cellNexusPy
Importing the package
from cellnexuspy import get_metadata, get_anndata, get_pseudobulk, keep_quality_cells, get_cell_communication_strength, get_metadata_url, get_census_metadata
Getting the metadata
The get_metadata() function returns a database connection and a DuckDB table.
The table can be used to query the metadata, while the connection's main purpose is to be closed when you are finished:
conn, table = get_metadata()
table
┌─────────┬────────────────────┬──────────────────────────────────────┬──────────────────────────────────┬──────────┬───────────────┬──────────┬──────────────────────────────┬───────────────────┬───────────────┬────────────────────────────┬───────────┬──────────────────────┬──────────────────────┬────────────────────┬───────────────┬─────────┬───────────────────┬───────────────────────────────────────────┬───────────────────────────────────────────┬───────────────────┬──────────────────────────────┬────────────────────────────────┬───────────────────────┬───────────────────────────────────┬────────────────────────────────┬────────────────────────────┬──────────────────────────┬──────────────────────────┬───────────────────┬────────────────────────────┬───────────────────────────────────┬────────────────┐
│ cell_id │ observation_joinid │ dataset_id │ sample_id │ donor_id │ feature_count │ age_days │ nFeature_expressed_in_sample │ nCount_RNA │ empty_droplet │ cell_type_unified_ensemble │ is_immune │ subsets_Mito_percent │ subsets_Ribo_percent │ high_mitochondrion │ high_ribosome │ alive │ scDblFinder.class │ file_id_cellNexus_single_cell │ file_id_cellNexus_pseudobulk │ count_upper_bound │ nfeature_expressed_threshold │ inversed_inferred_distribution │ inferred_distribution │ cell_annotation_blueprint_singler │ cell_annotation_monaco_singler │ cell_annotation_azimuth_l2 │ ethnicity_flagging_score │ low_confidence_ethnicity │ .aggregated_cells │ imputed_ethnicity │ max_lt_10,min_lt_0,rounding_error │ atlas_id │
│ double │ varchar │ varchar │ varchar │ varchar │ int32 │ int32 │ int32 │ double │ boolean │ varchar │ boolean │ int32 │ int32 │ boolean │ boolean │ boolean │ varchar │ varchar │ varchar │ double │ double │ varchar │ varchar │ varchar │ varchar │ varchar │ double │ varchar │ int32 │ varchar │ varchar │ varchar │
├─────────┼────────────────────┼──────────────────────────────────────┼──────────────────────────────────┼──────────┼───────────────┼──────────┼──────────────────────────────┼───────────────────┼───────────────┼────────────────────────────┼───────────┼──────────────────────┼──────────────────────┼────────────────────┼───────────────┼─────────┼───────────────────┼───────────────────────────────────────────┼───────────────────────────────────────────┼───────────────────┼──────────────────────────────┼────────────────────────────────┼───────────────────────┼───────────────────────────────────┼────────────────────────────────┼────────────────────────────┼──────────────────────────┼──────────────────────────┼───────────────────┼────────────────────────────┼───────────────────────────────────┼────────────────┤
│ 7951.0 │ V^DVv&wmix │ ca46ffe6-0a26-4d8d-82fa-81722daf1102 │ 86fbf7546004320405086bccb3b57a9f │ Hs254 │ 28675 │ 14965 │ 670 │ 9708.425250000011 │ false │ other │ false │ 2 │ 1 │ false │ false │ true │ singlet │ d2503d31d208718efb60a6465c18fbc6___1.h5ad │ 3fdcfe7f9a58a4421fadc6c596dae700___1.h5ad │ 10.0 │ 200.0 │ expm1 │ log1p │ Adipocytes │ Myeloid dendritic cells │ HSPC │ 1.0 │ FALSE │ 1852 │ Hispanic or Latin American │ 0,0,0 │ hca_2024/0.5.0 │
│ 430.0 │ bE&g|Ty{lq │ ca46ffe6-0a26-4d8d-82fa-81722daf1102 │ 86fbf7546004320405086bccb3b57a9f │ Hs254 │ 28675 │ 14965 │ 576 │ 8939.567559999985 │ false │ other │ false │ 9 │ 1 │ true │ false │ false │ singlet │ 381372df370b3c43be63752155a871a3___1.h5ad │ 3fdcfe7f9a58a4421fadc6c596dae700___1.h5ad │ 10.0 │ 200.0 │ expm1 │ log1p │ Adipocytes │ Myeloid dendritic cells │ HSPC │ 1.0 │ FALSE │ 1852 │ Hispanic or Latin American │ 0,0,0 │ hca_2024/0.5.0 │
│ 10537.0 │ +P10$OJbtq │ ca46ffe6-0a26-4d8d-82fa-81722daf1102 │ 86fbf7546004320405086bccb3b57a9f │ Hs254 │ 28675 │ 14965 │ 1846 │ 9877.638559999968 │ false │ fat │ false │ 1 │ 0 │ false │ false │ true │ singlet │ 4c187b7bb66d3876336a16c9adbbfa9a___1.h5ad │ 3fdcfe7f9a58a4421fadc6c596dae700___1.h5ad │ 10.0 │ 200.0 │ expm1 │ log1p │ Adipocytes │ Low-density basophils │ HSPC │ 1.0 │ FALSE │ 6899 │ Hispanic or Latin American │ 0,0,0 │ hca_2024/0.5.0 │
│ 4681.0 │ `rtxaAa~)4 │ ca46ffe6-0a26-4d8d-82fa-81722daf1102 │ 86fbf7546004320405086bccb3b57a9f │ Hs254 │ 28675 │ 14965 │ 642 │ 9520.334559999996 │ false │ endothelial │ false │ 3 │ 1 │ false │ false │ true │ singlet │ 2414f1c27aed43c1a2a5575428331901___1.h5ad │ 3fdcfe7f9a58a4421fadc6c596dae700___1.h5ad │ 10.0 │ 200.0 │ expm1 │ log1p │ Adipocytes │ Progenitor cells │ HSPC │ 1.0 │ FALSE │ 1305 │ Hispanic or Latin American │ 0,0,0 │ hca_2024/0.5.0 │
│ 10538.0 │ YTZT;WA*H1 │ ca46ffe6-0a26-4d8d-82fa-81722daf1102 │ 86fbf7546004320405086bccb3b57a9f │ Hs254 │ 28675 │ 14965 │ 1206 │ 9816.731269999993 │ false │ fat │ false │ 1 │ 1 │ false │ false │ true │ singlet │ 4c187b7bb66d3876336a16c9adbbfa9a___1.h5ad │ 3fdcfe7f9a58a4421fadc6c596dae700___1.h5ad │ 10.0 │ 200.0 │ expm1 │ log1p │ Adipocytes │ Progenitor cells │ HSPC │ 1.0 │ FALSE │ 6899 │ Hispanic or Latin American │ 0,0,0 │ hca_2024/0.5.0 │
│ 11685.0 │ q6&?h```1s │ ca46ffe6-0a26-4d8d-82fa-81722daf1102 │ 86fbf7546004320405086bccb3b57a9f │ Hs254 │ 28675 │ 14965 │ 1378 │ 9663.019840000019 │ false │ fat │ false │ 3 │ 1 │ false │ false │ true │ singlet │ d0d38ac012951a5447aeec0fc8425466___1.h5ad │ 3fdcfe7f9a58a4421fadc6c596dae700___1.h5ad │ 10.0 │ 200.0 │ expm1 │ log1p │ Adipocytes │ Progenitor cells │ HSPC │ 1.0 │ FALSE │ 6899 │ Hispanic or Latin American │ 0,0,0 │ hca_2024/0.5.0 │
│ 10539.0 │ {Ij`DT8SD? │ ca46ffe6-0a26-4d8d-82fa-81722daf1102 │ 86fbf7546004320405086bccb3b57a9f │ Hs254 │ 28675 │ 14965 │ 929 │ 9834.409859999985 │ false │ fat │ false │ 1 │ 1 │ false │ false │ true │ singlet │ 4c187b7bb66d3876336a16c9adbbfa9a___1.h5ad │ 3fdcfe7f9a58a4421fadc6c596dae700___1.h5ad │ 10.0 │ 200.0 │ expm1 │ log1p │ Adipocytes │ Low-density basophils │ HSPC │ 1.0 │ FALSE │ 6899 │ Hispanic or Latin American │ 0,0,0 │ hca_2024/0.5.0 │
│ 4682.0 │ s1e`j)^y54 │ ca46ffe6-0a26-4d8d-82fa-81722daf1102 │ 86fbf7546004320405086bccb3b57a9f │ Hs254 │ 28675 │ 14965 │ 2611 │ 9526.778140000002 │ false │ endothelial │ false │ 3 │ 1 │ false │ false │ true │ singlet │ 2414f1c27aed43c1a2a5575428331901___1.h5ad │ 3fdcfe7f9a58a4421fadc6c596dae700___1.h5ad │ 10.0 │ 200.0 │ expm1 │ log1p │ Adipocytes │ Progenitor cells │ HSPC │ 1.0 │ FALSE │ 1305 │ Hispanic or Latin American │ 0,0,0 │ hca_2024/0.5.0 │
│ 4683.0 │ 0G5XsAaJ&m │ ca46ffe6-0a26-4d8d-82fa-81722daf1102 │ 86fbf7546004320405086bccb3b57a9f │ Hs254 │ 28675 │ 14965 │ 517 │ 9317.504780000007 │ false │ endothelial │ false │ 5 │ 1 │ false │ false │ true │ singlet │ 2414f1c27aed43c1a2a5575428331901___1.h5ad │ 3fdcfe7f9a58a4421fadc6c596dae700___1.h5ad │ 10.0 │ 200.0 │ expm1 │ log1p │ Adipocytes │ Naive B cells │ HSPC │ 1.0 │ FALSE │ 1305 │ Hispanic or Latin American │ 0,0,0 │ hca_2024/0.5.0 │
│ 10540.0 │ GPsK`oVmW= │ ca46ffe6-0a26-4d8d-82fa-81722daf1102 │ 86fbf7546004320405086bccb3b57a9f │ Hs254 │ 28675 │ 14965 │ 1218 │ 9649.032700000002 │ false │ fat │ false │ 3 │ 1 │ false │ false │ true │ singlet │ 4c187b7bb66d3876336a16c9adbbfa9a___1.h5ad │ 3fdcfe7f9a58a4421fadc6c596dae700___1.h5ad │ 10.0 │ 200.0 │ expm1 │ log1p │ Adipocytes │ Progenitor cells │ HSPC │ 1.0 │ FALSE │ 6899 │ Hispanic or Latin American │ 0,0,0 │ hca_2024/0.5.0 │
│ · │ · │ · │ · │ · │ · │ · │ · │ · │ · │ · │ · │ · │ · │ · │ · │ · │ · │ · │ · │ · │ · │ · │ · │ · │ · │ · │ · │ · │ · │ · │ · │ · │
│ · │ · │ · │ · │ · │ · │ · │ · │ · │ · │ · │ · │ · │ · │ · │ · │ · │ · │ · │ · │ · │ · │ · │ · │ · │ · │ · │ · │ · │ · │ · │ · │ · │
│ · │ · │ · │ · │ · │ · │ · │ · │ · │ · │ · │ · │ · │ · │ · │ · │ · │ · │ · │ · │ · │ · │ · │ · │ · │ · │ · │ · │ · │ · │ · │ · │ · │
│ 383.0 │ J{B-bGjV@x │ ca46ffe6-0a26-4d8d-82fa-81722daf1102 │ 52ab74e0715f3f9d8d1e9a14e9117a72 │ Hs009 │ 28675 │ 14965 │ 3181 │ 9877.072690000026 │ false │ macrophage │ true │ 1 │ 0 │ false │ false │ true │ singlet │ 22cd66a3eeb49ef1c186ea2f846dc03d___1.h5ad │ 3fdcfe7f9a58a4421fadc6c596dae700___1.h5ad │ 10.0 │ 200.0 │ expm1 │ log1p │ Macrophages │ Intermediate monocytes │ HSPC │ 0.4 │ TRUE │ 193 │ African │ 0,0,0 │ hca_2024/0.5.0 │
│ 3647.0 │ 50*CQMf0KD │ ca46ffe6-0a26-4d8d-82fa-81722daf1102 │ 52ab74e0715f3f9d8d1e9a14e9117a72 │ Hs009 │ 28675 │ 14965 │ 2608 │ 9931.070700000028 │ false │ mesothelial │ false │ 0 │ 0 │ false │ false │ true │ singlet │ 80a624f0455fbd74c752ab2ec25f06cb___1.h5ad │ 3fdcfe7f9a58a4421fadc6c596dae700___1.h5ad │ 10.0 │ 200.0 │ expm1 │ log1p │ Adipocytes │ Plasmacytoid dendritic cells │ HSPC │ 0.4 │ TRUE │ 3153 │ African │ 0,0,0 │ hca_2024/0.5.0 │
│ 3648.0 │ @5&{|*WZq| │ ca46ffe6-0a26-4d8d-82fa-81722daf1102 │ 52ab74e0715f3f9d8d1e9a14e9117a72 │ Hs009 │ 28675 │ 14965 │ 2319 │ 9817.226980000014 │ false │ mesothelial │ false │ 1 │ 0 │ false │ false │ true │ singlet │ 80a624f0455fbd74c752ab2ec25f06cb___1.h5ad │ 3fdcfe7f9a58a4421fadc6c596dae700___1.h5ad │ 10.0 │ 200.0 │ expm1 │ log1p │ Adipocytes │ Progenitor cells │ HSPC │ 0.4 │ TRUE │ 3153 │ African │ 0,0,0 │ hca_2024/0.5.0 │
