bioinformatics-mcp-server 0.1.0

MCP-Server für Bioinformatik-Daten — Gene, Proteine, PubMed-Literatur, Varianten und Sequenzen via NCBI & UniProt

bioinformatics-mcp-server

MCP-Server für Bioinformatik- und Life-Science-Daten. Gibt AI-Agents Zugriff auf NCBI Gene, UniProt, PubMed und ClinVar — komplett kostenlos ohne API-Key.

Tools

Tool	Beschreibung
search_genes	Gen-Suche in NCBI Gene Database (Symbol, Name, Funktion)
get_gene_details	Detailinfos zu einem Gen via NCBI Gene ID
search_clinvar_variants	Klinische Varianten/Mutationen via NCBI ClinVar
get_taxonomy	Taxonomische Klassifikation via NCBI Taxonomy
search_proteins	Protein-Suche in UniProt
get_protein_details	Protein-Details via UniProt Accession
get_ncbi_sequence	DNA/Protein-Sequenzen aus NCBI (FASTA/GenBank)
search_pubmed	Literatur-Suche in PubMed
get_pubmed_abstract	Vollständiger Abstract eines PubMed-Artikels
get_pubmed_citations	Artikel die eine Publikation zitieren

Installation

pip install bioinformatics-mcp-server

Konfiguration (Claude Desktop)

{
  "mcpServers": {
    "bioinformatics": {
      "command": "bioinformatics-server"
    }
  }
}

Beispiele

# Gen-Suche
search_genes("BRCA1", organism="human")
search_genes("p53", organism="mouse")

# Klinische Varianten
search_clinvar_variants("CFTR", significance="pathogenic")

# Protein-Lookup
search_proteins("insulin receptor", organism="human")
get_protein_details("P06213")

# DNA-Sequenz abrufen
get_ncbi_sequence("NM_007294", database="nucleotide")

# Literatur
search_pubmed("CRISPR gene therapy cancer 2025", max_results=5)
get_pubmed_abstract("33461210")

APIs

• NCBI E-utilities — Gene, ClinVar, Taxonomy, PubMed, Sequenzen (kostenlos, 3 req/s)
• UniProt REST API — Proteine, Sequenzen, Funktionen (kostenlos, unbegrenzt)

Kein API-Key erforderlich.

Lizenz

MIT