dynamic-indicators-tools 1.0.2

Repositorio que recoge herramientas para el análisis de sistemas dinámicos

Dynamic Indicators Tools

Conjunto de funciones asociadas al análisis de sistemas dinámicos. Concretamente, enfocado al análisis de estructuras invariantes o indicadores dinámicos como los campos FTLE [1], Lagrangian Descriptors [2] o determinación de Lagrangian Structure Coehrents (LCS) [3].

Cómo comenzar

Las funciones que contiene este paquete están desarroladas utilizando Python 3.8.

Requirements

Los paquetes que utiliza estas funciones son:

scipy>=1.10.1,<1.10.2
matplotlib>=3.7.1,<3.7.2
attrs>=23.1.0,<23.1.1
tqdm>=4.65.0,<4.65.1
pyqt5>=5.15.9,<5.15.10

Instalación

pip install dynamic-indicators-tools

Contenido

Dado un sistema diferencial, un espacio de fase $\mathcal{D}$ y un tiempo inicial $t_0$, el campo de los finite-time Lyapunov Exponents (FTLE) o el de los Lagrangian Descriptors LD se calcula para cada punto $\vec{x}\in U\subset \mathcal{D}$. Bajo esta premisa, necesitamos primero poder resolver el sistema diferencial tomando como condiciones iniciales cada punto $x\in U$ y de esta manera tener el valor de la función flujo $\phi_{t_0}^{t_0+T}(\vec{x})$.

El código de dynamic_indicators_tools se ha estructurado en tres módulos diferenciando las funcionalidades necesarias para el cálculo de los indicadores dinámicos.

i) differentials_systems

En este módulo se recogen todos los objetos y funciones destinadas a la resolución numérica de sistemas diferenciales. En particular, la construcción de los sistemas se recogen dentro de los objetos DiffSystem indicándole la función $f(\vec{x}(t), t)$ y la variable del sistema $\vec{x}$ a través de un objeto DiffVariable. Los objetos DiffSystem incluyen un método de resolución del sistema en donde podemos indicarle el integrador que deseemos, donde la solución del sistema $\vec{x}($ se almacenará en el objeto DiffVariable asociado al sistema. La solución se guarda en el objeto DiffVariable almacenando el valor de la variable $vec{x}(t)$ para una malla de puntos $t\in I\subset [t_0, t_0+T]$. Estos objetos contienen un método que, dado un $t^\notin I$, interpola la solución $\vec{x}(t^)$ usando los valores $vec{x}(t)$ guardado en la malla de valores $I$.

Lo último destacable de este módulo son los objetos FlowMap, los cuales representan las funciones flujo $\phi$ y se contruyen utilizando un sistema diferencial DiffSystem y el valor que marca el tiempo inicial $t_0$. El objeto FlowMap es llamable, devolviendo el valor de $\phi_{t_0}^{t_0+T}(\vec{x})$ dado un $\vec{x}\in U$ y un tiempo $t=t_0+T$, habiendo definido los parámetros del integrador a utilizar. Además posee un método para, dado unos límites de un rectángulo $U\subset \mathcal{D}$, construye una malla de puntos $\phi_{t_0}^{t_0+T}(G)\subset U$ con el valor del flujo para cada punto $\vec{x}\in G\subset U$.

Podemos encontrar ejemplos de las funcionalidades que acabamos de describir en los test utnitarios. Dentro de los test definidos en tests/test_diff_systems.py, se puede observar como se comparan los resultados obtenidos por estos métodos con las soluciones reales obtenidas del sistema $\dot x_i = (-1)^{i}x_i$. Así, además de tener un ejemplo de como utilizar estas funciones, podemos comprobar que la funcionalidad esperada por estos métodos y objetos se cumple con exactitud.

ii) numercial_methods

En este módulo se han implementado los métodos de integración y de diferenciación numérica. En el último de éstos, podemos encontrar en numercial_methods.differentiation métodos de derivadas numéricas por diferencias finitas hacia delante, con un error de grado uno, y centradas con un error de grado dos. Usando estos métodos se define una función que calcula la jacobiana para una malla de puntos dada. Estos métodos se utilizarán para calcular la jacobiana de la función flujo y posteriormente el tensor Cauchy-Green.

Las funcionalidades de integración se recogen dentro de numerical_methods.integrators los métodos numéricos de integración numérica unidimensionales. Estos métodos se basan en la librería scipy.integrate y son utilizados en el cálculo del campo de Lagrangian Descriptors.

Como en el caso anterior, la funcionalidad de los integradores y de las derivadas numéricas son comprobados a través de test en test_lagrangian_descriptors.py y test_differentiation.py respectivamente.

iii) dynamic_indicators

En este último módulo se recogen la construcción de los indicadores dinámicos. Aquí podemos destacar dos grupos, las construcciones de los FTLE en finite_time_lyapunov_exponents y la de los LD lagrangian_descriptors. Además se recoge las funcionalidades de representación en gráficas dentro de plot_descriptors para poder representar los campos escalares de cad aindicador.

Por último se define el proceso completo de los indicadores en dynamic_indicators_process. Para ello se crea una interfaz DynamicIndicator que recoge las funcionalidades básicas que debe tener un indicador dinámico, que básicamente es un método process. Posteriormente se construye cada indicador, donde dependiendo de cual sea tendrá su proceso de cálculo se contruye el método processde una manera u otra. Las funcionalidades de este módulo son comporbadas en cada uno de los archivos test correspondientes test_dynamic_indicators_process.py, test_finite_time_lyapunov_exponents.py y test_lagrangian_descriptors.py usando el sistema lineal definido anteriormente.

Haciendo uso de la función main_process_di definida en dynamic_indicators_process, que dado un archivo json ejecuta el método process de cada indicador, se puede observar un ejemplo de esta implementación con los sistemas del péndulo no lineal simple y amortiguado en la carpeta examples del repositorio.

Referencias

[1] Shadden, S. C., Lekien, F., & Marsden, J. E. (2005). Definition and properties of Lagrangian coherent structures from finite-time Lyapunov exponents in two-dimensional aperiodic flows. Physica D: Nonlinear Phenomena, 212(3-4), 271-304.

[2] Mancho, A. M., Wiggins, S., Curbelo, J., & Mendoza, C. (2013). Lagrangian descriptors: A method for revealing phase space structures of general time dependent dynamical systems. Communications in Nonlinear Science and Numerical Simulation, 18(12), 3530-3557.

[3] Haller, G. (2011). A variational theory of hyperbolic Lagrangian coherent structures. Physica D: Nonlinear Phenomena, 240(7), 574-598.

Autor

• Santiago Arran Sanz (santhiperbolico)