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Yucebio YC2 WdlAdaptor

Project description

Yucebio Wdl适配器

  • 根据不同云平台的Cromwell基础设施将通用的workflow内容转换适合对应平台的版本
  • 已经支持的云
    • Yucebio 本地SGE集群
    • 阿里云批量计算平台
    • 亚马逊云Batch平台
  • 适配器安装成功后会在本地python环境中添加yc2_wdl的命令行工具.使用人员可以通过输入该命令检查是否安装成功.
  • 适配器目前提供了6个子命令
    • yc2_wdl version: 查看版本信息. 目前应当是 1.0.0
    • yc2_wdl login: 用于登录, 使用适配器必须先登录
    • yc2_wdl config: 用于配置Cromwell 和 API
    • yc2_wdl adaptor: 用于投递作业
      • yc2_wdl adaptor submit 生产人员投递通用流程
      • yc2_wdl adaptor restart 生产人员重投作业, 重投之前,需要先中止运行中的作业
      • yc2_wdl adaptor abort 中止作业
      • yc2_wdl adaptor convert 生信研发人员投递(或重新投递)开发中的流程作业
      • yc2_wdl adaptor update-bcs-instance 生信研发人员更新本地阿里云实例配置信息.避免因阿里云平台实例类型错误导致分析失败
    • yc2_wdl api: 提供API相关的辅助命令
      • yc2_wdl api sync-backends 将本地Cromwell配置上传到服务器或从服务器下载Cromwell配置到本地
      • yc2_wdl api list-backends 列出服务器上保存的Cromwell配置
      • yc2_wdl api link-job 该命令用于管理历史作业, 手动将历史作业信息上传到服务器.
      • yc2_wdl api export-workflow 导出作业适配后的JSON或WDL内容
    • yc2_wdl monitor: 提供查询作业信息相关的辅助命令
      • yc2_wdl monitor query: 基于Cromwell原生接口查询指定Cromwell服务器上的所有作业信息
      • yc2_wdl monitor ls: 查询个人(JSON中的owner)投递的作业.
    • 所有子命令(和二级子命令)支持最小前缀匹配的简写模式,即根据子命令前缀自动识别要执行的命令

安装

# 初始化环境,如通过conda初始化python>=3.9的环境
$ conda create -n python3.9 python=3.9

# 安装
$ pip install Yucebio-Wdladaptor

# 使用
$ yc2_wdl --help

详细使用说明

更新日志

附录

各个平台可用自定义RUNTIME属性

通用属性

  • cpu
  • memory

阿里云

  • rescource_type 控制生成竞价型或按需型实例
  • systemDisk
  • cluster
  • mounts, vpc
  • continueOnReturnCode, failOnStderr

SGE

  • owner: 指定sge任务属主
  • 'cpu', 'memory', "sge_queue", "sge_project", "mount", 'continueOnReturnCode'
  • simg

亚马逊

  • cpu
  • memory
  • docker
  • disk

Project details


Download files

Download the file for your platform. If you're not sure which to choose, learn more about installing packages.

Source Distributions

No source distribution files available for this release.See tutorial on generating distribution archives.

Built Distribution

yucebio_yc2_adaptor-2.0.3-py3-none-any.whl (70.2 kB view hashes)

Uploaded Python 3

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