bibverify 0.2.2

Bibverify: A Multi-Platform BibTeX Reference Verification Tool

Bibverify - BibTeX 文献检查工具

|

中文: 一个支持多平台的 BibTeX 文献验证和更新工具，通过 DOI 精确查询、动态检索排序和多个学术数据库 API 自动检查、补全和解释文献信息。

English: A multi-platform BibTeX reference verification and update tool with DOI-first lookup, dynamic source ranking, MCP tools, and skill export for AI assistants.

快速开始

安装

pip install -U bibverify

DOI 转 BibTeX

bibverify --doi 10.1038/nature12373 --key example2013

检查一个 .bib 文件

创建 config.json：

{
  "language": "CN",
  "bib_file": "references.bib",
  "user_info": {
    "email": "[e-mail]",
    "app_name": "Bibverify"
  }
}

然后运行：

bibverify config.json

一键生成大模型接入文件

bibverify agent init --target codex --output .bibverify-agent --config config.json
bibverify agent doctor --config config.json

生成的 .bibverify-agent/ 目录包含 MCP 配置片段、SKILL.md 和本地接入说明。

核心能力

• DOI 优先：有 DOI 的条目优先走 Crossref 精确查询，再回退到标题检索。
• 动态排序：根据 DOI、PMID/PMCID、arXiv、学科线索动态提升 Crossref、PubMed、Europe PMC、arXiv、DBLP。
• 多平台校验：支持 Crossref、OpenAlex、Semantic Scholar、PubMed、Europe PMC、CORE、DBLP、arXiv、bioRxiv 等平台。
• AI 接入：内置 MCP stdio server，可导出 skill，让 Codex、Claude、Cursor 等支持 MCP 的助手调用 Bibverify。
• 安全输出：不会原地覆盖源 .bib 文件，而是生成备份、更新条目和问题条目文件。

🚀 支持的学术平台

平台	优先级	学科覆盖	API要求	特殊功能
CrossRef	1	全学科	无需API	Polite Pool
OpenAlex	2	全学科	建议/需要 API key	引用关系
Semantic Scholar	3	全学科	推荐API	AI 驱动
PubMed	4	生物医学	可选API	医学专业
Europe PMC	5	生物医学	无需API	欧洲医学
CORE	6	开放获取	推荐API	开放论文
Unpaywall	后处理	全学科	需要邮箱	开放版本补充，不作为主元数据源
DBLP	8	计算机科学	无需API	CS 专业
arXiv	9	预印本	无需API	预印本
bioRxiv	10	生物医学预印本	无需API	生物预印本

📦 安装

从 PyPI 安装

pip install -U bibverify

从源码开发/运行

git clone https://github.com/Hylouis233/bibverify.git
cd bibverify
pip install -e .

如果只需要安装运行依赖：

pip install -r requirements.txt

当前发布版本：

• PyPI: https://pypi.org/project/bibverify/
• GitHub Releases: https://github.com/Hylouis233/bibverify/releases

⚙️ 配置设置

1. 创建配置文件

从 PyPI 安装后，可以手动创建一个最小 config.json：

{
  "language": "CN",
  "bib_file": "references.bib",
  "user_info": {
    "email": "[e-mail]",
    "app_name": "Bibverify"
  }
}

如果你在源码仓库中使用，也可以复制模板后再编辑：

cp config_template.json config.json

2. 基本配置

编辑 config.json 文件：

{
  "language": "CN",
  "bib_file": "references.bib",
  "user_info": {
    "email": "[e-mail]",
    "app_name": "Bibverify"
  }
}

3. 平台配置

根据需要启用/禁用平台：

{
  "platforms": {
    "crossref": {
      "enabled": true,
      "priority": 1,
      "use_polite_pool": true
    },
    "semantic_scholar": {
      "enabled": true,
      "priority": 3,
      "requires_api_key": true,
      "api_key": "your_api_key_here"
    }
  }
}

4. 语言设置

• "CN": 中文界面
• "EN": 英文界面

🎯 使用方法

命令速查

命令	用途
bibverify config.json	按配置检查 .bib 文件
bibverify --doi DOI --key KEY	通过 DOI 生成单条 BibTeX
bibverify mcp --config config.json	启动 MCP stdio server
bibverify agent init --target codex	生成 MCP/Skill 接入文件
bibverify agent doctor --config config.json	检查本地集成是否可用
bibverify skill export --target codex	单独导出 SKILL.md

检查 .bib 文件

bibverify config.json

通过 DOI 生成单条 BibTeX

bibverify --doi 10.1038/nature12373 --key example2013

该模式会直接调用 Crossref DOI 精确查询，并将结果打印为 BibTeX。

一键接入大模型 / MCP / Skill

为小白用户准备本地集成文件：

bibverify agent init --target codex --output .bibverify-agent --config config.json