│ 3649.0 │ D^LAFhg|nO │ ca46ffe6-0a26-4d8d-82fa-81722daf1102 │ 52ab74e0715f3f9d8d1e9a14e9117a72 │ Hs009 │ 28675 │ 14965 │ 1952 │ 9823.989399999997 │ false │ mesothelial │ false │ 1 │ 0 │ false │ false │ true │ singlet │ 80a624f0455fbd74c752ab2ec25f06cb___1.h5ad │ 3fdcfe7f9a58a4421fadc6c596dae700___1.h5ad │ 10.0 │ 200.0 │ expm1 │ log1p │ Adipocytes │ Progenitor cells │ HSPC │ 0.4 │ TRUE │ 3153 │ African │ 0,0,0 │ hca_2024/0.5.0 │
│ 125.0 │ _<;qBYcHFj │ ca46ffe6-0a26-4d8d-82fa-81722daf1102 │ 52ab74e0715f3f9d8d1e9a14e9117a72 │ Hs009 │ 28675 │ 14965 │ 1380 │ 9612.758619999995 │ false │ endothelial │ false │ 3 │ 1 │ false │ false │ true │ singlet │ d8fff216b3dc37c3cacfaaaedde7a0f7___1.h5ad │ 3fdcfe7f9a58a4421fadc6c596dae700___1.h5ad │ 10.0 │ 200.0 │ expm1 │ log1p │ Endothelial cells │ Progenitor cells │ HSPC │ 0.4 │ TRUE │ 232 │ African │ 0,0,0 │ hca_2024/0.5.0 │
│ 3650.0 │ yTDbu87;&` │ ca46ffe6-0a26-4d8d-82fa-81722daf1102 │ 52ab74e0715f3f9d8d1e9a14e9117a72 │ Hs009 │ 28675 │ 14965 │ 1666 │ 9909.207340000014 │ false │ mesothelial │ false │ 0 │ 0 │ false │ false │ true │ singlet │ 80a624f0455fbd74c752ab2ec25f06cb___1.h5ad │ 3fdcfe7f9a58a4421fadc6c596dae700___1.h5ad │ 10.0 │ 200.0 │ expm1 │ log1p │ Fibroblasts │ Progenitor cells │ HSPC │ 0.4 │ TRUE │ 3153 │ African │ 0,0,0 │ hca_2024/0.5.0 │
│ 551.0 │ ;M2H3@XkSG │ ca46ffe6-0a26-4d8d-82fa-81722daf1102 │ 52ab74e0715f3f9d8d1e9a14e9117a72 │ Hs009 │ 28675 │ 14965 │ 1047 │ 9781.284659999968 │ false │ fat │ false │ 1 │ 0 │ false │ false │ true │ singlet │ bb75087b60faba4c16747fff65f89682___2.h5ad │ 3fdcfe7f9a58a4421fadc6c596dae700___2.h5ad │ 10.0 │ 200.0 │ expm1 │ log1p │ Adipocytes │ Myeloid dendritic cells │ HSPC │ 0.4 │ TRUE │ 762 │ African │ 0,0,0 │ hca_2024/0.5.0 │
│ 3651.0 │ Mu<B;mUmTL │ ca46ffe6-0a26-4d8d-82fa-81722daf1102 │ 52ab74e0715f3f9d8d1e9a14e9117a72 │ Hs009 │ 28675 │ 14965 │ 2518 │ 9896.72859999997 │ false │ mesothelial │ false │ 0 │ 0 │ false │ false │ true │ singlet │ 80a624f0455fbd74c752ab2ec25f06cb___1.h5ad │ 3fdcfe7f9a58a4421fadc6c596dae700___1.h5ad │ 10.0 │ 200.0 │ expm1 │ log1p │ Adipocytes │ Progenitor cells │ HSPC │ 0.4 │ TRUE │ 3153 │ African │ 0,0,0 │ hca_2024/0.5.0 │
│ 3652.0 │ 9Ga-eQKDOJ │ ca46ffe6-0a26-4d8d-82fa-81722daf1102 │ 52ab74e0715f3f9d8d1e9a14e9117a72 │ Hs009 │ 28675 │ 14965 │ 2951 │ 9847.462019999955 │ false │ mesothelial │ false │ 1 │ 1 │ false │ false │ true │ singlet │ 80a624f0455fbd74c752ab2ec25f06cb___1.h5ad │ 3fdcfe7f9a58a4421fadc6c596dae700___1.h5ad │ 10.0 │ 200.0 │ expm1 │ log1p │ Adipocytes │ Plasmacytoid dendritic cells │ HSPC │ 0.4 │ TRUE │ 3153 │ African │ 0,0,0 │ hca_2024/0.5.0 │
│ 3653.0 │ S9$uOw>jL< │ ca46ffe6-0a26-4d8d-82fa-81722daf1102 │ 52ab74e0715f3f9d8d1e9a14e9117a72 │ Hs009 │ 28675 │ 14965 │ 2001 │ 9862.184239999975 │ false │ mesothelial │ false │ 1 │ 1 │ false │ false │ true │ singlet │ 80a624f0455fbd74c752ab2ec25f06cb___1.h5ad │ 3fdcfe7f9a58a4421fadc6c596dae700___1.h5ad │ 10.0 │ 200.0 │ expm1 │ log1p │ Adipocytes │ Progenitor cells │ HSPC │ 0.4 │ TRUE │ 3153 │ African │ 0,0,0 │ hca_2024/0.5.0 │
├─────────┴────────────────────┴──────────────────────────────────────┴──────────────────────────────────┴──────────┴───────────────┴──────────┴──────────────────────────────┴───────────────────┴───────────────┴────────────────────────────┴───────────┴──────────────────────┴──────────────────────┴────────────────────┴───────────────┴─────────┴───────────────────┴───────────────────────────────────────────┴───────────────────────────────────────────┴───────────────────┴──────────────────────────────┴────────────────────────────────┴───────────────────────┴───────────────────────────────────┴────────────────────────────────┴────────────────────────────┴──────────────────────────┴──────────────────────────┴───────────────────┴────────────────────────────┴───────────────────────────────────┴────────────────┤
│ ? rows (>9999 rows, 20 shown) 33 columns │
└─────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────┘
Quality control
cellNexusPy metadata provides quality control records such as empty droplets, inoperable cells (death or damaged), doublets, and samples with low gene counts:
table = keep_quality_cells(table)
Join Census metadata
Original Census annotations can be retrieved by the function get_census_metadata(), and registered to lazy tibble format by DuckDB
census_metadata = get_census_metadata("2024-07-01")
census_rel = conn.from_df(census_metadata)
table = table.join(census_rel, ["dataset_id", "observation_joinid"], how="left")
Querying the metadata
The DuckDB table can be queried using a number of methods described here. In particular:
.filter(): filters the metadata using a string expression.aggregate(): groups by one or more columns, and calculates some aggregate statistics such as counts.fetchdf(): Executes the query and returns it as a pandas DataFrame
table.aggregate("tissue, cell_type_unified_ensemble, COUNT(*) as n", group_expr="tissue, cell_type_unified_ensemble")
┌───────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────┬────────────────────────────┬────────┐
│ tissue │ cell_type_unified_ensemble │ n │
│ enum('brodmann (1909) area 4', 'adipose tissue', 'adrenal gland', 'adrenal tissue', 'alveolus of lung', 'ampulla of uterine tube', 'angular gyrus', 'anterior cingulate cortex', 'anterior cingulate gyrus', 'anterior part of tongue', 'anterior wall of left ventricle', 'aorta', 'apex of heart', 'arm skin', 'artery', 'ascending colon', 'axilla', 'basal ganglion', 'basal zone of heart', 'bladder organ', 'blood', 'body of stomach', 'bone marrow', 'bone spine', 'brain', 'brain white matter', 'breast', 'bronchopulmonary lymph node', 'bronchus', 'caecum', 'caecum epithelium', 'cardia of stomach', 'cardiac atrium', 'cardiac ventricle', 'caudal ganglionic eminence', 'caudate lobe of liver', 'caudate nucleus', 'cerebellar cortex', 'cerebellum', 'cerebellum vermis lobule', 'cerebral cortex', 'cerebral nuclei', 'cervical lymph node', 'cervical spinal cord white matter', 'chorionic villus', 'chorioretinal region', 'choroid plexus', 'ciliary body', 'cingulate cortex', 'colon', 'colonic epithelium', 'conjunctiva', 'cornea', 'corneo-scleral junction', 'coronary artery', 'cortex of kidney', 'decidua', 'decidua basalis', 'dentate nucleus', 'dermis', 'descending colon', 'dorsolateral prefrontal cortex', 'duodeno-jejunal junction', 'duodenum', 'endocrine pancreas', 'endometrium', 'entorhinal cortex', 'epithelium of esophagus', 'epithelium of small intestine', 'epithelium of trachea', 'esophagogastric junction', 'esophagus', 'esophagus muscularis mucosa', 'exocrine pancreas', 'eye', 'eye trabecular meshwork', 'fallopian tube', 'fimbria of uterine tube', 'forebrain', 'fovea centralis', 'frontal cortex', 'frontal lobe', 'gallbladder', 'ganglionic eminence', 'gastrocnemius', 'gingiva', 'gonad', 'gut wall', 'heart', 'heart left ventricle', 'heart right ventricle', 'hemisphere part of cerebellar posterior lobe', 'hepatic cecum', 'hepatic flexure of colon', 'hindgut', 'hindlimb skin', 'hippocampal formation', 'hypothalamus', 'ileal epithelium', 'ileum', 'inguinal lymph node', 'inguinal region skin', 'insular cortex', 'interventricular septum', 'intestine', 'iris', 'islet of langerhans', 'isthmus of fallopian tube', 'jejunal epithelium', 'jejunum', 'kidney', 'kidney blood vessel', 'lacrimal gland', 'lamina propria', 'lamina propria of large intestine', 'lamina propria of mucosa of colon', 'lamina propria of small intestine', 'large intestine', 'lateral ganglionic eminence', 'left cardiac atrium', 'left colon', 'left frontal lobe', 'left lung', 'left parietal lobe', 'left temporal lobe', 'lens of camera-type eye', 'lingula of left lung', 'liver', 'lower esophagus', 'lower leg skin', 'lower lobe of left lung', 'lower lobe of right lung', 'lung', 'lung parenchyma', 'lymph node', 'macula lutea', 'macula lutea proper', 'mammary gland', 'medial ganglionic eminence', 'medial orbital frontal cortex', 'mesenteric artery', 'mesenteric lymph node', 'midbrain', 'middle lobe of right lung', 'middle temporal gyrus', 'mucosa', 'muscle of abdomen', 'muscle of pelvic diaphragm', 'muscle organ', 'muscle tissue', 'myelencephalon', 'myometrium', 'nasal cavity', 'nasopharynx', 'neural tube', 'nose', 'nose skin', 'occipital cortex', 'occipital lobe', 'omental fat pad', 'omentum', 'orbitofrontal cortex', 'ovary', 'pancreas', 'parietal cortex', 'parietal lobe', 'parotid gland', 'perifoveal part of retina', 'peripheral region of retina', 'peripheral zone of prostate', 'perirenal fat', 'pigment epithelium of eye', 'placenta', 'pleura', 'pleural effusion', 'pons', 'posterior part of tongue', 'prefrontal cortex', 'primary auditory cortex', 'primary motor cortex', 'primary somatosensory cortex', 'primary visual cortex', 'prostate gland', 'putamen', 'pyloric antrum', 'rectum', 'rectus abdominis muscle', 'renal medulla', 'renal papilla', 'renal pelvis', 'respiratory airway', 'retina', 'retinal neural layer', 'rib', 'right cardiac atrium', 'right colon', 'right frontal lobe', 'right lung', 'right occipital lobe', 'right parietal lobe', 'right temporal lobe', 'saliva', 'scalp', 'sclera', 'sigmoid colon', 'skeletal muscle tissue', 'skin epidermis', 'skin of abdomen', 'skin of back', 'skin of body', 'skin of cheek', 'skin of chest', 'skin of external ear', 'skin of face', 'skin of forearm', 'skin of forehead', 'skin of hip', 'skin of leg', 'skin of pes', 'skin of prepuce of penis', 'skin of scalp', 'skin of shoulder', 'skin of temple', 'skin of trunk', 'small intestine', 'spinal cord', 'spleen', 'stomach', 'subcutaneous abdominal adipose tissue', 'subcutaneous adipose tissue', 'sublingual gland', 'submucosa of ascending colon', 'submucosa of ileum', 'submucosal esophageal gland', 'substantia nigra pars compacta', 'superior frontal gyrus', 'telencephalon', 'temporal cortex', 'temporal lobe', 'temporoparietal junction', 'tendon of semitendinosus', 'testis', 'thalamic complex', 'thoracic lymph node', 'thymus', 'thyroid gland', 'tongue', 'tonsil', 'trachea', 'transition zone of prostate', 'transverse colon', 'umbilical cord blood', 'upper lobe of left lung', 'upper lobe of right lung', 'upper outer quadrant of breast', 'ureter', 'uterine cervix', 'uterus', 'vasculature', 'vault of skull', 'vein', 'venous blood', 'vermiform appendix', 'visceral abdominal adipose tissue', 'white matter of cerebellum', 'yolk sac', 'zone of skin') │ varchar │ int64 │
