crystalpol 0.1.0

Crystal Optimization Automation using Gaussian16

CrystalPol

Arquivo de Configuração - config.yml

No arquivo de Configuração temos as sequintes keywords:

crystal_pol:
    mem: *obrigatorio*
    level: *obrigatorio*
    n_atoms: *obrigatorio*
    n_procs: 1
    pop: "chelpg"
    mult: [ 0, 1 ]
    charge_tolerance: 0.02
    simulation_dir: "simfiles"
    comment: "Crystal"

Estas keywords são utilizadas para controlar o comportamento do programa CrystalPol e de sua dependência Gaussian.

Arquivo de input - crystal.xyz

O arquivo de input deve ter o formato

H   1.0000  1.0000  1.0000

Sendo que as primeiras N (valor derivado da keyword n_atoms) átomos devem ser da molécula da celula unitária a ser otimizada.

Este arquivo pode ser obtido também retirando o header de um arquivo .gjf e o renomeando para .xyz

Instalando dependência

python3 -m pip install setproctitle pyyaml nptyping numpy

Como executar

python3 -m crystalpol -c {arquivo_de_config}.yml -i {arquivo_de_input}.xyz -o {arquivo_de_saida}.log

Caso as opções -c, -i e -o não seja dadas os seguintes valores padrões serão usados:

• arquivo_de_config: config.yml
• arquivo_de_input: crystal.xyz
• arquivo_de_saida: run.log

Orientação para Citações

Por favor citar este software utilizando o seguinte biblatex:

@software{crystalpol,
  author = {{Georg, Herbert} and {Batista, Vitor}},
  title = {CrystalPol - Crystal Polarization Software},
  url = {https://github.com/HideyoshiNakazone/CrystalPol},
  version = {0.1},
}