An easy-to-use program for analyzing Drosophila Activity.
Project description
An easy-to-use program for analyzing Drosophila Activity.
Features
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快速的果蝇跟踪
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支持同时追踪多个腔室的果蝇
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可自由选择特定的腔室
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支持分组对比
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可以选取视频中感兴趣的时间段来分析
Installation
Online installation
Install the PyPI package:
pip install easyFlyTracker
or
pip install -i https://pypi.org/simple/ easyFlyTracker
Or local installation
Clone the repository:
git clone https://github.com/azzhu/EasyFlyTracker.git
or download and extract the zip into your project folder.
Then install it using the local installation command:
python setup.py build
python setup.py install
Usage
程序包含两个命令:
easyFlyTracker
- SYNOPSIS
easyFlyTracker [config_file_path]
easyFlyTracker -h
easyFlyTracker --help
- DESCRIPTION
该命令主要用来跟踪果蝇,并保存跟踪的结果。 接收一个命令行参数,当传递配置文件路径时,程序正常运行。有关配置文件中参数详细说明参见config.yaml. 如果想查看该命令的帮助信息,可以传递 -h 或者 --help 来查看。
easyFlyTracker_analysis
- SYNOPSIS
easyFlyTracker_analysis [config_file_path]
easyFlyTracker_analysis -h
easyFlyTracker_analysis --help
- DESCRIPTION
该命令主要用于分析跟踪的结果,并以图形的方式展示。 接收一个命令行参数,当传递配置文件路径时,程序正常运行。有关配置文件中参数详细说明参见config.yaml. 如果想查看该命令的帮助信息,可以传递 -h 或者 --help 来查看。
Quick Start
tests 文件夹下有demo视频,您可以拿该数据来快速上手。
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在config.yaml中设置正确的视频路径、输出文件夹路径以及其他关注的参数;
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跟踪果蝇,运行命令:
easyFlyTracker [your config file path]
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分析跟踪结果,运行命令:
easyFlyTracker_analysis [config_file_path]
等待分析完成,结果保存在输出文件夹中。
License
EasyFlyTracker is released under the MIT license.
Project details
Release history Release notifications | RSS feed
Download files
Download the file for your platform. If you're not sure which to choose, learn more about installing packages.
Source Distribution
Built Distribution
Hashes for easyFlyTracker-0.8.5-py3-none-any.whl
Algorithm | Hash digest | |
---|---|---|
SHA256 | 7c717c04f94039ae6c562dbd6cf2376b655f20b585c98ea901d78e0c95a8f680 |
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MD5 | af34cba662d55190ebf4dfac648d7233 |
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BLAKE2b-256 | 986ea093f5963beb3994be95a21f3dd20535f598be37cb50675cbd4f79420b06 |