├───────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────┼────────────────────────────┼────────┤
│ lung │ pneumocyte │ 151237 │
│ lung parenchyma │ muscle │ 2215 │
│ respiratory airway │ cd4 tcm │ 233 │
│ colonic epithelium │ endocrine │ 193 │
│ hippocampal formation │ pericyte │ 233 │
│ bone marrow │ t cd4 │ 3465 │
│ bone marrow │ cd8 tem │ 8870 │
│ pons │ neuron │ 89904 │
│ pons │ progenitor │ 965 │
│ myelencephalon │ pericyte │ 186 │
│ · │ · │ · │
│ · │ · │ · │
│ · │ · │ · │
│ endocrine pancreas │ endothelial │ 140 │
│ endocrine pancreas │ cd4 fh em │ 1 │
│ aorta │ t │ 138 │
│ parietal lobe │ dc │ 9 │
│ temporal cortex │ tgd │ 1 │
│ caudate nucleus │ endothelial │ 338 │
│ vault of skull │ immune │ 11 │
│ intestine │ reproductive │ 9 │
│ intestine │ mait │ 1 │
│ dorsolateral prefrontal cortex │ Unknown │ 2 │
├───────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────┴────────────────────────────┴────────┤
│ 6325 rows (20 shown) 3 columns │
└─────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────┘
table.filter("self_reported_ethnicity == 'African American'")
┌─────────┬────────────────────┬──────────────────────┬──────────────────────┬────────────┬───────────────┬──────────┬──────────────────────┬────────────────────┬───────────────┬──────────────────────┬───────────┬──────────────────────┬──────────────────────┬────────────────────┬───────────────┬─────────┬───────────────────┬──────────────────────┬──────────────────────┬───────────────────┬──────────────────────┬──────────────────────┬──────────────────────┬──────────────────────┬──────────────────────┬──────────────────────┬──────────────────────┬──────────────────────┬───────────────────┬───────────────────┬──────────────────────┬────────────────┬─────────────┬──────────────────────┬──────────────────────┬──────────────────────┬──────────────────────┬──────────────────────┬──────────────────────┬──────────────────────┬──────────────────────┬──────────────────────┬─────────────────┬──────────────────────┬──────────────────────┬──────────────────────┬──────────────────────┬──────────────────────┬─────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────┬────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────┬────────────────┬──────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────┬────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────┬─────────┬───────┬────────────────────┬────────────────────┬─────────────────┐
│ cell_id │ observation_joinid │ dataset_id │ sample_id │ donor_id │ feature_count │ age_days │ nFeature_expressed… │ nCount_RNA │ empty_droplet │ cell_type_unified_… │ is_immune │ subsets_Mito_percent │ subsets_Ribo_percent │ high_mitochondrion │ high_ribosome │ alive │ scDblFinder.class │ file_id_cellNexus_… │ file_id_cellNexus_… │ count_upper_bound │ nfeature_expressed… │ inversed_inferred_… │ inferred_distribut… │ cell_annotation_bl… │ cell_annotation_mo… │ cell_annotation_az… │ ethnicity_flagging… │ low_confidence_eth… │ .aggregated_cells │ imputed_ethnicity │ max_lt_10,min_lt_0… │ atlas_id │ soma_joinid │ assay │ assay_ontology_ter… │ cell_type │ cell_type_ontology… │ development_stage │ development_stage_… │ disease │ disease_ontology_t… │ donor_id │ is_primary_data │ self_reported_ethn… │ self_reported_ethn… │ sex │ sex_ontology_term_id │ suspension_type │ tissue │ tissue_ontology_term_id │ tissue_type │ tissue_general │ tissue_general_ontology_term_id │ raw_sum │ nnz │ raw_mean_nnz │ raw_variance_nnz │ n_measured_vars │
│ double │ varchar │ varchar │ varchar │ varchar │ int32 │ int32 │ int32 │ double │ boolean │ varchar │ boolean │ int32 │ int32 │ boolean │ boolean │ boolean │ varchar │ varchar │ varchar │ double │ double │ varchar │ varchar │ varchar │ varchar │ varchar │ double │ varchar │ int32 │ varchar │ varchar │ varchar │ int64 │ enum('10x 3'' tran… │ enum('efo:0008722'… │ enum('a2 amacrine … │ enum('cl:0000001',… │ enum('1-month-old … │ enum('hsapdv:00000… │ enum('alzheimer di… │ enum('mondo:000026… │ enum('#105', '#138… │ boolean │ enum('african', 'a… │ enum('hancestro:00… │ enum('female', 'ma… │ enum('pato:0000383… │ enum('cell', 'nucl… │ enum('brodmann (1909) area 4', 'adipose tissue', 'adrenal gland', 'adrenal tissue', 'alveolus of lung', 'ampulla of uterine tube', 'angular gyrus', 'anterior cingulate cortex', 'anterior cingulate gyrus', 'anterior part of tongue', 'anterior wall of left ventricle', 'aorta', 'apex of heart', 'arm skin', 'artery', 'ascending colon', 'axilla', 'basal ganglion', 'basal zone of heart', 'bladder organ', 'blood', 'body of stomach', 'bone marrow', 'bone spine', 'brain', 'brain white matter', 'breast', 'bronchopulmonary lymph node', 'bronchus', 'caecum', 'caecum epithelium', 'cardia of stomach', 'cardiac atrium', 'cardiac ventricle', 'caudal ganglionic eminence', 'caudate lobe of liver', 'caudate nucleus', 'cerebellar cortex', 'cerebellum', 'cerebellum vermis lobule', 'cerebral cortex', 'cerebral nuclei', 'cervical lymph node', 'cervical spinal cord white matter', 'chorionic villus', 'chorioretinal region', 'choroid plexus', 'ciliary body', 'cingulate cortex', 'colon', 'colonic epithelium', 'conjunctiva', 'cornea', 'corneo-scleral junction', 'coronary artery', 'cortex of kidney', 'decidua', 'decidua basalis', 'dentate nucleus', 'dermis', 'descending colon', 'dorsolateral prefrontal cortex', 'duodeno-jejunal junction', 'duodenum', 'endocrine pancreas', 'endometrium', 'entorhinal cortex', 'epithelium of esophagus', 'epithelium of small intestine', 'epithelium of trachea', 'esophagogastric junction', 'esophagus', 'esophagus muscularis mucosa', 'exocrine pancreas', 'eye', 'eye trabecular meshwork', 'fallopian tube', 'fimbria of uterine tube', 'forebrain', 'fovea centralis', 'frontal cortex', 'frontal lobe', 'gallbladder', 'ganglionic eminence', 'gastrocnemius', 'gingiva', 'gonad', 'gut wall', 'heart', 'heart left ventricle', 'heart right ventricle', 'hemisphere part of cerebellar posterior lobe', 'hepatic cecum', 'hepatic flexure of colon', 'hindgut', 'hindlimb skin', 'hippocampal formation', 'hypothalamus', 'ileal epithelium', 'ileum', 'inguinal lymph node', 'inguinal region skin', 'insular cortex', 'interventricular septum', 'intestine', 'iris', 'islet of langerhans', 'isthmus of fallopian tube', 'jejunal epithelium', 'jejunum', 'kidney', 'kidney blood vessel', 'lacrimal gland', 'lamina propria', 'lamina propria of large intestine', 'lamina propria of mucosa of colon… │ enum('uberon:0000002', 'uberon:0000004', 'uberon:0000006', 'uberon:0000014', 'uberon:0000016', 'uberon:0000017', 'uberon:0000029', 'uberon:0000030', 'uberon:0000053', 'uberon:0000056', 'uberon:0000059', 'uberon:0000160', 'uberon:0000175', 'uberon:0000178', 'uberon:0000310', 'uberon:0000328', 'uberon:0000344', 'uberon:0000362', 'uberon:0000397', 'uberon:0000400', 'uberon:0000403', 'uberon:0000451', 'uberon:0000453', 'uberon:0000473', 'uberon:0000945', 'uberon:0000947', 'uberon:0000948', 'uberon:0000955', 'uberon:0000956', 'uberon:0000964', 'uberon:0000965', 'uberon:0000966', 'uberon:0000970', 'uberon:0000977', 'uberon:0000988', 'uberon:0000991', 'uberon:0000992', 'uberon:0000995', 'uberon:0001003', 'uberon:0001005', 'uberon:0001013', 'uberon:0001040', 'uberon:0001043', 'uberon:0001046', 'uberon:0001049', 'uberon:0001052', 'uberon:0001068', 'uberon:0001085', 'uberon:0001117', 'uberon:0001134', 'uberon:0001153', 'uberon:0001154', 'uberon:0001155', 'uberon:0001156', 'uberon:0001157', 'uberon:0001158', 'uberon:0001159', 'uberon:0001161', 'uberon:0001162', 'uberon:0001165', 'uberon:0001224', 'uberon:0001225', 'uberon:0001228', 'uberon:0001238', 'uberon:0001264', 'uberon:0001295', 'uberon:0001296', 'uberon:0001384', 'uberon:0001388', 'uberon:0001416', 'uberon:0001459', 'uberon:0001471', 'uberon:0001483', 'uberon:0001511', 'uberon:0001513', 'uberon:0001542', 'uberon:0001554', 'uberon:0001621', 'uberon:0001630', 'uberon:0001637', 'uberon:0001638', 'uberon:0001707', 'uberon:0001723', 'uberon:0001728', 'uberon:0001769', 