atomorph 1.0.2

A tool for converting atomic structure files

Atomorph

English | 中文

Atomorph

Atomorph is a tool for converting and manipulating atomic structure files. It supports conversions between various file formats, as well as handling atomic constraints.

Current Version: 1.0.0

Features

• Support for multiple file formats (VASP, XYZ, EXTXYZ, etc.)
• Multi-frame structure file processing
• Atomic constraints (fixed layers, specific elements, specific indices)
• Atom sorting
• Parallel processing
• Both command-line and Python API interfaces
• Detailed logging and error handling
• Comprehensive documentation with bilingual support

Installation

pip install atomorph

Usage

Command-line Usage

Basic conversion:

atomorph input.xyz output.vasp

Specify formats:

atomorph input.xyz output.vasp --input-format xyz --output-format vasp

Fix specific elements:

atomorph input.xyz output.vasp --constraints "elements:C,H"

Fix specific layers:

atomorph input.xyz output.vasp --constraints "layers:0.3,0.5" --use-fractional

Fix specific atoms:

atomorph input.xyz output.vasp --constraints "indices:1,2,5-10"

Python API Usage

from atomorph import StructureConverter

converter = StructureConverter()

# Basic conversion
converter.convert(
    input_path="input.xyz",
    output_path="output.vasp"
)

# Fix specific layers
converter.convert(
    input_path="input.xyz",
    output_path="output.vasp",
    constraints=["layers", "0.3,0.5"],
    use_fractional=True
)

Version History

See CHANGELOG.md for a complete version history.

License

MIT

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Atomorph 中文说明

Atomorph是一个用于转换和操作原子结构文件的工具，支持多种文件格式间的转换，以及原子约束的处理。

当前版本: 1.0.0

特性

• 支持多种文件格式转换(VASP, XYZ, EXTXYZ等)
• 支持多帧结构文件处理
• 支持原子约束(固定层、指定元素、指定索引)
• 支持原子排序
• 支持并行处理
• 命令行和Python API两种使用方式
• 详细的日志和错误处理
• 全面的双语文档支持

安装

pip install atomorph

使用方法

命令行使用

基本转换：

atomorph input.xyz output.vasp

指定格式：

atomorph input.xyz output.vasp --input-format xyz --output-format vasp

固定特定元素：

atomorph input.xyz output.vasp --constraints "elements:C,H"

固定特定层：

atomorph input.xyz output.vasp --constraints "layers:0.3,0.5" --use-fractional

固定特定原子：

atomorph input.xyz output.vasp --constraints "indices:1,2,5-10"

Python API使用

from atomorph import StructureConverter

converter = StructureConverter()

# 基本转换
converter.convert(
    input_path="input.xyz",
    output_path="output.vasp"
)

# 固定特定层
converter.convert(
    input_path="input.xyz",
    output_path="output.vasp",
    constraints=["layers", "0.3,0.5"],
    use_fractional=True
)

版本历史

完整的版本历史请参见CHANGELOG.md。

许可证

MIT