biopygeon 0.2.0

The Last Mile Publication Aggregator CLI

🕊️ Biopygeon

The Last Mile Publication Aggregator & Intelligent Bioinformatics Assistant

Biopygeon adalah alat antarmuka baris perintah (CLI) yang mengintegrasikan berbagai instrumen bioinformatika (seperti NCBI BLAST, ExPASy ProtParam, Enrichr) dengan agen kecerdasan buatan (Groq LLM). Alat ini dirancang untuk menjadi jembatan antara output mentah data biologis dan pembuatan visualisasi berstandar jurnal Q1 (seperti Nature dan Science).

---

Fitur Utama

• 🤖 Agen Asisten Cerdas (biopygeon chat): Mode obrolan interaktif yang digerakkan oleh AI untuk menjalankan analisis biologis dan menelusuri literatur menggunakan bahasa natural.
• 🔬 Analisis Sekuens & Struktur: Menghitung properti fisikokimia (ProtParam), mencari homologi (NCBI BLAST), dan membersihkan PDB untuk molecular docking.
• 📊 Visualisasi Sekelas Jurnal: Membuat Enrichment Bubble Plot dan Venn Diagram dengan palet warna khusus jurnal.
• 📚 Pencarian Literatur: Penelusuran cerdas jurnal open-access di berbagai sumber (Semantic Scholar, OpenAlex, PubMed) secara bersamaan.
• 📑 Interpretasi PDF Otomatis: Mensintesis hasil mentah (CSV/TXT) menjadi laporan eksekutif (PDF) berisi interpretasi biologis dari agen AI.

---

Panduan Memulai (Onboarding)

1. Instalasi

Pastikan Anda memiliki Python 3.9+ terinstal. Anda dapat menginstal (atau memperbarui) Biopygeon menggunakan perintah:

pip install biopygeon

2. Pengenalan (Membuka Bantuan)

Kapan pun Anda kebingungan tentang apa yang dapat dilakukan oleh Biopygeon, panggil menu bantuan utama:

biopygeon --help

Atau akses bantuan untuk sub-perintah spesifik, misalnya: biopygeon bio --help.

3. Mengonfigurasi API Keys (Autentikasi)

Agar sistem berjalan maksimal (terutama untuk agen AI dan batas penelusuran literatur), Anda perlu mengonfigurasi API Keys. Anda memerlukan:

• Groq API Key (Untuk kecerdasan buatan / AI Chat)
• Semantic Scholar (S2) API Key (Opsional, untuk batas pencarian jurnal yang lebih tinggi)

Cara memasukkan Key:

biopygeon auth set-key --groq-key "gsk_xxxx..." --s2-key "xxxx..."

Untuk memverifikasi apakah key sudah tersimpan:

biopygeon auth status

---

Interaksi Pengguna & Cara Penggunaan

A. Mode Obrolan AI (Rekomendasi)

Ini adalah cara terbaik untuk berinteraksi. Alih-alih mengingat perintah yang panjang, Anda cukup "berbincang" dengan asisten virtual.

biopygeon chat

Contoh percakapan:

• "Cari 10 jurnal terbaru tentang terapi sel punca."
• "Jalankan BLAST untuk sekuens KLLRMAYA."
• "Berapa bobot molekul dan pI dari sekuens protein MLRYAIL?"
• "Buat plot pengayaan (Enrichment) dari file gen_saya.csv."

Setelah AI menyelesaikan tugasnya, ia akan otomatis menawarkan untuk menyimpan data mentah (CSV/TXT) dan membangun laporan PDF interpretatif untuk Anda.

B. Mode Perintah Manual (Klasik)

Jika Anda lebih suka mengeksekusi satu baris perintah secara langsung:

1. Pencarian Literatur

biopygeon lit search "crispr cas9" --limit 10 --sort date
biopygeon lit export

2. Analisis Biologi (Protein & DNA)

# Menghitung properti fisikokimia protein
biopygeon bio protparam "MLRYA"

# Melakukan NCBI BLAST
biopygeon bio blast "MLRYA" --program blastp

# Mencari file PDB
biopygeon bio pdb "hemoglobin"
# Mempersiapkan PDB untuk docking (membersihkan air/heteroatom)
biopygeon bio prepare-docking protein.pdb clean_protein.pdb

3. Analisis Omics & Ekspresi Gen

# Mendapatkan jalur biologi (Pathways) dari Enrichr API
biopygeon omics enrich input_genes.csv output_pathways.csv

4. Publikasi & Visualisasi

# Membuat Bubble Plot (Cocok untuk Enrichment)
biopygeon publish bubble enrich_results.csv --out plot_nature.tiff --journal nature

# Membuat Diagram Venn
biopygeon publish venn list1.csv list2.csv --out venn_science.tiff --journal science

---

Dikembangkan untuk mempercepat riset biologi dari skala raw-data menuju publikasi akhir.