'uberon:0001773', 'uberon:0001775', 'uberon:0001786', 'uberon:0001811', 'uberon:0001817', 'uberon:0001828', 'uberon:0001831', 'uberon:0001832', 'uberon:0001836', 'uberon:0001868', 'uberon:0001870', 'uberon:0001871', 'uberon:0001872', 'uberon:0001873', 'uberon:0001874', 'uberon:0001886', 'uberon:0001890', 'uberon:0001891', 'uberon:0001893', 'uberon:0001898', 'uberon:0001901', 'uberon:0001902', 'uberon:0001911', 'uberon:0001965', 'uberon:0001976', 'uberon:0001987', 'uberon:0002021', 'uberon:0002037', 'uberon:0002046', 'uberon:0002048', 'uberon:0002049', 'uberon:0002067', 'uberon:0002078', 'uberon:0002079', 'uberon:0002080', 'uberon:0002081', 'uberon:0002082', 'uberon:0002084', 'uberon:0002094', 'uberon:0002097', 'uberon:0002098', 'uberon:0002106', 'uberon:0002107', 'uberon:0002108', 'uberon:0002110', 'uberon:0002113', 'uberon:0002114', 'uberon:0002115', 'uberon:0002116', 'uberon:0002129', 'uberon:0002132', 'uberon:0002167', 'uberon:0002168', 'uberon:0002170', 'uberon:0002171', 'uberon:0002174', 'uberon:0002185', 'uberon:0002190', 'uberon:0002228', 'uberon:0002240', 'uberon:0002299', 'uberon:0002317', 'uberon:0002367', 'uberon:0002369', 'uberon:0002370', 'uberon:0002371', 'uberon:0002372', 'uberon:0002378', 'uberon:0002382', 'uberon:0002385', 'uberon:0002420', 'uberon:0002421', 'uberon:0002427', 'uberon:0002429', 'uberon:0002436', 'uberon:0002450', 'uberon:0002509', 'uberon:0002661', 'uberon:0002686', 'uberon:0002728', 'uberon:0002756', 'uberon:0002771', 'uberon:0002802', 'uberon:0002803', 'uberon:0002807', 'uberon:0002808', 'uberon:0002809', 'uberon:0002810', 'uberon:0002811', 'uberon:0002822', 'uberon:0003027', 'uberon:0003126', 'uberon:0003403', 'uberon:0003517', 'uberon:0003532', 'uberon:0003544', 'uberon:0003688', 'uberon:0003889', 'uberon:0003902', 'uberon:0004023', 'uberon:0004024', 'uberon:0004025', 'uberon:0004026', 'uberon:0004070', 'uberon:0004167', 'uberon:0004264', 'uberon:0004339', 'uberon:0004648', 'uberon:0004929', 'uberon:0004946', 'uberon:0005290', 'uberon:0005406', 'uberon:0005616', 'uberon:0005636', 'uberon:0005969', 'uberon:0006761', 'uberon:0007106', 'uberon:0007177', 'uberon:0007625', 'uberon:0007644', 'uberon:0007650', 'uberon:0008345', 'uberon:0008612', 'uberon:0008803', 'uberon:0008933', 'uberon:0008946', 'uberon:0008952', 'uberon:0008953', 'uberon:0008954', 'uberon:0008971', 'uberon:0008972', 'uberon:0008989', 'uberon:0009472', 'uberon:0009834', 'uberon:0009835', 'uberon:0010032', 'uberon:0010033', 'uberon:0010225', 'uberon:0010414', 'uberon:0011189', 'uberon:0012168', 'uberon:0012474', 'uberon:0012648', 'uberon:0013473', 'uberon:0013535', 'uberon:0013682', 'uberon:0013706', 'uberon:0013756', 'uberon:0014454', 'uberon:0014455', 'uberon:0014614', 'uberon:0014648', 'uberon:0015476', 'uberon:0016475', 'uberon:0016525', 'uberon:0016530', 'uberon:0016538', 'uberon:0016540', 'uberon:0016632', 'uberon:0018105', 'uberon:0018303', 'uberon:0018707', 'uberon:0019207', 'uberon:0022277', 'uberon:0022352', 'uberon:0023852', 'uberon:0034751', 'uberon:0034891', 'uberon:0035213', 'uberon:0035328', 'uberon:0036288', 'uberon:0039167', 'uberon:1000021', 'uberon:8300000', 'uberon:8410000', 'uberon:8410010', 'uberon:8410021', 'uberon:8410025', 'uberon:8410026', 'uberon:8440012', 'uberon:8480009', 'uberon:8480028') │ enum('tissue') │ enum('adipose tissue', 'adrenal gland', 'axilla', 'bladder organ', 'blood', 'bone marrow', 'brain', 'breast', 'central nervous system', 'colon', 'digestive system', 'embryo', 'endocrine gland', 'esophagogastric junction', 'esophagus', 'exocrine gland', 'eye', 'fallopian tube', 'gallbladder', 'heart', 'immune system', 'intestine', 'kidney', 'lamina propria', 'large intestine', 'liver', 'lung', 'lymph node', 'mucosa', 'musculature', 'nose', 'omentum', 'ovary', 'pancreas', 'placenta', 'pleura', 'pleural fluid', 'prostate gland', 'reproductive system', 'respiratory system', 'saliva', 'scalp', 'skeletal system', 'skin of body', 'small intestine', 'spinal cord', 'spleen', 'stomach', 'tendon of semitendinosus', 'testis', 'tongue', 'ureter', 'uterus', 'vasculature', 'yolk sac') │ enum('uberon:0000004', 'uberon:0000029', 'uberon:0000030', 'uberon:0000056', 'uberon:0000059', 'uberon:0000160', 'uberon:0000178', 'uberon:0000310', 'uberon:0000344', 'uberon:0000403', 'uberon:0000473', 'uberon:0000922', 'uberon:0000945', 'uberon:0000948', 'uberon:0000955', 'uberon:0000970', 'uberon:0000977', 'uberon:0000990', 'uberon:0000992', 'uberon:0000995', 'uberon:0001004', 'uberon:0001007', 'uberon:0001013', 'uberon:0001015', 'uberon:0001017', 'uberon:0001040', 'uberon:0001043', 'uberon:0001087', 'uberon:0001155', 'uberon:0001264', 'uberon:0001434', 'uberon:0001723', 'uberon:0001836', 'uberon:0001987', 'uberon:0002048', 'uberon:0002049', 'uberon:0002097', 'uberon:0002106', 'uberon:0002107', 'uberon:0002108', 'uberon:0002110', 'uberon:0002113', 'uberon:0002240', 'uberon:0002365', 'uberon:0002367', 'uberon:0002368', 'uberon:0002369', 'uberon:0002371', 'uberon:0002405', 'uberon:0003688', 'uberon:0003889', 'uberon:0007650', 'uberon:0009472', 'uberon:0018707', 'uberon:8480009') │ double │ int64 │ double │ double │ int64 │
├─────────┼────────────────────┼──────────────────────┼──────────────────────┼────────────┼───────────────┼──────────┼──────────────────────┼────────────────────┼───────────────┼──────────────────────┼───────────┼──────────────────────┼──────────────────────┼────────────────────┼───────────────┼─────────┼───────────────────┼──────────────────────┼──────────────────────┼───────────────────┼──────────────────────┼──────────────────────┼──────────────────────┼──────────────────────┼──────────────────────┼──────────────────────┼──────────────────────┼──────────────────────┼───────────────────┼───────────────────┼──────────────────────┼────────────────┼─────────────┼──────────────────────┼──────────────────────┼──────────────────────┼──────────────────────┼──────────────────────┼──────────────────────┼──────────────────────┼──────────────────────┼──────────────────────┼─────────────────┼──────────────────────┼──────────────────────┼──────────────────────┼──────────────────────┼──────────────────────┼─────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────┼────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────┼────────────────┼──────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────┼────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────┼─────────┼───────┼────────────────────┼────────────────────┼─────────────────┤
│ 265.0 │ k_#_7f&#rB │ 3c361813-5d5e-4868… │ fb0b7aba6c102350df… │ HSB340 │ 27930 │ 6935 │ 442 │ 9922.33177 │ false │ other │ false │ 0 │ 1 │ false │ false │ true │ singlet │ 77344a30b816ff6dee… │ 2b46c2a7757dc3ae82… │ 10.0 │ 200.0 │ expm1 │ log1p │ Skeletal muscle │ Myeloid dendritic … │ Eryth │ 1.0 │ FALSE │ 28 │ African American │ 0,0,0 │ hca_2024/0.5.0 │ 47838035 │ 10x 3' v3 │ EFO:0009922 │ macrophage │ CL:0000235 │ 19-year-old human … │ HsapDv:0000113 │ normal │ PATO:0000461 │ HSB340 │ true │ African American │ HANCESTRO:0568 │ male │ PATO:0000384 │ nucleus │ dorsolateral prefrontal cortex │ UBERON:0009834 │ tissue │ brain │ UBERON:0000955 │ 515.0 │ 446 │ 1.154708520179372 │ 1.358033959792412 │ 25683 │
│ 9871.0 │ p~chV-UL{& │ 3c361813-5d5e-4868… │ fb0b7aba6c102350df… │ HSB340 │ 27930 │ 6935 │ 5089 │ 9931.554129999957 │ false │ neuron │ false │ 0 │ 0 │ false │ false │ true │ singlet │ 5ce12149f4b0c11f3e… │ 2b46c2a7757dc3ae82… │ 10.0 │ 200.0 │ expm1 │ log1p │ Neurons │ Plasmacytoid dendr… │ Eryth │ 1.0 │ FALSE │ 4055 │ African American │ 0,0,0 │ hca_2024/0.5.0 │ 47838036 │ 10x 3' v3 │ EFO:0009922 │ L2/3 intratelencep… │ CL:4030059 │ 19-year-old human … │ HsapDv:0000113 │ normal │ PATO:0000461 │ HSB340 │ true │ African American │ HANCESTRO:0568 │ male │ PATO:0000384 │ nucleus │ dorsolateral prefrontal cortex │ UBERON:0009834 │ tissue │ brain │ UBERON:0000955 │ 13993.0 │ 5128 │ 2.7287441497659906 │ 130.75515566848537 │ 25683 │
│ 9872.0 │ Lgf>oW$Ft* │ 3c361813-5d5e-4868… │ fb0b7aba6c102350df… │ HSB340 │ 27930 │ 6935 │ 3553 │ 9938.704609999992 │ false │ neuron │ false │ 0 │ 0 │ false │ false │ true │ singlet │ 5ce12149f4b0c11f3e… │ 2b46c2a7757dc3ae82… │ 10.0 │ 200.0 │ expm1 │ log1p │ Neurons │ Plasmacytoid dendr… │ Eryth │ 1.0 │ FALSE │ 4055 │ African American │ 0,0,0 │ hca_2024/0.5.0 │ 47838037 │ 10x 3' v3 │ EFO:0009922 │ L2/3 intratelencep… │ CL:4030059 │ 19-year-old human … │ HsapDv:0000113 │ normal │ PATO:0000461 │ HSB340 │ true │ African American │ HANCESTRO:0568 │ male │ PATO:0000384 │ nucleus │ dorsolateral prefrontal cortex │ UBERON:0009834 │ tissue │ brain │ UBERON:0000955 │ 8627.0 │ 3577 │ 2.411797595750629 │ 57.611974871772745 │ 25683 │
│ 3946.0 │ wn^(iM8FAn │ 3c361813-5d5e-4868… │ fb0b7aba6c102350df… │ HSB340 │ 27930 │ 6935 │ 1212 │ 9871.732160000014 │ false │ glial │ false │ 0 │ 1 │ false │ false │ true │ singlet │ 343befeef49b2a7675… │ 2b46c2a7757dc3ae82… │ 10.0 │ 200.0 │ expm1 │ log1p │ Neurons │ Plasmacytoid dendr… │ Eryth │ 1.0 │ FALSE │ 6309 │ African American │ 0,0,0 │ hca_2024/0.5.0 │ 47838038 │ 10x 3' v3 │ EFO:0009922 │ oligodendrocyte │ CL:0000128 │ 19-year-old human … │ HsapDv:0000113 │ normal │ PATO:0000461 │ HSB340 │ true │ African American │ HANCESTRO:0568 │ male │ PATO:0000384 │ nucleus │ dorsolateral prefrontal cortex │ UBERON:0009834 │ tissue │ brain │ UBERON:0000955 │ 1941.0 │ 1227 │ 1.5819070904645476 │ 13.341368953840385 │ 25683 │
