qbc-dsbm 0.4.0

Codes for quasibiclique

Quasi bi-clique and the densest sub-binary matrix problem modelling

Installation

For now, we don't have a PyPI package, we must install it manually.

1. Clone from GitLab

   git clone [e-mail]:vepain/quasiblique_dsbm.git
   cd quasiblique_dsbm
   

2. (Optionally) Install Conda

3. Create the virtual environment:

   conda env create -f config/condaenv_310.yml --prefix ./.condaenv_310
   

4. Source the virtual environment:

   conda activate ./.condaenv_310
   

Upgrade the package

1. First pull the GIT modifications

2. Make sure you are in your virtual environment:

   conda activate ./.condaenv_310
   

3. Upgrade the python package:

   pip install . --upgrade
   

Usage

Require: All the matrices must have row and column headers

Get helped

qbc-dsbm --help  # global help
qbc-dsbm unique --help  # help for the unique strategy
qbc-dsbm divcqr --help  # help for the divide-and-conquer strategy

To test

The results are in generated directories. Some stats are found in the YAML file.

Testing the unique strategy

It creates the output directory: tests/example_unique_result, where in there are the files:

• unique_strategy.yaml for the stats;
• result_bin_matrix.csv that contains the resulting sub-bin matrix.

./tests/example_unique.sh

Testing the divide-and-conquer strategy

It creates the output directory: tests/example_divcqr_result, where in there are the files:

• divcqr_strategy.yaml for the stats;
• result_bin_matrix.csv that contains the resulting sub-bin matrix.

./tests/example_divcqr.sh

Testing unique comparison benchmark

It creates an output directory in benchmarks (e.g. benchmark-2024-04-03T18:48:18).

./benchmarks/unique_comparison/run_4_8_2_04_01_grb.sh

To format the stats in CSV files!

python3.10 benchmarks/unique_comparison/yaml_to_csv.py benchmarks/unique_comparison/benchmark-2024-04-03T18:48:18/

Useful scripts

You can find all these scripts in the scripts directory. Please make sure you have installed qbc_dsbm in your current virtual environment.

Python script to get stats of a binary matrix

python3.10 scripts/stats_of_bin_matrix.py matrix.csv output_directory_path
python3.10 scripts/stats_of_bin_matrix.py -h  # Help

Python script to transform non-binary matrix to binary matrix

python3.10 scripts/to_bin_matrix.py matrix.csv bin_matrix.csv "{-1: 1, -2: 0}"
python3.10 scripts/to_bin_matrix.py -h  # Help

Produce the binary matrix column-difference between two binary matrices

python3.10 scripts/binmatrix_coldiff.py binmatrix.csv sub_binmatrix.csv coldiff_binmatrix.csv
python3.10 scripts/binmatrix_coldiff.py -h  # Help

Produce the binary matrix row-intersection between two binary matrices

python3.10 scripts/binmatrix_rowinter.py binmatrix.csv sub_binmatrix.csv rowinter_binmatrix.csv
python3.10 scripts/binmatrix_rowinter.py -h  # Help

Python script to generate a binary matrix (The matrix name is bin_matrix.csv)

python3.10 scripts/generate_bin_matrix.py n_rows n_cols sparsity output_directory_path
python3.10 scripts/generate_bin_matrix.py -h  # Help

Benchmarks

Unique

See benchmarks/unique_comparison/run_4_8_2_04_01_grb.sh for example.

To get helped:

python3.10 benchmarks/unique_comparison/run.py --help  # global help
python3.10 benchmarks/unique_comparison/run.py new --help  # help for a new benchmark
python3.10 benchmarks/unique_comparison/run.py continue --help  # help to continue an existing benchmark

Contexte

• Problème bioinfo
• Problème optimal sans bruit
• Bruit bioinfo, donc quasibiclique
• Mais trop lourd
• Donc heuristique
• Déjà fait : réduction des données avec HCC, puis optimal

Problème de la sous-matrice binaire complète (all-ones sub-matrix) (SMBC)

Deux variantes :

1. la sous-matrice avec suppression minimale de lignes et colonnes confondues
2. la sous-matrice avec suppression de poids minimal de lignes et colonnes
   • le poids d'une ligne resp. d'une colonne est la somme de ses coefficients égaux à 1
   • voir équivalence avec Egerváry's theorem for edge-weighted graphs

Observations

Il n'y a pas d'équivalence entre le maximum matching/minimum vertex cover dans un bigraphe et le problème SMBC

L'approche de König semble fonctionner pour un sous-ensemble de matrices. Il s'agirait de décrire ce sous-ensemble.

