CentriVision

At present there is no detailed manual for this application, you will simply have to play around and see what happens.

📖 用户手册正在紧锣密鼓地编写中！

I'm working hard on a clear and practical guide—stay tuned!

如有疑问或建议，随时提 Issue，我们一起把它打磨得更好。

Questions or ideas? Open an issue and let’s make it better together.

CentriVision 是一个用于研究基因组着丝粒结构的软件工具。

简介

CentriVision 旨在提供一个简单而强大的工具，用于分析和可视化基因组中着丝粒的结构。它支持从基因组中提取和分析着丝粒相关信息，并提供丰富的可视化功能，以帮助研究人员深入理解着丝粒的组织和功能。

安装

你可以使用 pip 来安装 CentriVision：

pip install CentriVision

或者，你也可以从本地安装 CentriVision 的 wheel 文件：

pip install CentriVision-x.x.x-py3-none-any.whl

软件依赖TRF,Mafft,Muscle

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配置：

以下以 ubuntu操作系统 用户名为charles 的conda3 python3.11环境为例

默认安装路径：

/home/charles/anaconda3/lib/python3.11/site-packages/CentriVision/

查看依赖文件：

cat /home/charles/anaconda3/lib/python3.11/site-packages/CentriVision/conf.ini

[ini]

trf_path = /usr/bin/trf

mafft_path = /usr/bin/mafft

muscle_path = /usr/bin/muscle

使用vim或其它编辑器修改对应依赖软件位置TRF\Mafft\Muscle 并保存

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使用

命令： CentriVision -h

usage: CentriVision [options]

runing CentriVision

options:

-h, --help show this help message and exit

-v, --version show program's version number and exit

-ps PALINDROMIC Palindromic sequence 查询基因组中的回文序列

-trf TRF run TRF(Tandem Repeat Finder) 通过TRF查找串联重复序列；

-cf CENTRIFINDER Centrifinder 着丝粒预测；

-md DOTPLOT mini Dotplot 重复序列点图；

-hm HEATMAP Heatmap 区域相似度热图；

-m MONOMER Monomer scanning 重复单体扫描；

-s SEQSIGIL SeqSigil scanning 重复单体logo；

-ic IC_SIGNIFICANCE Ic Significance 单体保守性IC检验；

-sa SATAGE SatAge Monomer 重复时间推断（拟分子钟）；

-gc GET_CENTRI Get_centri 提取基因组的指定区域；

-gf GET_CENTGFF Get_centgff 提取基因组的指定区域gff,index修改为相对着丝粒；

-gr GET_REPEAT Get_repeat 根据gff3提取基因组的重复序列；

-c COUNT_FILE Count_file 统计dotplot文件；

-r HOR HOR HOR搜索；

-ed EDISTDOT EdistDot EdistDot 点阵图；

-e EDISTALN EdistAln EdistAln 快速比对；

-cd COMMUNITY_DETECTION Community_detection 重复序列社区发现；

-cm REPEAT_COMMUNITY_MAP Repeat_community_map 重复序列社区映射；

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着丝粒点阵图 -d

查看对应参数

命令： CentriVision -d ?

将参数重定向到配置文件total.conf

覆盖式命令： CentriVision -d ? > total.conf

追加式命令： CentriVision -d ? >> total.conf

配置文件：

[Dotplot]

genome_file = genome file

windows = 4000

minlength = 8

poly = False

cpu = 16

outfile = out dotplot

参数解释：

genome_file 着丝粒fasta文件

windows 窗口宽度

minlength 最短重复片段

poly 单碱基重复去除

cpu 线程数

outfile 着丝粒特征文件

功能执行：

命令： CentriVision -d total.conf

结果： 点阵图：展示序列重复规律的点图

查找重复单元的相位纠正图

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着丝粒热图 -hmap

查看对应参数

命令： CentriVision -hmap ?

将参数重定向到配置文件total.conf

覆盖式命令： CentriVision -hmap ? > total.conf

追加式命令： CentriVision -hmap ? >> total.conf

配置文件：

[Heatmap]

centromere_file = genome file

align_software = muscle or mafft

color_mode = Discrete or Gradient

split = 1000

out_path = out path

参数解释：

centromere_file 着丝粒fasta文件

align_software 多序列比对软件支持 muscle or mafft

color_mode 颜色模式支持 Discrete or Gradient

split 每着丝粒拆分为1000等份

out_path 输出路径

功能执行：

命令： CentriVision -hmap total.conf

结果

重复序列相似性热图：

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