│ 2408.0 │ a88;d9>oHo │ 3c361813-5d5e-4868… │ fb0b7aba6c102350df… │ HSB340 │ 27930 │ 6935 │ 2704 │ 9939.229370000005 │ false │ neuron │ false │ 0 │ 0 │ false │ false │ true │ singlet │ bf5a1a220ea147c6a2… │ 2b46c2a7757dc3ae82… │ 10.0 │ 200.0 │ expm1 │ log1p │ Neurons │ Plasmacytoid dendr… │ Eryth │ 1.0 │ FALSE │ 4055 │ African American │ 0,0,0 │ hca_2024/0.5.0 │ 47838039 │ 10x 3' v3 │ EFO:0009922 │ sst GABAergic cort… │ CL:4023017 │ 19-year-old human … │ HsapDv:0000113 │ normal │ PATO:0000461 │ HSB340 │ true │ African American │ HANCESTRO:0568 │ male │ PATO:0000384 │ nucleus │ dorsolateral prefrontal cortex │ UBERON:0009834 │ tissue │ brain │ UBERON:0000955 │ 4927.0 │ 2720 │ 1.8113970588235293 │ 28.451727359755964 │ 25683 │
│ 2409.0 │ h7Xok7<UnO │ 3c361813-5d5e-4868… │ fb0b7aba6c102350df… │ HSB340 │ 27930 │ 6935 │ 3849 │ 9915.579160000016 │ false │ neuron │ false │ 0 │ 1 │ false │ false │ true │ singlet │ bf5a1a220ea147c6a2… │ 2b46c2a7757dc3ae82… │ 10.0 │ 200.0 │ expm1 │ log1p │ Neurons │ Plasmacytoid dendr… │ Eryth │ 1.0 │ FALSE │ 4055 │ African American │ 0,0,0 │ hca_2024/0.5.0 │ 47838040 │ 10x 3' v3 │ EFO:0009922 │ sst GABAergic cort… │ CL:4023017 │ 19-year-old human … │ HsapDv:0000113 │ normal │ PATO:0000461 │ HSB340 │ true │ African American │ HANCESTRO:0568 │ male │ PATO:0000384 │ nucleus │ dorsolateral prefrontal cortex │ UBERON:0009834 │ tissue │ brain │ UBERON:0000955 │ 8973.0 │ 3878 │ 2.313821557503868 │ 37.447273449707964 │ 25683 │
│ 6555.0 │ QVt11XFi(* │ 3c361813-5d5e-4868… │ fb0b7aba6c102350df… │ HSB340 │ 27930 │ 6935 │ 1591 │ 9969.284979999993 │ false │ glial │ false │ 0 │ 0 │ false │ false │ true │ singlet │ 966bed86bb8ca8ffff… │ 2b46c2a7757dc3ae82… │ 10.0 │ 200.0 │ expm1 │ log1p │ Neurons │ Progenitor cells │ Eryth │ 1.0 │ FALSE │ 6309 │ African American │ 0,0,0 │ hca_2024/0.5.0 │ 47838041 │ 10x 3' v3 │ EFO:0009922 │ astrocyte │ CL:0000127 │ 19-year-old human … │ HsapDv:0000113 │ normal │ PATO:0000461 │ HSB340 │ true │ African American │ HANCESTRO:0568 │ male │ PATO:0000384 │ nucleus │ dorsolateral prefrontal cortex │ UBERON:0009834 │ tissue │ brain │ UBERON:0000955 │ 2926.0 │ 1595 │ 1.8344827586206895 │ 61.913615714100295 │ 25683 │
│ 6556.0 │ 5GYN#%9?S8 │ 3c361813-5d5e-4868… │ fb0b7aba6c102350df… │ HSB340 │ 27930 │ 6935 │ 1657 │ 9945.61770999997 │ false │ glial │ false │ 0 │ 0 │ false │ false │ true │ singlet │ 966bed86bb8ca8ffff… │ 2b46c2a7757dc3ae82… │ 10.0 │ 200.0 │ expm1 │ log1p │ Neurons │ Naive B cells │ Eryth │ 1.0 │ FALSE │ 6309 │ African American │ 0,0,0 │ hca_2024/0.5.0 │ 47838042 │ 10x 3' v3 │ EFO:0009922 │ astrocyte │ CL:0000127 │ 19-year-old human … │ HsapDv:0000113 │ normal │ PATO:0000461 │ HSB340 │ true │ African American │ HANCESTRO:0568 │ male │ PATO:0000384 │ nucleus │ dorsolateral prefrontal cortex │ UBERON:0009834 │ tissue │ brain │ UBERON:0000955 │ 2751.0 │ 1661 │ 1.6562311860325105 │ 15.676330124834074 │ 25683 │
│ 6557.0 │ gfC1fVA?A2 │ 3c361813-5d5e-4868… │ fb0b7aba6c102350df… │ HSB340 │ 27930 │ 6935 │ 1219 │ 9920.54647 │ false │ glial │ false │ 0 │ 1 │ false │ false │ true │ singlet │ 966bed86bb8ca8ffff… │ 2b46c2a7757dc3ae82… │ 10.0 │ 200.0 │ expm1 │ log1p │ Neurons │ Progenitor cells │ Eryth │ 1.0 │ FALSE │ 6309 │ African American │ 0,0,0 │ hca_2024/0.5.0 │ 47838043 │ 10x 3' v3 │ EFO:0009922 │ astrocyte │ CL:0000127 │ 19-year-old human … │ HsapDv:0000113 │ normal │ PATO:0000461 │ HSB340 │ true │ African American │ HANCESTRO:0568 │ male │ PATO:0000384 │ nucleus │ dorsolateral prefrontal cortex │ UBERON:0009834 │ tissue │ brain │ UBERON:0000955 │ 1760.0 │ 1231 │ 1.429731925264013 │ 7.165586838646616 │ 25683 │
│ 9873.0 │ Ut29>y@Hb0 │ 3c361813-5d5e-4868… │ fb0b7aba6c102350df… │ HSB340 │ 27930 │ 6935 │ 4756 │ 9951.065519999942 │ false │ neuron │ false │ 0 │ 0 │ false │ false │ true │ singlet │ 5ce12149f4b0c11f3e… │ 2b46c2a7757dc3ae82… │ 10.0 │ 200.0 │ expm1 │ log1p │ Neurons │ Plasmacytoid dendr… │ Eryth │ 1.0 │ FALSE │ 4055 │ African American │ 0,0,0 │ hca_2024/0.5.0 │ 47838044 │ 10x 3' v3 │ EFO:0009922 │ L2/3 intratelencep… │ CL:4030059 │ 19-year-old human … │ HsapDv:0000113 │ normal │ PATO:0000461 │ HSB340 │ true │ African American │ HANCESTRO:0568 │ male │ PATO:0000384 │ nucleus │ dorsolateral prefrontal cortex │ UBERON:0009834 │ tissue │ brain │ UBERON:0000955 │ 14064.0 │ 4777 │ 2.9441071802386434 │ 181.0925621057629 │ 25683 │
│ · │ · │ · │ · │ · │ · │ · │ · │ · │ · │ · │ · │ · │ · │ · │ · │ · │ · │ · │ · │ · │ · │ · │ · │ · │ · │ · │ · │ · │ · │ · │ · │ · │ · │ · │ · │ · │ · │ · │ · │ · │ · │ · │ · │ · │ · │ · │ · │ · │ · │ · │ · │ · │ · │ · │ · │ · │ · │ · │
│ · │ · │ · │ · │ · │ · │ · │ · │ · │ · │ · │ · │ · │ · │ · │ · │ · │ · │ · │ · │ · │ · │ · │ · │ · │ · │ · │ · │ · │ · │ · │ · │ · │ · │ · │ · │ · │ · │ · │ · │ · │ · │ · │ · │ · │ · │ · │ · │ · │ · │ · │ · │ · │ · │ · │ · │ · │ · │ · │
│ · │ · │ · │ · │ · │ · │ · │ · │ · │ · │ · │ · │ · │ · │ · │ · │ · │ · │ · │ · │ · │ · │ · │ · │ · │ · │ · │ · │ · │ · │ · │ · │ · │ · │ · │ · │ · │ · │ · │ · │ · │ · │ · │ · │ · │ · │ · │ · │ · │ · │ · │ · │ · │ · │ · │ · │ · │ · │ · │
│ 1246.0 │ !_TSaZ&35U │ d6dfdef1-406d-4efb… │ 9ea072fe5cbd55a60f… │ HTA11_7862 │ 30717 │ 18980 │ 3040 │ 3244.9185 │ false │ epithelial │ false │ 0 │ 0 │ false │ false │ true │ singlet │ 5881bee5e3920f28de… │ 2868486572a4e08177… │ 10.0 │ 200.0 │ identity │ raw_negative_scaled │ Epithelial cells │ Th1/Th17 cells │ NK Proliferating │ NULL │ NULL │ 1068 │ African American │ 0,0,0 │ hca_2024/0.5.0 │ 17105638 │ TruDrop │ EFO:0700010 │ absorptive cell │ CL:0000212 │ 52-year-old human … │ HsapDv:0000146 │ normal │ PATO:0000461 │ HTA11_7862 │ true │ African American │ HANCESTRO:0568 │ male │ PATO:0000384 │ cell │ sigmoid colon │ UBERON:0001159 │ tissue │ colon │ UBERON:0001155 │ 14367.0 │ 3220 │ 4.4618012422360245 │ 1289.0768255833473 │ 30431 │
│ 6226.0 │ *16)8Sy08E │ d6dfdef1-406d-4efb… │ 9ea072fe5cbd55a60f… │ HTA11_7862 │ 30717 │ 18980 │ 4014 │ 4655.902800000001 │ false │ epithelial │ false │ 0 │ 1 │ false │ false │ true │ singlet │ 5881bee5e3920f28de… │ 2868486572a4e08177… │ 10.0 │ 200.0 │ identity │ raw_negative_scaled │ Epithelial cells │ Th17 cells │ NK Proliferating │ NULL │ NULL │ 1068 │ African American │ 0,0,0 │ hca_2024/0.5.0 │ 17105639 │ TruDrop │ EFO:0700010 │ absorptive cell │ CL:0000212 │ 52-year-old human … │ HsapDv:0000146 │ normal │ PATO:0000461 │ HTA11_7862 │ true │ African American │ HANCESTRO:0568 │ male │ PATO:0000384 │ cell │ sigmoid colon │ UBERON:0001159 │ tissue │ colon │ UBERON:0001155 │ 14308.0 │ 4225 │ 3.386508875739645 │ 538.3446569616281 │ 30431 │
│ 9560.0 │ Ga2rn!2a(e │ d6dfdef1-406d-4efb… │ 9ea072fe5cbd55a60f… │ HTA11_7862 │ 30717 │ 18980 │ 3699 │ 3921.20777 │ false │ epithelial │ false │ 0 │ 1 │ false │ false │ true │ singlet │ 5881bee5e3920f28de… │ 2868486572a4e08177… │ 10.0 │ 200.0 │ identity │ raw_negative_scaled │ Epithelial cells │ Plasmablasts │ NK Proliferating │ NULL │ NULL │ 1068 │ African American │ 0,0,0 │ hca_2024/0.5.0 │ 17105640 │ TruDrop │ EFO:0700010 │ absorptive cell │ CL:0000212 │ 52-year-old human … │ HsapDv:0000146 │ normal │ PATO:0000461 │ HTA11_7862 │ true │ African American │ HANCESTRO:0568 │ male │ PATO:0000384 │ cell │ sigmoid colon │ UBERON:0001159 │ tissue │ colon │ UBERON:0001155 │ 14230.0 │ 3869 │ 3.677952959421039 │ 714.4277997382209 │ 30431 │
│ 7134.0 │ h(rvlMNhmI │ d6dfdef1-406d-4efb… │ 9ea072fe5cbd55a60f… │ HTA11_7862 │ 30717 │ 18980 │ 3498 │ 3700.48421 │ false │ epithelial │ false │ 0 │ 0 │ false │ false │ true │ singlet │ 5881bee5e3920f28de… │ 2868486572a4e08177… │ 10.0 │ 200.0 │ identity │ raw_negative_scaled │ Epithelial cells │ Plasmablasts │ NK Proliferating │ NULL │ NULL │ 1068 │ African American │ 0,0,0 │ hca_2024/0.5.0 │ 17105641 │ TruDrop │ EFO:0700010 │ absorptive cell │ CL:0000212 │ 52-year-old human … │ HsapDv:0000146 │ normal │ PATO:0000461 │ HTA11_7862 │ true │ African American │ HANCESTRO:0568 │ male │ PATO:0000384 │ cell │ sigmoid colon │ UBERON:0001159 │ tissue │ colon │ UBERON:0001155 │ 14150.0 │ 3670 │ 3.8555858310626703 │ 728.0805288881066 │ 30431 │
│ 1627.0 │ 8Er2e&$(Rs │ d6dfdef1-406d-4efb… │ 9ea072fe5cbd55a60f… │ HTA11_7862 │ 30717 │ 18980 │ 4397 │ 6144.640160000001 │ false │ progenitor │ false │ 0 │ 1 │ false │ false │ true │ singlet │ a0696b505bea9a4df5… │ 2868486572a4e08177… │ 10.0 │ 200.0 │ identity │ raw_negative_scaled │ Epithelial cells │ Plasmablasts │ NK Proliferating │ NULL │ NULL │ 277 │ African American │ 0,0,0 │ hca_2024/0.5.0 │ 17105642 │ TruDrop │ EFO:0700010 │ transit amplifying… │ CL:0009010 │ 52-year-old human … │ HsapDv:0000146 │ normal │ PATO:0000461 │ HTA11_7862 │ true │ African American │ HANCESTRO:0568 │ male │ PATO:0000384 │ cell │ sigmoid colon │ UBERON:0001159 │ tissue │ colon │ UBERON:0001155 │ 13956.0 │ 4604 │ 3.0312771503040836 │ 275.65359463183927 │ 30431 │
