agentype 1.0.1

统一的细胞类型分析工具包，集成四个专业Agent提供完整的细胞类型注释流程

AgentType

统一的细胞类型分析工具包，集成四个专业 Agent 提供完整的细胞类型注释流程

核心特性

• 四大专业 Agent：MainAgent（主调度）、SubAgent（基因查询）、DataAgent（数据处理）、AppAgent（细胞注释）
• 多种注释算法：集成 SingleR、scType、CellTypist 等主流算法
• 灵活的数据格式：支持 RDS、H5AD、H5、CSV、JSON 等多种格式
• 国际化支持：内置中文和英文双语 Prompt 系统
• MCP 协议：基于 Model Context Protocol 的 Agent 间通信
• 完善的日志：统一的日志管理和结果输出系统

快速开始

安装

pip install agentype

基本使用

from agentype import annotate_cells

# 使用 AppAgent 进行细胞类型注释
result = await annotate_cells(
    data_path="your_data.h5ad",
    method="celltypist",
    species="human"
)

命令行工具

# 启动所有 MCP 服务器
celltype-server

# 项目管理工具
celltype-manage status      # 查看项目状态
celltype-manage config      # 查看配置
celltype-manage examples    # 运行示例

系统依赖

Python 环境

• Python 版本: ≥ 3.8
• 核心依赖: scanpy、pandas、numpy、fastapi 等（自动安装）

R 环境（AppAgent 注释功能需要）

AgentType 的部分细胞注释功能依赖 R 语言和相关 R 包：

安装 R（≥ 4.0）

Ubuntu/Debian:

sudo apt-get update
sudo apt-get install -y r-base r-base-dev

macOS:

brew install r

Windows: 下载并安装：https://cran.r-project.org/bin/windows/base/

安装 R 包

启动 R 控制台并安装以下包：

# 安装 BiocManager
install.packages("BiocManager")

# 安装 SingleR（用于参考数据集注释）
BiocManager::install("SingleR")

# 安装其他依赖
install.packages(c("Seurat", "ggplot2", "dplyr"))

scType 数据库

scType 算法所需的数据库文件（ScTypeDB_full.xlsx）已内置在包中，无需额外下载。

CellTypist（可选）

如需使用 CellTypist 算法：

pip install celltypist

可选依赖

# 机器学习功能
pip install agentype[ml]

# 数据可视化
pip install agentype[viz]

# 性能优化
pip install agentype[performance]

# 完整安装
pip install agentype[annotation,ml,viz,performance]

配置

API 密钥设置

AgentType 使用 LLM 进行智能分析，需要配置 API 密钥：

export OPENAI_API_KEY="your-api-key-here"
export OPENAI_API_BASE="https://api.openai.com/v1"  # 可选
export OPENAI_MODEL="gpt-4"                         # 可选

语言切换

# 使用中文 Prompts（默认）
export CELLTYPE_LANGUAGE=zh

# 使用英文 Prompts
export CELLTYPE_LANGUAGE=en

文档

• API 文档 - 详细的 API 使用说明
• 安装指南 - 完整的安装和配置说明
• 配置说明 - 高级配置选项
• 包信息 - 包结构和组织说明
• 更新日志 - 版本历史和变更记录

四大 Agent 功能

MainAgent - 主调度器

统一工作流编排，协调其他 Agent，管理复杂分析流程。

from agentype import process_workflow

result = await process_workflow(
    task="分析基因表达数据并注释细胞类型",
    data_path="your_data.h5ad"
)

SubAgent - 基因查询服务

提供基因信息查询、细胞标记查询和富集分析。

from agentype import analyze_genes

result = await analyze_genes(
    genes=["CD4", "CD8A", "CD3E"],
    analysis_type="marker_search"
)

DataAgent - 数据处理专家

支持多种数据格式转换、质量控制和预处理。

from agentype import process_data

result = await process_data(
    input_path="data.rds",
    output_format="h5ad",
    qc=True
)

AppAgent - 细胞注释工具

集成 SingleR、scType、CellTypist 等主流注释算法。

from agentype import annotate_cells

result = await annotate_cells(
    data_path="your_data.h5ad",
    method="singler",
    reference="BlueprintEncodeData"
)

示例代码

项目包含丰富的示例代码，安装后可运行：

# 使用管理工具运行交互式示例
celltype-manage examples

# 或直接运行示例脚本
python -m agentype.examples.main_example
python -m agentype.examples.subagent_example
python -m agentype.examples.data_example
python -m agentype.examples.app_example

环境检查

安装后可使用以下命令检查环境配置：

from agentype import check_environment

# 检查 Python 依赖
check_environment(check_r=False)

# 检查 R 环境和 R 包
check_environment(check_r=True)

许可证

本项目采用 MIT 许可证 - 详见 LICENSE 文件。

支持与反馈

如遇到问题或有建议，请：

1. 查看详细日志（默认位置：outputs/logs/）
2. 检查配置文件（~/.config/agentype/config.json 或项目目录下的配置文件）
3. 参考 文档 目录中的详细说明

版本信息

当前版本：1.0.1

主要更新：

• 统一配置管理系统
• 集中式输出目录
• 标准化的 API 接口
• 完整的文档和示例
• 国际化支持（中英文）