btvit-cli 0.1.2.post2

Typer CLI package for the Vit medical multi-axis Vision Transformer project.

btvit-cli

基于 PyTorch 的多轴 Vision Transformer 医学影像分类 CLI 工具。

安装

pip install btvit-cli

安装后即可使用 vit 命令。确认安装：

vit --version

快速开始

1. 导出配置模板

首次使用前，导出完整注释版 YAML 配置模板到工作目录：

vit get --path ./configs

将在目标目录生成以下文件：

文件	用途
model_config.yaml	模型架构：dim, depth, heads, patch_size, RoPE 参数
data_config.yaml	数据加载：内存预加载、pin_memory
training_config.yaml	训练超参：lr, optimizer, scheduler, stratified 分割
experiment_config.yaml	实验目录命名、日志频率
multi_axis_config.yaml	多轴路径、active_axes、KNN 参数、投票权重
monitoring_config.yaml	早停、最佳模型选择、预测阈值、verbose
USAGE.md	完整 CLI 使用说明

2. 训练

vit train --config configs/base --data dataset/data --label dataset/label.csv --verbose

必需参数：

• --config — YAML 配置目录路径，目录内应包含上述全部配置文件

可选参数：

参数	默认值	说明
--data	dataset/data	训练数据目录
--label	dataset/label.csv	标签 CSV（表头 patient_id,label）
--experiment-name	配置文件值	实验名称覆盖项
--epochs	配置文件值	训练轮数覆盖项
--batch-size	配置文件值	批次大小覆盖项
--device	配置文件值	训练设备（cpu / cuda）
--random-seed	配置文件值	随机种子覆盖项
--verbose	False	显示实时 tqdm 进度条
--resume	False	从 latest_model.pth 恢复训练
--disable-memory-preload	False	关闭默认启用的内存预加载
--preload-batch-size	配置文件值	预加载批次大小
--pre-model	—	预训练模型路径（迁移学习）
--freeze-layers	—	冻结层配置
--freeze-ratio	—	冻结比例（0-1）
--load-weights-only	False	仅加载模型权重
--strict-load	False	严格加载预训练权重
--train-split-csv	—	预分割 CSV 路径
--csv-split-seed	—	CSV 重新划分随机种子
--use-csv-direct	False	直接使用 CSV 分割，不重新划分

训练示例：

# 基础训练
vit train --config configs/base --data dataset/data --label dataset/label.csv

# 恢复训练
vit train --config configs/base --label dataset/label.csv --experiment-name my_exp --resume

# 迁移学习
vit train --config configs/base --data dataset/data --label dataset/label.csv \
  --pre-model experiments/pretrained/checkpoints/best_model.pth \
  --freeze-ratio 0.5 --verbose

3. 预测

vit pred --model experiments/my_exp/checkpoints/best_model.pth \
  --data dataset/predict_root \
  --output output \
  --label dataset/label.csv \
  --verbose

必需参数：

• --model — 训练生成的 checkpoint 路径（内含 config 快照，无需额外 --config）
• --data — 预测数据目录

可选参数：

参数	默认值	说明
--output	output	预测结果输出目录
--label	—	标签 CSV（表头支持 patient_id,label 或 0,1）
--thresholds	checkpoint 值	覆盖 checkpoint 中的预测阈值
--verbose	False	显示实时 tqdm 进度条

--data 支持两种输入布局：

1. 根目录布局 — 目录内固定包含 data-x/、data-y/、data-z/ 子目录
2. 平铺布局 — 单一目录内所有 PNG 文件，文件名必须遵循 {patient_id}_{Z}_{Y}_{X}.png

预测输出：

• predictions.csv — 患者级预测结果（含 pred_prob、pred_result、label、pass 列）
• prediction_summary.json — 汇总统计
• confusion_matrix.png — 混淆矩阵图（提供 label 时）

4. 版本

vit --version
# 或
vit version

多轴 ViT 架构

本项目的核心是多轴 Vision Transformer，用于医学影像二分类（阳性/阴性）。

数据流

输入：每位患者提供 x/y/z 三个轴，每轴 4 张 16x368 灰度 PNG
  -> ImageProcessor: 裁剪为 23 个 16x16 patch，归一化
  -> MemoryPreloader: 缓存至 RAM
  -> MultiAxisDataLoader: 穷举 4x4x4=64 个跨轴组合样本
  -> MultiAxisMedicalViT: 共享编码器 + 有监督 BCE 训练
  -> 验证/预测：per-axis 特征提取 -> KNN -> 加权投票 -> 组合概率
  -> 患者级输出：64 个组合概率均值 -> patient_predict_proba

模型流水线

Input: (batch, 23, 16, 16)
  -> Patch Embedding: flatten + Linear(256, 512) + LayerNorm  ->  (batch, 23, 512)
  -> Learnable Positional Encoding                           ->  (batch, 23, 512)
  -> Golden Gate RoPE (2D rotary position embedding)         ->  (batch, 23, 512)
  -> Transformer Encoder x6 (8 heads, dim_head=64)           ->  (batch, 23, 512)
  -> Global Average Pooling                                   ->  (batch, 512)
  -> LayerNorm + Linear(512, 1) + Sigmoid                    ->  (batch, 1)

关键设计

• 患者级分割：同一患者的影像始终在同一数据分片中（防止数据泄漏）
• 内存预加载：默认启用，将全部图像预加载到 RAM；启用时 num_workers 自动设为 0
• 类别加权 BCE：通过 pos_weight 处理正负样本不平衡
• Checkpoint 内容：模型权重 + 优化器状态 + 调度器状态 + 最佳指标 + config 快照
• 双检查点：训练产物始终包含 best_model.pth 和 latest_model.pth
• 恢复训练：基于 results/train_state.json 从上一完整 epoch 后的状态恢复