│ 795.0 │ 2S7KaT_5*G │ d6dfdef1-406d-4efb… │ 9ea072fe5cbd55a60f… │ HTA11_7862 │ 30717 │ 18980 │ 4120 │ 5089.746819999999 │ false │ progenitor │ false │ 0 │ 1 │ false │ false │ true │ singlet │ a0696b505bea9a4df5… │ 2868486572a4e08177… │ 10.0 │ 200.0 │ identity │ raw_negative_scaled │ Epithelial cells │ T regulatory cells │ NK Proliferating │ NULL │ NULL │ 277 │ African American │ 0,0,0 │ hca_2024/0.5.0 │ 17105643 │ TruDrop │ EFO:0700010 │ transit amplifying… │ CL:0009010 │ 52-year-old human … │ HsapDv:0000146 │ normal │ PATO:0000461 │ HTA11_7862 │ true │ African American │ HANCESTRO:0568 │ male │ PATO:0000384 │ cell │ sigmoid colon │ UBERON:0001159 │ tissue │ colon │ UBERON:0001155 │ 13687.0 │ 4328 │ 3.1624306839186693 │ 318.82292840980017 │ 30431 │
│ 10719.0 │ y_!C#>%F&a │ d6dfdef1-406d-4efb… │ 9ea072fe5cbd55a60f… │ HTA11_7862 │ 30717 │ 18980 │ 3250 │ 3592.4181200000003 │ false │ epithelial │ false │ 0 │ 1 │ false │ false │ true │ singlet │ 5881bee5e3920f28de… │ 2868486572a4e08177… │ 10.0 │ 200.0 │ identity │ raw_negative_scaled │ Epithelial cells │ Myeloid dendritic … │ NK Proliferating │ NULL │ NULL │ 1068 │ African American │ 0,0,0 │ hca_2024/0.5.0 │ 17105644 │ TruDrop │ EFO:0700010 │ absorptive cell │ CL:0000212 │ 52-year-old human … │ HsapDv:0000146 │ normal │ PATO:0000461 │ HTA11_7862 │ true │ African American │ HANCESTRO:0568 │ male │ PATO:0000384 │ cell │ sigmoid colon │ UBERON:0001159 │ tissue │ colon │ UBERON:0001155 │ 13602.0 │ 3467 │ 3.9232766080184596 │ 972.6744349618388 │ 30431 │
│ 7931.0 │ ktSwk(zTkS │ d6dfdef1-406d-4efb… │ 9ea072fe5cbd55a60f… │ HTA11_7862 │ 30717 │ 18980 │ 3483 │ 3514.8179800000003 │ false │ epithelial │ false │ 0 │ 1 │ false │ false │ true │ singlet │ 5881bee5e3920f28de… │ 2868486572a4e08177… │ 10.0 │ 200.0 │ identity │ raw_negative_scaled │ Epithelial cells │ T regulatory cells │ NK Proliferating │ NULL │ NULL │ 1068 │ African American │ 0,0,0 │ hca_2024/0.5.0 │ 17105645 │ TruDrop │ EFO:0700010 │ absorptive cell │ CL:0000212 │ 52-year-old human … │ HsapDv:0000146 │ normal │ PATO:0000461 │ HTA11_7862 │ true │ African American │ HANCESTRO:0568 │ male │ PATO:0000384 │ cell │ sigmoid colon │ UBERON:0001159 │ tissue │ colon │ UBERON:0001155 │ 13558.0 │ 3626 │ 3.739106453392168 │ 707.5732950910093 │ 30431 │
│ 4083.0 │ bE1j+Jz8Ns │ d6dfdef1-406d-4efb… │ 9ea072fe5cbd55a60f… │ HTA11_7862 │ 30717 │ 18980 │ 3243 │ 4356.59641 │ false │ progenitor │ false │ 0 │ 1 │ false │ false │ true │ singlet │ a0696b505bea9a4df5… │ 2868486572a4e08177… │ 10.0 │ 200.0 │ identity │ raw_negative_scaled │ Epithelial cells │ Plasmacytoid dendr… │ NK Proliferating │ NULL │ NULL │ 277 │ African American │ 0,0,0 │ hca_2024/0.5.0 │ 17105646 │ TruDrop │ EFO:0700010 │ transit amplifying… │ CL:0009010 │ 52-year-old human … │ HsapDv:0000146 │ normal │ PATO:0000461 │ HTA11_7862 │ true │ African American │ HANCESTRO:0568 │ male │ PATO:0000384 │ cell │ sigmoid colon │ UBERON:0001159 │ tissue │ colon │ UBERON:0001155 │ 13496.0 │ 3441 │ 3.922115664051148 │ 769.1381183133622 │ 30431 │
│ 10255.0 │ BUux&YuP91 │ d6dfdef1-406d-4efb… │ 9ea072fe5cbd55a60f… │ HTA11_7862 │ 30717 │ 18980 │ 3363 │ 3460.18517 │ false │ epithelial │ false │ 0 │ 0 │ false │ false │ true │ singlet │ 5881bee5e3920f28de… │ 2868486572a4e08177… │ 10.0 │ 200.0 │ identity │ raw_negative_scaled │ Epithelial cells │ MAIT cells │ NK Proliferating │ NULL │ NULL │ 1068 │ African American │ 0,0,0 │ hca_2024/0.5.0 │ 17105647 │ TruDrop │ EFO:0700010 │ absorptive cell │ CL:0000212 │ 52-year-old human … │ HsapDv:0000146 │ normal │ PATO:0000461 │ HTA11_7862 │ true │ African American │ HANCESTRO:0568 │ male │ PATO:0000384 │ cell │ sigmoid colon │ UBERON:0001159 │ tissue │ colon │ UBERON:0001155 │ 13383.0 │ 3515 │ 3.8073968705547654 │ 938.7127511899163 │ 30431 │
├─────────┴────────────────────┴──────────────────────┴──────────────────────┴────────────┴───────────────┴──────────┴──────────────────────┴────────────────────┴───────────────┴──────────────────────┴───────────┴──────────────────────┴──────────────────────┴────────────────────┴───────────────┴─────────┴───────────────────┴──────────────────────┴──────────────────────┴───────────────────┴──────────────────────┴──────────────────────┴──────────────────────┴──────────────────────┴──────────────────────┴──────────────────────┴──────────────────────┴──────────────────────┴───────────────────┴───────────────────┴──────────────────────┴────────────────┴─────────────┴──────────────────────┴──────────────────────┴──────────────────────┴──────────────────────┴──────────────────────┴──────────────────────┴──────────────────────┴──────────────────────┴──────────────────────┴─────────────────┴──────────────────────┴──────────────────────┴──────────────────────┴──────────────────────┴──────────────────────┴─────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────┴────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────┴────────────────┴──────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────┴────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────┴─────────┴───────┴────────────────────┴────────────────────┴─────────────────┤
│ ? rows (>9999 rows, 20 shown) 59 columns │
└──────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────┘
Query raw counts
Once you have filtered your query accordingly, you can pass it into get_anndata() to obtain an AnnData object:
adata = table.filter("""
self_reported_ethnicity == 'African American' AND
assay == '10x 3'' v3' AND
tissue == 'breast' AND
cell_type == 'T cell'
""").get_anndata(assays = "counts")
adata
AnnData object with n_obs × n_vars = 2794 × 33145
obs: 'cell_id', 'observation_joinid', 'dataset_id', 'sample_id', 'donor_id', 'feature_count', 'age_days', 'nFeature_expressed_in_sample', 'nCount_RNA', 'empty_droplet', 'cell_type_unified_ensemble', 'is_immune', 'subsets_Mito_percent', 'subsets_Ribo_percent', 'high_mitochondrion', 'high_ribosome', 'alive', 'scDblFinder.class', 'file_id_cellNexus_single_cell', 'file_id_cellNexus_pseudobulk', 'count_upper_bound', 'nfeature_expressed_threshold', 'inversed_inferred_distribution', 'inferred_distribution', 'cell_annotation_blueprint_singler', 'cell_annotation_monaco_singler', 'cell_annotation_azimuth_l2', 'ethnicity_flagging_score', 'low_confidence_ethnicity', '.aggregated_cells', 'imputed_ethnicity', 'max_lt_10,min_lt_0,rounding_error', 'atlas_id', 'soma_joinid', 'assay', 'assay_ontology_term_id', 'cell_type', 'cell_type_ontology_term_id', 'development_stage', 'development_stage_ontology_term_id', 'disease', 'disease_ontology_term_id', 'donor_id_1', 'is_primary_data', 'self_reported_ethnicity', 'self_reported_ethnicity_ontology_term_id', 'sex', 'sex_ontology_term_id', 'suspension_type', 'tissue', 'tissue_ontology_term_id', 'tissue_type', 'tissue_general', 'tissue_general_ontology_term_id', 'raw_sum', 'nnz', 'raw_mean_nnz', 'raw_variance_nnz', 'n_measured_vars'
layers: 'counts'
Query counts scaled per million
You can query counts scaled per million. This is helpful if just few genes are of interest:
adata = table.filter("""
self_reported_ethnicity == 'African American' AND
assay == '10x 3'' v3' AND
tissue == 'breast' AND
cell_type == 'T cell'
""").get_anndata(assays = 'cpm')
adata
AnnData object with n_obs × n_vars = 2794 × 33145
obs: 'cell_id', 'observation_joinid', 'dataset_id', 'sample_id', 'donor_id', 'feature_count', 'age_days', 'nFeature_expressed_in_sample', 'nCount_RNA', 'empty_droplet', 'cell_type_unified_ensemble', 'is_immune', 'subsets_Mito_percent', 'subsets_Ribo_percent', 'high_mitochondrion', 'high_ribosome', 'alive', 'scDblFinder.class', 'file_id_cellNexus_single_cell', 'file_id_cellNexus_pseudobulk', 'count_upper_bound', 'nfeature_expressed_threshold', 'inversed_inferred_distribution', 'inferred_distribution', 'cell_annotation_blueprint_singler', 'cell_annotation_monaco_singler', 'cell_annotation_azimuth_l2', 'ethnicity_flagging_score', 'low_confidence_ethnicity', '.aggregated_cells', 'imputed_ethnicity', 'max_lt_10,min_lt_0,rounding_error', 'atlas_id', 'soma_joinid', 'assay', 'assay_ontology_term_id', 'cell_type', 'cell_type_ontology_term_id', 'development_stage', 'development_stage_ontology_term_id', 'disease', 'disease_ontology_term_id', 'donor_id_1', 'is_primary_data', 'self_reported_ethnicity', 'self_reported_ethnicity_ontology_term_id', 'sex', 'sex_ontology_term_id', 'suspension_type', 'tissue', 'tissue_ontology_term_id', 'tissue_type', 'tissue_general', 'tissue_general_ontology_term_id', 'raw_sum', 'nnz', 'raw_mean_nnz', 'raw_variance_nnz', 'n_measured_vars'
layers: 'cpm'
Query SCT normalized counts
You can query counts normalized using SCT (Single-Cell Transform):
adata = table.filter("""
self_reported_ethnicity == 'African American' AND
assay == '10x 3'' v3' AND
tissue == 'breast' AND
cell_type == 'T cell'
""").get_anndata(assays = 'sct')
adata
/home/juan/anaconda3/envs/cellnexuspy/lib/python3.10/site-packages/anndata/_core/anndata.py:740: UserWarning:
AnnData expects .obs.index to contain strings, but got values like:
[0, 1, 2, 3, 4]
Inferred to be: integer
value_idx = self._prep_dim_index(value.index, attr)
/home/juan/anaconda3/envs/cellnexuspy/lib/python3.10/site-packages/anndata/_core/merge.py:1349: FutureWarning: The behavior of DataFrame concatenation with empty or all-NA entries is deprecated. In a future version, this will no longer exclude empty or all-NA columns when determining the result dtypes. To retain the old behavior, exclude the relevant entries before the concat operation.
