snakemake-logger-plugin-dart 0.1.0

Snakemake logger plugin that streams workflow events to a Dart desktop app over WebSocket.

snakemake-logger-plugin-dart

Plugin de logging do Snakemake 9+ que transmite os eventos do workflow em tempo real, via WebSocket, para uma aplicação desktop (Dart) que embarca o servidor — contraparte do pacote Dart snakemake_bridge. Arquitetura e protocolo: ARCHITECTURE.md.

Instalação

pip install snakemake-logger-plugin-dart
# ou, a partir do código-fonte:
pip install -e .
# Snakemake passa a listar:
snakemake --help | grep logger-dart

Uso

snakemake \
    --cores 4 \
    --logger dart \
    --logger-dart-address ws://127.0.0.1:8765

Configurações

Flag	Env var	Default	Descrição
--logger-dart-address	SNAKEMAKE_LOGGER_DART_ADDRESS	(obrigatório)	URL ws:// do servidor embarcado no app.
--logger-dart-token	SNAKEMAKE_LOGGER_DART_TOKEN	—	Bearer token exigido pelo app (prefira a env var; não aparece no ps).
--logger-dart-flush-timeout	—	5.0	Segundos máximos, no encerramento, aguardando a entrega dos eventos pendentes.

Garantias

• emit() nunca bloqueia o Snakemake: eventos vão para uma fila drenada por uma thread própria.
• Queda de conexão / app fechado nunca afetam o workflow: reconexão com backoff + buffer de replay (o app pede replay ao receber hello).
• Entrega at-least-once — o consumidor deduplica pelo seq do envelope.

Desenvolvimento

pip install -e '.[dev]'
pytest