PDB-score 1.0.1

A tool to massively calculate protein scores using PDB files.

PDB_score

功能

实现了对大量蛋白模型预测值和实际值的 GDT 方法打分，可用于评估预测模型。

安装

pip install PDB_score

使用

psc -c /path/to/control -t /path/to/treatment -o /path/to/output

• -c 实验值 PDB 文件存放目录。
• -t 预测值 PDB 文件存放目录。
• -o 保存分数的输出目录。
• -T 指定核心数，默认为 4。
• -B 指定 Batch 大小，默认为 5000。

输出

/path/to/output/protein_scores.csv

name	1A	2A	...	128A
Protein1	Score	Score	...	Score
Protein2	Score	Score	...	Score
...	...	...	...	...

计算方法

• 采用 GDT 算法计算分数。
• 去除所有配体，以中心碳原子坐标代表残基坐标。
• 中心碳原子数量不等时，多余的/少的残基直接记为不满足精度要求（无论精度是多少）。

其他

• 仅分析两个输入目录下的同名 .pdb 文件。
• -o 仅指定输出目录，不精确到文件名。
• 输出 .csv 文件，文件名是固定的，请小心不要被覆盖。

致谢

• JetBrains
• ChatGPT

@SiriNatsume 祝你愉快 :)