concat_annot = pd.concat(
/home/juan/anaconda3/envs/cellnexuspy/lib/python3.10/site-packages/anndata/_core/merge.py:1349: FutureWarning: The behavior of DataFrame concatenation with empty or all-NA entries is deprecated. In a future version, this will no longer exclude empty or all-NA columns when determining the result dtypes. To retain the old behavior, exclude the relevant entries before the concat operation.
concat_annot = pd.concat(
/home/juan/anaconda3/envs/cellnexuspy/lib/python3.10/site-packages/anndata/_core/merge.py:1349: FutureWarning: The behavior of DataFrame concatenation with empty or all-NA entries is deprecated. In a future version, this will no longer exclude empty or all-NA columns when determining the result dtypes. To retain the old behavior, exclude the relevant entries before the concat operation.
concat_annot = pd.concat(
/home/juan/anaconda3/envs/cellnexuspy/lib/python3.10/site-packages/anndata/_core/merge.py:1349: FutureWarning: The behavior of DataFrame concatenation with empty or all-NA entries is deprecated. In a future version, this will no longer exclude empty or all-NA columns when determining the result dtypes. To retain the old behavior, exclude the relevant entries before the concat operation.
concat_annot = pd.concat(
/home/juan/anaconda3/envs/cellnexuspy/lib/python3.10/site-packages/anndata/_core/merge.py:1349: FutureWarning: The behavior of DataFrame concatenation with empty or all-NA entries is deprecated. In a future version, this will no longer exclude empty or all-NA columns when determining the result dtypes. To retain the old behavior, exclude the relevant entries before the concat operation.
concat_annot = pd.concat(
/home/juan/anaconda3/envs/cellnexuspy/lib/python3.10/site-packages/anndata/_core/merge.py:1349: FutureWarning: The behavior of DataFrame concatenation with empty or all-NA entries is deprecated. In a future version, this will no longer exclude empty or all-NA columns when determining the result dtypes. To retain the old behavior, exclude the relevant entries before the concat operation.
concat_annot = pd.concat(
/home/juan/anaconda3/envs/cellnexuspy/lib/python3.10/site-packages/anndata/_core/merge.py:1349: FutureWarning: The behavior of DataFrame concatenation with empty or all-NA entries is deprecated. In a future version, this will no longer exclude empty or all-NA columns when determining the result dtypes. To retain the old behavior, exclude the relevant entries before the concat operation.
concat_annot = pd.concat(
/home/juan/anaconda3/envs/cellnexuspy/lib/python3.10/site-packages/anndata/_core/merge.py:1349: FutureWarning: The behavior of DataFrame concatenation with empty or all-NA entries is deprecated. In a future version, this will no longer exclude empty or all-NA columns when determining the result dtypes. To retain the old behavior, exclude the relevant entries before the concat operation.
concat_annot = pd.concat(
/home/juan/anaconda3/envs/cellnexuspy/lib/python3.10/site-packages/anndata/_core/merge.py:1349: FutureWarning: The behavior of DataFrame concatenation with empty or all-NA entries is deprecated. In a future version, this will no longer exclude empty or all-NA columns when determining the result dtypes. To retain the old behavior, exclude the relevant entries before the concat operation.
concat_annot = pd.concat(
/home/juan/anaconda3/envs/cellnexuspy/lib/python3.10/site-packages/anndata/_core/merge.py:1349: FutureWarning: The behavior of DataFrame concatenation with empty or all-NA entries is deprecated. In a future version, this will no longer exclude empty or all-NA columns when determining the result dtypes. To retain the old behavior, exclude the relevant entries before the concat operation.
concat_annot = pd.concat(
/home/juan/anaconda3/envs/cellnexuspy/lib/python3.10/site-packages/anndata/_core/merge.py:1349: FutureWarning: The behavior of DataFrame concatenation with empty or all-NA entries is deprecated. In a future version, this will no longer exclude empty or all-NA columns when determining the result dtypes. To retain the old behavior, exclude the relevant entries before the concat operation.
concat_annot = pd.concat(
/home/juan/anaconda3/envs/cellnexuspy/lib/python3.10/site-packages/anndata/_core/merge.py:1349: FutureWarning: The behavior of DataFrame concatenation with empty or all-NA entries is deprecated. In a future version, this will no longer exclude empty or all-NA columns when determining the result dtypes. To retain the old behavior, exclude the relevant entries before the concat operation.
concat_annot = pd.concat(
/home/juan/anaconda3/envs/cellnexuspy/lib/python3.10/site-packages/anndata/_core/merge.py:1349: FutureWarning: The behavior of DataFrame concatenation with empty or all-NA entries is deprecated. In a future version, this will no longer exclude empty or all-NA columns when determining the result dtypes. To retain the old behavior, exclude the relevant entries before the concat operation.
concat_annot = pd.concat(
/home/juan/anaconda3/envs/cellnexuspy/lib/python3.10/site-packages/anndata/_core/merge.py:1349: FutureWarning: The behavior of DataFrame concatenation with empty or all-NA entries is deprecated. In a future version, this will no longer exclude empty or all-NA columns when determining the result dtypes. To retain the old behavior, exclude the relevant entries before the concat operation.
concat_annot = pd.concat(
/home/juan/anaconda3/envs/cellnexuspy/lib/python3.10/site-packages/anndata/_core/merge.py:1349: FutureWarning: The behavior of DataFrame concatenation with empty or all-NA entries is deprecated. In a future version, this will no longer exclude empty or all-NA columns when determining the result dtypes. To retain the old behavior, exclude the relevant entries before the concat operation.
concat_annot = pd.concat(
/home/juan/anaconda3/envs/cellnexuspy/lib/python3.10/site-packages/anndata/_core/merge.py:1349: FutureWarning: The behavior of DataFrame concatenation with empty or all-NA entries is deprecated. In a future version, this will no longer exclude empty or all-NA columns when determining the result dtypes. To retain the old behavior, exclude the relevant entries before the concat operation.
concat_annot = pd.concat(
/home/juan/anaconda3/envs/cellnexuspy/lib/python3.10/site-packages/anndata/_core/merge.py:1349: FutureWarning: The behavior of DataFrame concatenation with empty or all-NA entries is deprecated. In a future version, this will no longer exclude empty or all-NA columns when determining the result dtypes. To retain the old behavior, exclude the relevant entries before the concat operation.
concat_annot = pd.concat(
AnnData object with n_obs × n_vars = 1193 × 33145
obs: 'cell_id', 'observation_joinid', 'dataset_id', 'sample_id', 'donor_id', 'feature_count', 'age_days', 'nFeature_expressed_in_sample', 'nCount_RNA', 'empty_droplet', 'cell_type_unified_ensemble', 'is_immune', 'subsets_Mito_percent', 'subsets_Ribo_percent', 'high_mitochondrion', 'high_ribosome', 'alive', 'scDblFinder.class', 'file_id_cellNexus_single_cell', 'file_id_cellNexus_pseudobulk', 'count_upper_bound', 'nfeature_expressed_threshold', 'inversed_inferred_distribution', 'inferred_distribution', 'cell_annotation_blueprint_singler', 'cell_annotation_monaco_singler', 'cell_annotation_azimuth_l2', 'ethnicity_flagging_score', 'low_confidence_ethnicity', '.aggregated_cells', 'imputed_ethnicity', 'max_lt_10,min_lt_0,rounding_error', 'atlas_id', 'soma_joinid', 'assay', 'assay_ontology_term_id', 'cell_type', 'cell_type_ontology_term_id', 'development_stage', 'development_stage_ontology_term_id', 'disease', 'disease_ontology_term_id', 'donor_id_1', 'is_primary_data', 'self_reported_ethnicity', 'self_reported_ethnicity_ontology_term_id', 'sex', 'sex_ontology_term_id', 'suspension_type', 'tissue', 'tissue_ontology_term_id', 'tissue_type', 'tissue_general', 'tissue_general_ontology_term_id', 'raw_sum', 'nnz', 'raw_mean_nnz', 'raw_variance_nnz', 'n_measured_vars'
layers: 'sct'
Query pseudobulk
cellNexusPy metadata allows to work with pseudobulk data:
adata = table.filter("""
assay == '10x 5'' v1' AND
tissue == 'lung' AND
cell_type == 'classical monocyte'
""").get_pseudobulk()
adata
/home/juan/Documents/projects/cellNexusPy/cellnexuspy/__init__.py:431: UserWarning: cellNexusPy says: Not all genes completely overlap across the provided objects. Counts are generated by genes intersection.
warnings.warn(
AnnData object with n_obs × n_vars = 146 × 15888
obs: 'sample_id', 'cell_type_unified_ensemble', 'dataset_id', 'donor_id', 'feature_count', 'age_days', 'empty_droplet', 'is_immune', 'high_mitochondrion', 'alive', 'scDblFinder.class', 'file_id_cellNexus_single_cell', 'file_id_cellNexus_pseudobulk', 'count_upper_bound', 'nfeature_expressed_threshold', 'inversed_inferred_distribution', 'inferred_distribution', 'cell_annotation_azimuth_l2', 'ethnicity_flagging_score', 'low_confidence_ethnicity', '.aggregated_cells', 'imputed_ethnicity', 'max_lt_10,min_lt_0,rounding_error', 'atlas_id', 'assay', 'assay_ontology_term_id', 'cell_type', 'cell_type_ontology_term_id', 'development_stage', 'development_stage_ontology_term_id', 'disease', 'disease_ontology_term_id', 'donor_id_1', 'is_primary_data', 'self_reported_ethnicity', 'self_reported_ethnicity_ontology_term_id', 'sex', 'sex_ontology_term_id', 'suspension_type', 'tissue', 'tissue_ontology_term_id', 'tissue_type', 'tissue_general', 'tissue_general_ontology_term_id', 'n_measured_vars'
layers: 'counts'
Download cell communication metadata
Cell communication metadata was generated based on post-QC cells per sample using CellChat v2 method. It uses our harmonised cell type annotation (cell_type_unified_ensemble) to infer the communication. It captures inferred communication at both the ligand–receptor pair level and the signalling pathway level.
- interaction_count: The number of inferred interactions between each pair of cell groups.
- interaction_weight: The aggregated communication strength between each pair of cell groups.
For definitions of additional annotations, please refer to the CellChat v2 documentation: https://github.com/jinworks/CellChat.