训练产物

experiments/{experiment_name}/
├── checkpoints/
│   ├── best_model.pth       # 最佳模型（按 monitoring.model_selection.metric 选择）
│   └── latest_model.pth     # 最新模型（用于 resume）
├── results/
│   ├── train_state.json     # 恢复训练状态
│   ├── train_split.csv      # 数据划分记录
│   ├── feature_store_best.npz
│   ├── feature_store_latest.npz
│   └── final_results.json
└── logs/
    └── *.log

配置参考

所有 YAML 配置均可通过 CLI 参数覆盖。运行 vit get --path ./configs 导出完整注释版模板。

model_config.yaml

配置项	默认值	说明
dim	512	Transformer 嵌入维度
depth	6	Transformer 编码器层数
heads	8	注意力头数
dim_head	64	每头维度
mlp_dim	2048	MLP 隐藏维度
dropout	0.1	Transformer 内 dropout
patch_size	[16, 16]	Patch 尺寸
input_shape	[16, 368]	输入图像尺寸

training_config.yaml

配置项	默认值	说明
epochs	100	训练轮数
learning_rate	0.001	学习率
optimizer	AdamW	优化器
scheduler	CosineAnnealingLR	学习率调度器
batch_size	32	批次大小
device	cuda	训练设备
train_split.method	stratified	数据分割方法
train_split.train_ratio	0.75	训练集比例
train_split.val_ratio	0.15	验证集比例
train_split.test_ratio	0.10	测试集比例

multi_axis_config.yaml

配置项	默认值	说明
enabled	true	启用多轴路径
active_axes	[x, y, z]	活跃轴列表
voting_weights	{x: 0.3, y: 0.3, z: 0.4}	轴投票权重
images_per_axis	4	每轴 PNG 数量
knn_k	5	KNN 的 K 值
knn_metric	cosine	KNN 距离度量

monitoring_config.yaml

配置项	默认值	说明
early_stopping.enabled	true	启用早停
early_stopping.metric	val_loss	早停监控指标
early_stopping.patience	10	早停耐心轮数
model_selection.metric	predict_accuracy	最佳模型选择指标
predict_threshold	0.5	患者级预测阈值
verbose	true	终端详细输出

终端输出规则

• 不加 --verbose：训练/预测过程中终端不输出实时信息，仅在流程结束后输出总结
• 加 --verbose：显示一根总 tqdm 进度条，详细调试信息仅写入日志文件

开发与构建

本地开发安装

conda activate Vit
pip install -e .
vit --help

构建发行包

conda run -n Vit python -m build

产物位于 dist/ 目录：btvit_cli-{version}-py3-none-any.whl 和 btvit-cli-{version}.tar.gz。

发布到 PyPI

# 安装发布工具（首次）
pip install twine

# 构建
python -m build

# 校验
twine check dist/*

# 上传到 TestPyPI（可选预览）
twine upload --repository testpypi dist/*

# 上传到 PyPI
twine upload dist/*

发布前检查清单：

1. 更新 src/__version__ 中的版本号
2. 确认 pyproject.toml 中的 name = "btvit-cli" 和 description 正确
3. 运行 python -m build 构建无报错
4. 运行 twine check dist/* 校验通过
5. 如需测试，先上传到 TestPyPI 并验证安装

项目结构

src/
├── __init__.py              # __version__ = "0.1.2"
├── cli/
│   ├── main.py              # Typer 入口：train / pred / get / version
│   ├── train_cmd.py         # train 命令参数定义
│   ├── train_impl.py        # 训练核心逻辑（多轴 + 单轴分发）
│   ├── train_runner.py      # 训练执行包装
│   ├── predict_cmd.py       # pred 命令参数定义
│   ├── predict_impl.py      # 预测核心逻辑（checkpoint 驱动）
│   ├── predict_runner.py    # 预测执行包装
│   ├── script_loader.py     # 旧脚本兼容加载
│   └── utils.py             # YAML 模板、数据布局归一化
├── model/
│   ├── vit_model.py         # MedicalViT + MultiAxisMedicalViT
│   └── vit_nd_rotary.py     # Golden Gate RoPE
├── data/
│   ├── preprocessing.py     # ImageProcessor
│   ├── dataset.py           # 单轴/多轴 Dataset + Collator
│   ├── enhanced_splitting.py # 患者级分层/随机分割
│   ├── memory_preloader.py  # RAM 预加载
│   ├── improved_dataloader.py # DataLoaderManager
│   └── testset_export.py    # 测试集导出
├── training/
│   ├── trainer.py           # 单轴训练器
│   └── multi_axis_trainer.py # 多轴训练器
├── prediction/
│   ├── feature_store.py     # 特征存储
│   ├── knn_classifier.py    # KNN 分类
│   └── multi_axis_predictor.py # 多轴预测器
└── utils/
    ├── config.py            # YAML 配置系统
    ├── metrics.py           # Accuracy / Precision / Recall / F1 / AUC
    ├── logger.py            # 日志管理
    └── monitor.py           # TensorBoard

环境要求

• Python >= 3.11
• PyTorch >= 2.6.0
• CUDA（可选，用于 GPU 加速）

许可证

Apache-2.0

作者

SuShuHeng

链接

• GitHub: https://github.com/SuShuHeng/Vit-cli
• PyPI: https://pypi.org/project/btvit-cli/