dynamicMSA 0.1.0

Dynamic Programming-based Multiple Sequence Alignment (MSA) library

dynamicMSA

Dinamik Programlama (Needleman-Wunsch + UPGMA) tabanlı Çoklu Dizi Hizalaması kütüphanesi.

Kurulum

pip install dynamicMSA

Hızlı Kullanım

from dynamicMSA import align

sequences = ["ACGTACGT", "ACGTTCGT", "ACGT-CGT"]
names     = ["Dizi1", "Dizi2", "Dizi3"]

result = align(sequences, names=names, visualize=True)

print(result["aligned"])   # hizalanmış diziler
print(result["score"])     # toplam hizalama skoru

Özellikler

• Needleman-Wunsch ile global ikili hizalama
• UPGMA ile kılavuz ağaç oluşturma
• Progressive Alignment ile çoklu dizi hizalaması
• Matplotlib ile 3 farklı görselleştirme:
  • DP matrisi ısı haritası (traceback yolu ile)
  • UPGMA kılavuz ağacı (dendrogram)
  • Renkli hizalama tablosu (korunmuş pozisyonlar vurgulanır)

Parametreler

Parametre	Açıklama	Varsayılan
match	Eşleşme skoru	+1
mismatch	Uyumsuzluk cezası	-1
gap	Boşluk cezası	-2
visualize	Grafikleri göster	True
save_figures	Grafikleri kaydet	False

Algoritma

1. Her dizi çifti için Needleman-Wunsch → mesafe matrisi
2. UPGMA algoritması → kılavuz ağaç
3. Progressive Alignment → final MSA

Lisans

MIT