ErenMSA 0.1.0

Simplified MAFFT-inspired multiple sequence alignment package

ErenMSA

MAFFT algoritmasının temel progressive alignment mantığını izleyen, eğitim amaçlı sadeleştirilmiş bir Multiple Sequence Alignment (MSA) Python paketidir.

Not: Bu proje gerçek MAFFT'in tüm optimize bileşenlerini ve FFT tabanlı hızlandırmalarını birebir içermez. Amaç, algoritmanın çekirdek mantığını kısa ve açıklanabilir bir yapıyla göstermektir.

Özellikler

• FASTA dosyası okuma
• Needleman-Wunsch ile ikili hizalama
• En benzer başlangıç çiftini seçme
• Progressive şekilde kalan dizileri mevcut hizalamaya ekleme
• Komut satırından kullanım

Kurulum

Yerelde proje klasöründeyken:

pip install .

PyPI'ye yüklendikten sonra:

pip install ErenMSA

Kullanım

Komut satırından

erenmsa examples/sample.fasta

Python içinden

from erenmsa import msa, format_alignment

names, alignment = msa("examples/sample.fasta")
print(format_alignment(names, alignment))

Örnek FASTA

>seq1
ACTGGA
>seq2
ACTGA
>seq3
ATGGA
>seq4
ACTAGA

Projenin mantığı

1. Tüm diziler arasında ikili hizalama skorları hesaplanır.
2. En benzer iki dizi başlangıç hizalaması olarak seçilir.
3. Mevcut hizalamadan bir consensus dizi çıkarılır.
4. Kalan diziler bu hizalamaya sırayla eklenir.

Dosya yapısı

ErenMSA/
├── pyproject.toml
├── README.md
├── LICENSE
├── examples/
│   └── sample.fasta
└── erenmsa/
    ├── __init__.py
    ├── __main__.py
    └── msa_mafft.py

Savunmada kullanılabilecek kısa açıklama

Bu projede MAFFT algoritmasının temel progressive alignment mantığını takip eden sadeleştirilmiş bir çoklu dizi hizalama sistemi geliştirilmiştir. Önce en benzer iki dizi seçilmiş, ardından kalan diziler mevcut hizalamadan elde edilen consensus dizi yardımıyla sırayla hizalamaya eklenmiştir.