AlperMSA 0.1.0

Clustal Omega tabanli Coklu Dizi Hizalama (MSA) algoritmasi

AlperMSA - Çoklu Dizi Hizalama (Multiple Sequence Alignment) Kütüphanesi

AlperMSA, DNA dizilerini hizalamak için geliştirilmiş, Clustal Omega mantığını temel alan bir Python kütüphanesidir. Proje kapsamında hem yerel progressive alignment (UPGMA ve Needleman-Wunsch tabanlı) algoritmaları hem de resmi EMBL-EBI Clustal Omega REST API entegrasyonu sunulmaktadır.

Özellikler

1. Yerel Progressive Alignment:
   • K-mer Jaccard Uzaklığı: Diziler arasındaki benzerliği hesaplamak için 2-mer'ler üzerinden Jaccard uzaklık matrisi oluşturulur.
   • UPGMA Kılavuz Ağacı: Uzaklık matrisi kullanılarak dizilerin hizalanma sırasını belirleyen UPGMA kılavuz ağacı (Guide Tree) inşa edilir.
   • Needleman-Wunsch Hizalaması: Kılavuz ağacındaki sıraya göre diziler Needleman-Wunsch dinamik programlama algoritmasıyla progresif olarak hizalanır.
2. Resmi Clustal Omega API Entegrasyonu:
   • İnternet bağlantısı kullanarak EMBL-EBI sunucularına dizileri FASTA formatında gönderir, hizalar ve çıktıyı alır.

---

Kurulum (Installation)

1. Yerel Kurulum (Geliştirme Modu)

Projeyi indirdikten sonra kök dizindeyken terminalde şu komutu çalıştırarak yerel olarak kurabilirsiniz:

pip install .

Geliştirme aşamasındaysanız ve kodda yaptığınız değişikliklerin anında yansımasını istiyorsanız:

pip install -e .

2. GitHub Üzerinden Kurulum

Projeyi GitHub'a yükledikten sonra, başkalarının doğrudan yüklemesi için aşağıdaki komut kullanılabilir:

pip install git+https://github.com/kullanici_adi/AlperMSA.git

---

Kullanım (Usage)

Kütüphaneyi kurduktan sonra projenizde şu şekilde kullanabilirsiniz:

from AlperMSA import AlperMSA
from AlperMSA.clustal import run_clustal_omega_api

# 1. Hizalamak istediğiniz DNA dizileri
diziler = ["ATGC", "ATCC", "AGCC"]

# 2. Yerel Algoritma ile Hizalama
msa = AlperMSA(diziler)
uzaklik_matrisi, kilavuz_agac, hizalanmis_diziler = msa.run()

print("Yerel Hizalama Sonuçları:")
for dizi in hizalanmis_diziler:
    print(dizi)

# 3. Resmi Clustal Omega API ile Hizalama
print("\nClustal Omega API Sonuçları:")
api_sonuc = run_clustal_omega_api(diziler)
if api_sonuc:
    # API çıktısını ekrana yazdırır
    for line in api_sonuc.strip().split("\n"):
        parts = line.split()
        if len(parts) >= 2 and parts[0].startswith("seq_"):
            print(f"{parts[0]}: {parts[1]}")

---

PyPI Platformunda Yayınlama (İsteğe Bağlı)

Kütüphanenizi pip install AlperMSA komutuyla kurulabilecek hale getirmek için:

1. Gerekli araçları kurun:

   pip install build twine
   

2. Dağıtım dosyalarını (dağıtım paketlerini) oluşturun:

   python -m build
   

3. PyPI'a yükleyin:

   python -m twine upload dist/*
   

---

Lisans (License)

Bu proje MIT Lisansı ile lisanslanmıştır.