cdmduck

OMOP data. Simpler. Faster. Everywhere. — OHDSI ATLAS-compatible tools for the OMOP CDM, in pure Python on DuckDB. No Java, no Postgres, no Docker.

OMOP CDM · OHDSI ATLAS 호환 도구를 DuckDB 위에서, 순수 파이썬으로.

pip install cdmduck

from cdmduck.sqlrender import render, translate
sql = render("SELECT TOP 10 * FROM @cdm.person {@adult}?{WHERE year_of_birth < 2000};", cdm="main", adult=True)
translate(sql, "duckdb")   # SELECT  * FROM main.person WHERE year_of_birth < 2000 LIMIT 10;

from cdmduck.circe import build_cohort_query
sql = build_cohort_query(open("cohort.json").read(), cdm_schema="main", target_table="main.cohort", cohort_id=1)
duck = translate(render(sql), "duckdb")

pip install "cdmduck[server]"
cdmduck serve EUNOMIA=cdm.duckdb            # http://127.0.0.1:8080/ 에 ATLAS 3.0, /WebAPI 에 API
cdmduck cohort cohort.json duckdb --cdm main --results main --cohort-id 1
cdmduck translate query.sql duckdb -p cdm=main
cdmduck dialects

서버 (cdmduck serve)

DuckDB 파일 하나가 WebAPI 의 소스 하나(CDM·어휘·결과 스키마). 결과 스키마(results)와 코호트 결과 테이블은 없으면 만든다. 개념집합·코호트 정의는 첫 DB 옆 cdmduck_store.duckdb 에 저장한다. 로그인은 없다(관리자 한 명). 아직 없는 것: 데이터 소스 보고서(Achilles), 특성화·발생률·경로 분석, 버전 이력, 태그.

Java 판과의 동등성 검증

Circe: tests/equiv/circe_corpus.py(PhenotypeLibrary 코호트×옵션 3종, 개념집합, circe 테스트 JSON, 무작위 코호트) → tests/java_circe/CirceHarness.java(Jackson 2.11·commons-lang3·standardized-analysis-utils·semver4j jar 필요) 와 tests/equiv/py_circe_harness.py 결과를 tests/equiv/circe_diff.py 로 비교.

SqlRender:

tests/equiv/ — SqlRender R 테스트 문자열 2,009개, Circe·WebAPI SQL 763개(×16 방언·렌더·분할), 합성 조건식 3,000개를 Java 원본(tests/java, JDK 22+ 소스 실행)과 이 이식본에 넣어 결과를 비교한다.

python3 tests/equiv/build_corpus.py <클론 디렉터리> cases.tsv
python3 tests/equiv/run_java.py cases.tsv java.out 24
PYTHONPATH=src python3 tests/equiv/py_harness.py cases.tsv py.out 32
python3 tests/equiv/diff.py cases.tsv java.out py.out

알려진 차이: Java 내부 예외(EmptyStack, ArrayIndexOutOfBounds)의 메시지 문구만 다르다(예외가 나는 자리는 같다). BMP 밖 문자(이모지 등)는 Java 가 UTF-16 대리쌍 둘로 보므로 위치가 달라질 수 있다.

라이선스

Apache 2.0. src/cdmduck/sqlrender/csv/replacementPatterns.csv 와 ref/java, tests/java/org 는 OHDSI SqlRender 에서 가져왔다(third_party/, NOTICE).