For demonstration purpose, read cell communication metadata from a demo file here. Users do not need to specify parquet_url argument in this case.
get_cell_communication_strength(cloud_metadata = "cellNexus_lr_signaling_pathway_strength_DEMO.parquet")
(<duckdb.duckdb.DuckDBPyConnection at 0x79e7d6a99870>,
┌───────────┬─────────┬─────────┬───────────┬────────────────────────┬─────────┬─────────────────────┬─────────────────────────┬──────────────┬────────────────────┬────────────────┬───────────────────────┬────────────────────┬──────────────────────────────────┬───────────────────┬─────────────────────┐
│ source │ target │ ligand │ receptor │ lr_prob │ lr_pval │ interaction_name │ interaction_name_2 │ pathway_name │ annotation │ evidence │ pathway_prob │ pathway_pval │ sample_id │ interaction_count │ interaction_weight │
│ varchar │ varchar │ varchar │ varchar │ double │ double │ varchar │ varchar │ varchar │ varchar │ varchar │ double │ double │ varchar │ double │ double │
├───────────┼─────────┼─────────┼───────────┼────────────────────────┼─────────┼─────────────────────┼─────────────────────────┼──────────────┼────────────────────┼────────────────┼───────────────────────┼────────────────────┼──────────────────────────────────┼───────────────────┼─────────────────────┤
│ b │ b │ TGFB1 │ TGFbR1_R2 │ 0.00011572297912110056 │ 1.0 │ TGFB1_TGFBR1_TGFBR2 │ TGFB1 - (TGFBR1+TGFBR2) │ TGFb │ Secreted Signaling │ KEGG: hsa04350 │ 0.0004201449591179544 │ 1.0 │ b290d7ef52f83156391e1827e60e5466 │ 24.0 │ 0.6718443772855172 │
│ b memory │ b │ TGFB1 │ TGFbR1_R2 │ 0.0008647641397195719 │ 1.0 │ TGFB1_TGFBR1_TGFBR2 │ TGFB1 - (TGFBR1+TGFBR2) │ TGFb │ Secreted Signaling │ KEGG: hsa04350 │ 0.001845932371036158 │ 1.0 │ b290d7ef52f83156391e1827e60e5466 │ 27.0 │ 0.6520273348503719 │
│ b naive │ b │ TGFB1 │ TGFbR1_R2 │ 0.0006964938883689721 │ 0.99 │ TGFB1_TGFBR1_TGFBR2 │ TGFB1 - (TGFBR1+TGFBR2) │ TGFb │ Secreted Signaling │ KEGG: hsa04350 │ 0.0014559020673046948 │ 0.9944444444444445 │ b290d7ef52f83156391e1827e60e5466 │ 19.0 │ 0.7177834557225372 │
│ cd14 mono │ b │ TGFB1 │ TGFbR1_R2 │ 0.0024049907871326443 │ 0.81 │ TGFB1_TGFBR1_TGFBR2 │ TGFB1 - (TGFBR1+TGFBR2) │ TGFb │ Secreted Signaling │ KEGG: hsa04350 │ 0.004716764702589936 │ 0.9244444444444444 │ b290d7ef52f83156391e1827e60e5466 │ 46.0 │ 0.5737335068227721 │
│ cd4 naive │ b │ TGFB1 │ TGFbR1_R2 │ 0.0009571851813537339 │ 1.0 │ TGFB1_TGFBR1_TGFBR2 │ TGFB1 - (TGFBR1+TGFBR2) │ TGFb │ Secreted Signaling │ KEGG: hsa04350 │ 0.0020071802827783644 │ 0.9977777777777778 │ b290d7ef52f83156391e1827e60e5466 │ 21.0 │ 0.33115603633814017 │
│ cd4 tem │ b │ TGFB1 │ TGFbR1_R2 │ 0.0024169229493851787 │ 0.76 │ TGFB1_TGFBR1_TGFBR2 │ TGFB1 - (TGFBR1+TGFBR2) │ TGFb │ Secreted Signaling │ KEGG: hsa04350 │ 0.0046745766723373895 │ 0.7966666666666666 │ b290d7ef52f83156391e1827e60e5466 │ 23.0 │ 0.3335206917229981 │
└───────────┴─────────┴─────────┴───────────┴────────────────────────┴─────────┴─────────────────────┴─────────────────────────┴──────────────┴────────────────────┴────────────────┴───────────────────────┴────────────────────┴──────────────────────────────────┴───────────────────┴─────────────────────┘)
Extract only a subset of genes
We can query a subset of genes. Notice how the result only has nvars = 1:
adata = table.filter("""
self_reported_ethnicity == 'African American' AND
assay == '10x 3'' v3' AND
tissue == 'breast' AND
cell_type == 'T cell'
""").get_anndata(assays = "cpm", features = ['ENSG00000134644'])
adata
AnnData object with n_obs × n_vars = 2794 × 1
obs: 'cell_id', 'observation_joinid', 'dataset_id', 'sample_id', 'donor_id', 'feature_count', 'age_days', 'nFeature_expressed_in_sample', 'nCount_RNA', 'empty_droplet', 'cell_type_unified_ensemble', 'is_immune', 'subsets_Mito_percent', 'subsets_Ribo_percent', 'high_mitochondrion', 'high_ribosome', 'alive', 'scDblFinder.class', 'file_id_cellNexus_single_cell', 'file_id_cellNexus_pseudobulk', 'count_upper_bound', 'nfeature_expressed_threshold', 'inversed_inferred_distribution', 'inferred_distribution', 'cell_annotation_blueprint_singler', 'cell_annotation_monaco_singler', 'cell_annotation_azimuth_l2', 'ethnicity_flagging_score', 'low_confidence_ethnicity', '.aggregated_cells', 'imputed_ethnicity', 'max_lt_10,min_lt_0,rounding_error', 'atlas_id', 'soma_joinid', 'assay', 'assay_ontology_term_id', 'cell_type', 'cell_type_ontology_term_id', 'development_stage', 'development_stage_ontology_term_id', 'disease', 'disease_ontology_term_id', 'donor_id_1', 'is_primary_data', 'self_reported_ethnicity', 'self_reported_ethnicity_ontology_term_id', 'sex', 'sex_ontology_term_id', 'suspension_type', 'tissue', 'tissue_ontology_term_id', 'tissue_type', 'tissue_general', 'tissue_general_ontology_term_id', 'raw_sum', 'nnz', 'raw_mean_nnz', 'raw_variance_nnz', 'n_measured_vars'
layers: 'cpm'
Visualizing gene expression
Taking advantage of the AnnData object, we can use scanpy library to visualize gene expression gfor a groups of interest:
adata = table.filter("""
cell_type_unified_ensemble = 'cd14 mono'
""").get_anndata(assays = 'cpm')
from matplotlib.pyplot import rc_context
import scanpy as sc
with rc_context({"figure.figsize": (15, 5)}):
sc.pl.violin(adata, ["ENSG00000085265"], groupby="disease",rotation=90)
Furthermore, it is possible to use matplotlib to generate customized plots:
import matplotlib.pyplot as plt
gene = "ENSG00000085265"
group = "tissue"
# Compute mean expression per condition
mean_expr = adata.to_df()[gene].groupby(adata.obs[group]).mean()
# Plot
colors = plt.cm.tab20.colors[:len(mean_expr)]
plt.figure(figsize=(15,5))
plt.bar(mean_expr.index, mean_expr.values,color=colors)
plt.ylabel(f"Mean expression of {gene}")
plt.xticks(rotation=90)
plt.title(f"{gene} expression per {group}")
plt.show()
/tmp/ipykernel_28358/4092819108.py:7: FutureWarning: The default of observed=False is deprecated and will be changed to True in a future version of pandas. Pass observed=False to retain current behavior or observed=True to adopt the future default and silence this warning.
mean_expr = adata.to_df()[gene].groupby(adata.obs[group]).mean()
Saving as H5AD
It is possible to save AnnData objects using the function write_h5ad:
adata.obs.index.name = None
adata.obs["run_from_cell_id"] = adata.obs["run_from_cell_id"].fillna("NA").astype(str)
# convert all remaining object columns to str
for col in adata.obs.select_dtypes(include="object").columns:
adata.obs[col] = adata.obs[col].fillna("NA").astype(str)
adata.write_h5ad("myH5ADfile.h5ad")
Finishing Up
When you are finished, you should close the connection:
conn.close()
Cell metadata
Dataset-specific columns (definitions available at cellxgene.cziscience.com)
cell_count, collection_id, filetype, is_primary_data, mean_genes_per_cell, published_at, revised_at, schema_version, tombstone, x_normalization, explorer_url, dataset_id, dataset_version_id
Sample-specific columns (definitions available at cellxgene.cziscience.com)
sample_id, sample_, age_days, assay, assay_ontology_term_id, development_stage, development_stage_ontology_term_id, self_reported_ethnicity, self_reported_ethnicity_ontology_term_id, experiment___, organism, organism_ontology_term_id, sample_placeholder, sex, sex_ontology_term_id, tissue, tissue_type, tissue_ontology_term_id, tissue_groups, disease, disease_ontology_term_id, is_primary_data, donor_id, is_immune
Cell-specific columns (definitions available at cellxgene.cziscience.com)
cell_id, cell_type, cell_type_ontology_term_id, cell_annotation_azimuth_l2, cell_annotation_blueprint_singler, observation_joinid, empty_droplet, alive, scDblFinder.class
Through harmonisation and curation we introduced custom column, not present in the original CELLxGENE metadata
age_days: donors' age in dayscell_type_unified_ensemble: the consensus call identity (for immune cells) using the original and three novel annotations using Seurat Azimuth and SingleRcell_annotation_azimuth_l2: Azimuth cell annotationcell_annotation_blueprint_singler: SingleR cell annotation using Blueprint referencecell_annotation_blueprint_monaco: SingleR cell annotation using Monaco referencesample_heuristic: sample subdivision for internal usefile_id_cellNexus_single_cell: file subdivision for internal usefile_id_cellNexus_pseudobulk: file subdivision for internal usesample_id: sample IDnCount_RNA: total number of RNA detected in a cell per samplenFeature_expressed_in_sample: total number of genes expressed in a cell per sample
RNA abundance
The counts assay includes RNA abundance in the positive real scale (not transformed with non-linear functions, e.g. log sqrt). Originally CELLxGENE include a mix of scales and transformations specified in the x_normalization column.
The cpm assay includes counts per million.
Other representations
The rank assay is the representation of each cell’s gene expression profile where genes are ranked by expression intensity.
The pseudobulk assay includes aggregated RNA abundance for sample and cell type combination.
The metacell (e.g metacell_2, metacell_4, etc) assays represent hierarchical partitions of cells into metacell groups.
1 maintainer
Metadata
1 maintainer
Release files for cellnexuspy 0.6.0
For a detailed explanation of source distributions (sdists) and built distributions (wheels), please see the package formats documentation.
Source distribution (sdist)
| File | Size | Uploaded | |
|---|---|---|---|
| cellnexuspy-0.6.0.tar.gz | 47.4 kB | Details |
Built distribution (wheel)
| File | Interpreter | ABI | Platform | Reset |
|---|---|---|---|---|
| cellnexuspy-0.6.0-py3-none-any.whl | Python 3 | none | any | Details |
Total release size: 78.9 kB
Release files / cellnexuspy-0.6.0.tar.gz
| Download URL | cellnexuspy-0.6.0.tar.gz |
|---|---|
| Size | 47.4 kB |
| Tags | Source |
|
SHA-256 checksum How to use checksums |
27c5469250ae783b7c40034474de701301c5625c6d046bdcf7a756050e8d2a2c
|
|
BLAKE2b-256 checksum How to use checksums |
fc127be6975cf3f5b5b57cd071a41080b4e59fd4dc0229aa12de8b2dfb804c0a
|
| Upload date | |
|
Uploaded using Trusted Publishing? What is trusted publishing? |
No |
| Uploaded via |
poetry/2.1.2 CPython/3.10.13 Linux/7.0.0-28-generic
|
Release files / cellnexuspy-0.6.0-py3-none-any.whl
| Download URL | cellnexuspy-0.6.0-py3-none-any.whl |
|---|---|
| Size | 31.5 kB |
| Tags | Python 3 |
|
SHA-256 checksum How to use checksums |
bb3d03beea0b598dad484a9bff95abf63eda6dfa63d513dfd5aba0abe1c4bf60
|
|
BLAKE2b-256 checksum How to use checksums |
9cadb4e502201e5c3e3f16f7d849e87ad1225e94bc59801b28c8bceff353d635
|
| Upload date | |
|
Uploaded using Trusted Publishing? What is trusted publishing? |
No |
| Uploaded via |
poetry/2.1.2 CPython/3.10.13 Linux/7.0.0-28-generic
|
