camptools 0.10.4

Tools for camphor

camptools

camphor用ツール

インストール

  pip install camptools --user

コマンド一覧

ジョブを投入し、ジョブIDを記録する

$ nmyqsub <job file> -m <message> -d <directory>
  jobを投入し、job情報を記録する(job_status.sh, joblist.shなどに使用)
  directoryを指定した場合、指定ディレクトリに移動後にqsubを実行

$ myqsub <job file> -m <message> -d <directory>
  jobを投入し、job情報を記録する(job_status.sh, joblist.shなどに使用)
  directoryを指定した場合、指定ディレクトリに移動後にqsubを実行
  投入されるjobファイルは、パラメータファイルplasma.inpに応じてノード数を決定し置換したもの
  python環境にf90nmlが必要
  
  <job file>の形式は以下のようにすること
    1. #QSUB -A p={}:t=1:c=64:m=90G
    2. aprun -n {} -d 1 -N 64 ./mpiemses3D plasma.inp

実行中のジョブ状態を確認する

$ job_status
  jobの状態と標準出力の一部を出力

$ joblist
  jobの状態を出力

これまでに投入したジョブ一覧を表示する

$ jobhistory -n <num outputs> --correct_date
  過去のjobのリストを表示
  <job id>, <directory>, <message>, <date>

  --correct_date: 
    *.o*ファイルから日付を読み取りjobに日付情報を付加する
    (この日付情報は保存されるため毎回呼ばなくても良い)

EMSESの継続ジョブを投入する

$ extentsim <from-dir> <to-dir> --run
  EMSESの継続シミュレーションを行う
  from-dirに存在するmpiemses3D, job.sh, SNAPSHOT1, generate_xdmf.pyをto-dirにコピーする
  runフラグを指定するとmyqsubによるジョブの投入まで行う

ディレクトリセットを作成する

$ mymkdir --key <key> <directory>
  keyで指定した構成のディレクトリを作成する
  ディレクトリ構成の設定は~/copylist.jsonに記載する

簡易的なジョブファイルを作成する

$ cmdjob [-h] {register,create} ...
$ cmdjob register -ug <usergroup> -s <system> --local
  作成するjobの設定を登録する
  localフラグを指定するとそのディレクトリ以下での設定が変更される
$ cmdjob create <command> -o <output>
  commandを実行するジョブファイルを作成する
  出力ファイル名はoutputで指定(デフォルト: tmpjob.sh)

よく使うディレクトリのパスを記録する

$ checkpoint {register, clear, list}
$ checkpoint register -m <message>
  カレントディレクトリをチェックポイントとして保存する
$ checkpoint clear -a -i <index>
  チェックポイントを削除する
  -aフラグを指定するとすべてのチェックポイントを削除する
  -iフラグを指定すると指定した番号をチェックポイントを削除する
$ checkpoint list
  チェックポイントのリストを表示する

システム内で同期をとる

$ filesync {lock, wait, notify}
$ filesync lock <key>
  <key>名のロックを確保する (~/.camptools内にロック情報を書き込む)
$ filesync wait <key>
  <key>名のロックが確保されていたら待機する
$ filesync notify <key>
  <key>名のロックを解放する (~/.camptoolsからロック情報を削除する)

preinp

preinp は、Fortran の NAMELIST 入力ファイル用プレプロセッサを Python で実装した軽量ツールです。 マクロを用いた定義・演算により、手作業では煩雑になりがちなパラメータ生成を自動化できます。

オプション一覧

オプション	説明	デフォルト
-d, --directory	入力ファイル所在ディレクトリ	./
-i, --preinp_file	前処理対象ファイル名	plasma.preinp
-o, --output	出力ファイル名	plasma.inp
-v, --verbose	詳細ログを表示	オフ

実行例

# 入力ディレクトリ './input' の 'plasma.preinp' を処理
preinp -d input -i plasma.preinp -o plasma.inp

# 詳細ログ付き
preinp -v

マクロ記法

• !!> で始まる行をマクロ処理の対象とし、末尾に \ を付けると行継続できます。
• 一時変数の定義: var symbol = value で計算中に利用する変数を登録。
• 定数定義: symbol = value または symbol(index) = val1, val2 で、最終的に出力される NAMELIST 値を指定。
• 算術演算・条件式: +, -, *, /, min(a,b), x if cond else y など。
• 単位変換: （オプション）unit.<name>.trans(value) / unit.<name>.reverse(value) を利用可能。

Example

plasma.preinp:

&simulation
!!> var nx = 128
!!> var ny = 64
!!> total_cells = nx * ny
/

生成される plasma.inp:

&simulation
    total_cells = 8192
/