König peut renvoyer une matrice sans lignes ou sans colonnes (donc pas une matrice). Cela s'explique par la modélisation

Le modèle de König complété avec des contraintes

Analysing practically heuristic reducing approach

Propositions

1. Utiliser large epsilon pour réduire taille des instances en essayant de garder la solution optimal dans les sous-instances pour appliquer problème optimal sur les sous-instances.
   1. Comment bien choisir l'epsilon plus large ? S'appuyer sur l'absence de correctif dans la fonction objective (car on peut compter deux fois la même cellule, car même ligne même colonne)
2. Utiliser solution-heuristique pour appliquer sur instance complète pour solver

Méthodes et tâches

• VIC 1 Implémenter générateur Matrices binaires fn(nrows, ncols, sparsicity)
• RUMEN Adapter König avec ajout contraintes pour obtenir modèle exact
  • Vérifier expérimentalement si les variables restent entières (unimodularité)
  • Si semble garder unimodularité alors faire preuve
• VIC 2 Implémenter suite heuristique -> modèle exact
• Utiliser heuristique KNP
  • Accélérer heuristique KNP avec heuristique algo dédié
    • VIC 4 Itérativement refaire KNP jusqu'à ce que l'epsilon réel soit inférieur à l'attendue
  • VIC 3 ILP : obtenir borne inférieur en comptant les zeros qu'une demie-fois ou fois la sparsité des lignes et des colonnes dans contraintes (17)
  • Le but : obtenir rapidement une solution avec un epsilon réel >= epsilon opti voulu et résoudre le problème optimal avec la sous-instance (on s'attend à ce que cette sous-instance renvoie la solution optimale de l'instance complète)
  • Voir efficacité algo dédié sac à dos qui compterait les zeros comptés deux fois lors de la suppression lignes et colonne (faire en rust)
• Comparer Hiearchical Clustering (rearrangement des colonnes) avec les méthodes de suppression de colonnes

Résultats

• Comparaison des ratios nombre de 0 sur nombre de 1 (sparsité/densité)
• Comparer les tailles
  • Nombre de lignes
  • Nombre de colonnes
  • nb lignes x nb colonnes (surface) : correspond au nombre d'arêtes dans la biclique pondérée-arrêtes associée à la matrice résultante (pondération équivaut à la valeur des cellules)
  • nb lignes + nb colonnes (semi-perimètre) : correspond au nombre de sommets dans la biclique pondérée-arrêtes associées à la matrice résultante
• Si mêmes tailles, nombre de mêmes lignes et nombre de mêmes colonnes sélectionnées ?
  • Ça pose la question de l'unicité de la solution du problème exacte

Perspectives

• Comparer SAT formulation avec ILP pour cas binaire quasibiclique
  • QUID poids : SAT semble ne pas le gérer

Production scientifique

• Papier journal/conf
  • Se comparer avec quasi-biclique
    • Quelle différence avec clique ?
  • Comparer méthode exact
    • c.f. https://www.researchgate.net/publication/370946817_Optimization_problems_related_to_quasi-cliques?enrichId=rgreq-94751e1a95f42d6c0366ab147d09f6d5-XXX&enrichSource=Y292ZXJQYWdlOzM3MDk0NjgxNztBUzoxMTQzMTI4MTE2MDU5NDY2NEAxNjg0Nzg1ODAyMzY2&el=1_x_3&_esc=publicationCoverPdf
  • Quels sont les champs d'application quasi-biclique ?