biotools-cli 0.1.8

Command line interface for Bioinformatics.

biotools-cli

介绍

一个可扩展的，为生物信息学分析提供支持的命令行工具集合（当前仅支持 uniprotkb 网络药理学蛋白质转换基因名）。

软件架构

软件架构说明

安装教程

请确保你的计算机已经正确安装了 python

pip install biotools-cli

安装 python-Levenshtein 可以加速查找过程（可选）

pip install python-Levenshtein

使用说明

1. 根据你的需求下载 uniprotkb 数据库文件，一般我们选择 Swiss-Prot 和 Human，格式请选择 xml，如果你下载的是压缩文件，请将它解压。假设最终得到的文件为 uniprot_sprot_human.xml，并把它放置在 example 目录下。

2. 从 uniprot_sprot_human.xml 中提取蛋白质名称以及对应的基因名称并保存到 tsv 格式的文本文件中。

   biotools uniprotkb extract .\example\uniprot_sprot_human.xml .\example\uniprot_sprot_human.xml.tsv

   如果 xml 文件不变化，extract 命令则仅需要执行一次。

3. 准备蛋白质列表，protein.list，参考 .\example\protein.list

4. 查找对应的基因名称并保存结果到 .\example\gene.list

   biotools uniprotkb lookup .\example\uniprot_sprot_human.xml.tsv .\example\protein.list .\example\gene.list

参与贡献

1. Fork 本仓库
2. 新建 Feat_xxx 分支
3. 提交代码
4. 新建 Pull Request

特技

1. 使用 Readme_XXX.md 来支持不同的语言，例如 Readme_en.md, Readme_zh.md
2. Gitee 官方博客 blog.gitee.com
3. 你可以 https://gitee.com/explore 这个地址来了解 Gitee 上的优秀开源项目
4. GVP 全称是 Gitee 最有价值开源项目，是综合评定出的优秀开源项目
5. Gitee 官方提供的使用手册 https://gitee.com/help
6. Gitee 封面人物是一档用来展示 Gitee 会员风采的栏目 https://gitee.com/gitee-stars/