bdcc-tools

BDCC Tools: Biodiversity Data Cleaning and Curation Tools.

bdcctools tiene funciones útiles para la verificación geográfica y taxonómica de registros biológicos.

Instalación

Con pip:

pip install bdcctools

Con conda:

Cómo contribuir

1. Clone este repositorio en su máquina:

git clone https://github.com/PEM-Humboldt/bdcc-tools.git

2. Ubíquese en la raíz del proyecto:

cd bdcc-tools

3. Instale el paquete en modo de desarrollo:

pip install --editable .[dev,test]

Se recomienda que la instalación del paquete en modo de desarrollo se haga en un entorno virtual para no alterar otras instalaciones existentes de Python en el sistema.

Teniendo en cuenta que bdcctools tiene dependencias como fiona, gdal y rasterio, las cuales pueden necesitar pasos adicionales (ver 1 y 2) a los anteriores para su instalación, se recomienda utilizar un entorno virtual de conda para instalar bdcctools en modo de desarrollo y evitar la instalación manual de algunas dependencias.

1. Para crear el entorno virtual de conda, ubíquese en la raíz del proyecto y ejecute:

conda env create -f environment.yml

2. Active el entorno virtual recién creado:

conda activate bdcctools-dev

3. Instale el paquete en modo de desarrollo:

pip install --editable .[dev,test]

Ejecución de pruebas unitarias

Ubicado dentro del proyecto, ejecute:

pytest tests/