Xomics_Clara_Mariam 0.1.0

Add your description here

Xomics

Description du projet :

Le projet Xomics consiste à analyser et visualiser des données génomiques, à partir d'un ou plusieurs fichiers gff. Les fonctionnalités principales sont donc :

• importation de fichiers gff,
• gestion des objets gènes, transcrits, et exons
• fusion des annotations pour générer un nouveau fichier gff à partir des données d'annotation fusionnées,
• visualisation de la distribution de la longueurs des transcrits pour les gènes, avec une représentation graphique en boxplot.

Prérequis

Les prérequis suivants sont demandés avant toute installation :

• python 3
• module python matplotlib (pour la visualisation). Il peut être installé avec la commande :

pip install matplotlib

Installation

L'installation se fait se fait en réalisant un "fork" à partir de ce gitlab sur le votre. Ensuite, il faut cloner le projet depuis le terminal en faisant :

git clone [URL du clone du projet, http]

Utilisation

Le répertoire xomics contient tous les scripts nécessaires :

• script_annot_visu_final.py : contient les classes et méthodes essentielles. inutile de modifier ce script.

• script_execution.py : permet de réaliser la fusion des annotations des fichiers gff (en entrée), retourne le fichier gff d'annotations fusionnées et une visualisation graphique de la taille des transcrits additionnées par gène.

• script_get_gene.py : permet de réaliser une recherche de gène (ID du gène cherché en entrée) et retourne les informations concernant le gène contenues dans le fichier gff.

Fusion des annotations, et visualisation

Vous devez d'abord placer les fichiers gff que vous souhaitez analyser dans le fichier "data".

Ensuite, accédez au script "script_execution.py" et modifiez le chemin des variables path_gff1 et path_gff2 en fonction du nom de vos fichiers d'annotations. Vous pouvez également renommer le fichier fusionné gff de sortie, nommé par défaut "merge_annotation.gff", ainsi que la représentation graphique nommée par défaut "output_graph.png".

Afin de lancer ce script :

python3 script_execution.py

Un exemple est fourni dans le répertoire : "Exemple_merge_annotation.gff" et "Exemple_output_graph.png".

Recherche d'un gène spécifique

Pour rechercher un gène à partir de son identifiant, utilisez le script suivant dans votre terminal :

python3 script_get_gene.py

Entrez ensuite l'ID du gène recherché, et les informations concernant le gène vous seront retournées.

Classes, méthodes

Classes principales : Gene :

• représente un gène.
• gère les transcrits associés.
• calcule la longueur totale des transcrits.

Transcript :

• représente un transcrit associé à un gène.
• gère les exons associés.
• calcule la longueur totale des exons.

Exon : -représente un exon associé à un transcrit.

Annotation :

• parse les fichiers gff pour construire une annotation.
• gère la fusion des annotations.
• permet l'exportation des annotations au format GFF.
• génère des visualisations sous forme de boxplots.

Méthodes Clés :

• get_gene(gene_id) : Recherche un gène à partir de son ID.
• to_gff(output_path) : Exporte les annotations dans un fichier GFF.
• rna_lens(fichier_output) : Génère un boxplot des longueurs des transcrits.

NB

Après multiples essais, il semblerait que la méthode get_gene ne fonctionne pas (souci de dictionnaire, qui est vide lorsque cette méthode est utilisée mais fonctionne mais le dictionnaire semble rempli avec get_gff... Un peu de mal à comprendre.

Autrices : Centa Clara, El Khattabi Mariam (M1 Bio-informatique, Université Lyon 1)