生成内容：

• .bibverify-agent/SKILL.md: 给大模型看的 Bibverify 调用说明
• .bibverify-agent/mcp.json: MCP server 配置片段
• .bibverify-agent/README.md: 本地接入说明

启动 MCP stdio server：

bibverify mcp --config config.json

单独导出 skill：

bibverify skill export --target codex --output .bibverify-agent/SKILL.md

检查本地环境：

bibverify agent doctor --config config.json

MCP 当前暴露四个工具：doi_to_bibtex、rank_lookup_sources、explain_update_diff、verify_bib_file。大模型接入 MCP 后，可以直接调用这些工具完成 DOI 转 BibTeX、检索源排序解释、条目差异解释和 .bib 文件检查。

可复制的 MCP 配置片段：

{
  "mcpServers": {
    "bibverify": {
      "command": "bibverify",
      "args": ["mcp", "--config", "config.json"]
    }
  }
}

📁 输出文件

程序会生成以下文件。当前版本的 .bib 输出文件名使用固定前缀 sample_，不会原地覆盖你的源文件：

1. 检查报告 (bib_check_report_YYYYMMDD_HHMMSS.txt)

   • 验证通过的文献列表
   • 需要更新的文献及其差异详情
   • 未找到的文献列表

2. 备份文件 (sample_backup_YYYYMMDD_HHMMSS.bib)

   • 原始 BibTeX 文件的完整备份

3. 更新文件 (sample_updated_YYYYMMDD_HHMMSS.bib)

   • 包含所有更新后的文献条目

4. 问题文件 (sample_wrong_YYYYMMDD_HHMMSS.bib)

   • 包含未找到或处理错误的文献

🔄 工作流程

开始
 ↓
加载 BibTeX 文件
 ↓
对每个条目：
 ├─ 提取标题
 ├─ 根据 DOI/PMID/arXiv 等标识符动态调整平台顺序
 ├─ 按调整后的优先级查询各平台
 ├─ 智能匹配文献信息
 ├─ 保持原有键值
 ├─ 比对字段差异
 └─ 记录结果
 ↓
生成检查报告
 ↓
生成更新文件
 ↓
完成

📝 BibTeX 格式标准

字段顺序

程序生成的 BibTeX 文件遵循标准字段顺序：

@article{key,
  title={...},
  author={...},
  journal={...},
  volume={...},
  number={...},
  pages={...},
  year={...},
  publisher={...},
  doi={...}
}

文献类型映射

平台类型	BibTeX 类型
journal-article	article
book-chapter	incollection
book	book
proceedings-article	inproceedings
posted-content	unpublished

🎯 智能匹配规则

标题匹配策略

1. 完全相同（忽略大小写、标点符号）
2. 原标题包含在新标题中
3. 严格不匹配：避免误匹配

标题规范化过程

"{{Detecting Influenza Epidemics}}"
↓ 移除大括号
"Detecting Influenza Epidemics"
↓ 转小写
"detecting influenza epidemics"
↓ 移除标点符号
"detecting influenza epidemics"
↓ 规范化空格
"detecting influenza epidemics"

🔧 高级配置

API 设置

部分平台需要 API key 以获得更高访问速度或稳定访问：

OpenAlex

"openalex": {
  "api_key": "your_api_key_here"
}

注册地址: https://docs.openalex.org/how-to-use-the-api/getting-started/authentication

Semantic Scholar

"semantic_scholar": {
  "api_key": "your_api_key_here"
}

注册地址: https://www.semanticscholar.org/product/api#api-key-form

PubMed

"pubmed": {
  "api_key": "your_api_key_here"
}

注册地址: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/account/

CORE

"core": {
  "api_key": "your_api_key_here"
}

注册地址: https://core.ac.uk/services/api

Polite Pool 设置

为获得更高访问速度，建议设置邮箱：

"user_info": {
  "email": "[e-mail]"
}

查询设置

"query_settings": {
  "delay_between_requests": 0.5,
  "timeout": 10,
  "max_retries": 3,
  "stop_on_first_match": true
}

检索顺序不是单纯静态表格顺序：如果条目已有 DOI，会优先走 Crossref DOI 精确查询；如果有 PMID/PMCID，会提升 PubMed 和 Europe PMC；如果有 arXiv 标识，会提升 arXiv。Unpaywall 当前只适合作为开放获取链接补充，不作为主文献元数据源。

📊 项目统计

📖 学术引用

如果您在学术研究或项目中使用 Bibverify，请您引用本项目：

BibTeX 格式

@software{bibverify2025,
  title={Bibverify: A Multi-Platform BibTeX Reference Verification Tool},
  author={Hong Liu},
  year={2025},
  url={https://github.com/Hylouis233/bibverify},
  note={DOI: 10.5281/zenodo.17338090}
}

文本格式

Hong Liu. (2025). Bibverify: A Multi-Platform BibTeX Reference Verification Tool. 
GitHub. https://github.com/Hylouis233/bibverify. DOI: 10.5281/zenodo.17338090

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