnReturnCode'
- simg
亚马逊
- cpu
- memory
- docker
- disk
Project details
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Hashes for yucebio_yc2_adaptor-2.0.3-py3-none-any.whl
Algorithm | Hash digest | |
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SHA256 | f944fad486b5b0aa09a31bd585588ea499aa82354997702dbf7243f5fcace8db |
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MD5 | 84340a7d55dcd6d8de3aa88cf44ab386 |
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BLAKE2b-256 | 83a03b7dc95ab1a04930de4bffc7fa32d671c118473585fba59432f7839e442c |