Biyoinformatik dersi MAFFT algoritması dönem projesi
Project description
BeratTrnMAFFT 🧬
BeratTrnMAFFT, biyoinformatik çalışmaları için geliştirilmiş, Hızlı Fourier Dönüşümü (FFT) tabanlı bir Çoklu Dizi Hizalaması (Multiple Sequence Alignment - MSA) Python kütüphanesidir. Geleneksel dinamik programlama algoritmalarının yüksek zaman karmaşıklığını ($O(nmk)$) aşmak için sinyal işleme tekniklerini ve aşamalı hizalama (progressive alignment) stratejilerini kullanır.
Bu kütüphane, İstanbul Rumeli Üniversitesi Biyoinformatik dersi dönem projesi kapsamında geliştirilmiştir.
✨ Özellikler
- Sinyal Dönüşümü (One-Hot Encoding): DNA dizilerini (A, C, G, T) matematiksel analiz için 4 kanallı dijital sinyallere dönüştürür.
- FFT Tabanlı Çapraz Korelasyon: Diziler arasındaki homolog (benzer) bölgeleri bulmak için frekans uzayında hızlı çapraz korelasyon (cross-correlation) hesaplaması yapar.
- Aşamalı Hizalama (Progressive Alignment): FFT skorlarından elde edilen benzerlik matrisini kullanarak, dizileri "Kılavuz Ağaç" (Guide Tree) mantığıyla aşamalı olarak gruplar ve hizalar.
- FASTA Desteği: Biyolojik dizileri standart
.fastaformatındaki dosyalardan kolayca okuyabilmeniz için dahili araçlar sunar.
📦 Kurulum
Kütüphaneyi PyPI üzerinden pip kullanarak kolayca sisteminize kurabilirsiniz:
pip install BeratTrnMAFFT
Release history Release notifications | RSS feed
Download files
Download the file for your platform. If you're not sure which to choose, learn more about installing packages.
Source Distribution
Built Distribution
Filter files by name, interpreter, ABI, and platform.
If you're not sure about the file name format, learn more about wheel file names.
Copy a direct link to the current filters
File details
Details for the file berattrnmafft-0.1.1.tar.gz.
File metadata
- Download URL: berattrnmafft-0.1.1.tar.gz
- Upload date:
- Size: 4.1 kB
- Tags: Source
- Uploaded using Trusted Publishing? No
- Uploaded via: twine/6.2.0 CPython/3.12.2
File hashes
| Algorithm | Hash digest | |
|---|---|---|
| SHA256 |
11ac0ce1293887ed847cef762e221b7058ea6a62ec8136bc66fb5377622ee5f7
|
|
| MD5 |
ed2fe75bcd7776d9fc66dd3ebd36230d
|
|
| BLAKE2b-256 |
8dbe34b174634c42d3b2e30ddb84dabfa5085149105e9762cff268fa994774ed
|
File details
Details for the file berattrnmafft-0.1.1-py3-none-any.whl.
File metadata
- Download URL: berattrnmafft-0.1.1-py3-none-any.whl
- Upload date:
- Size: 4.5 kB
- Tags: Python 3
- Uploaded using Trusted Publishing? No
- Uploaded via: twine/6.2.0 CPython/3.12.2
File hashes
| Algorithm | Hash digest | |
|---|---|---|
| SHA256 |
f90fbfc0a1cbc8cc9fdc741c615f7581b9a3887176af678dd2618ee569a82590
|
|
| MD5 |
d04f5857818a01a0bfe10354a6a64d08
|
|
| BLAKE2b-256 |
95d273494ee3c3c1f8610c0308bd5afcaeaa43a3f78bed6626caa3f8c3a94efd
|
