edman-cli 2025.1.31

Sub-package of edman for cli applications and scripts.

EDMAN(KEK IMSS SBRC/PF Experimental Data Management System)用のコマンドラインスクリプト。

コマンドとしてインストールされます。

Requirement

• pymongo

• python-dateutil

• jmespath

• edman

Scripts Usage

コマンドとしてインストールされます

◯スクリプトで使用するクエリについて

検索用クエリ

検索の際はMongoDB(pymongo)のフィルタ形式で指定します

クエリ形式は “{フィルタ条件}”

MongoDB参照: https://www.mongodb.com/docs/manual/reference/method/db.collection.find/

pymongoのfind参照: https://pymongo.readthedocs.io/en/stable/api/pymongo/collection.html

階層指定クエリ

emb(Embedded)形式でデータが入っている場合は下記のようなクエリで指定します

構造上、embの時はクエリを使用しなければデータに到達できません

例:

{
    "collectionA":[
        {
            "collectionB":{"data1":"value1"}
        },
        {
            "collectionC:{
                "data2":"value2",
                "CollectionD":{
                    "data3":"value3",
                    "data4":"value4"
                }
            }
        }
    ]
}

・data4を消したい場合

“[‘collectionA’, ‘1’, ‘collectionC’, ‘collectionD’]”

リストで消したい項目の直近の親までを指定する

データが複数あり、リストで囲まれていた場合は添字を数字で指定

◯型変換について

・DB内のすべてのコレクションが変換されます

・DBにあってJSONファイルにないキーは無視されます

・型一覧にない型を指定した時はstrに変換します

・型一覧:

[int,float,bool,str,datetime]

・値がリストの時

・双方どちらかがリストでない時は無視

・JSON側が単一、DB側が複数の時は単一の型で全て変換する

JSON:[‘str’]

DB:[‘1’,’2’,’3’]

・JSON側よりDB側が少ない時はJSON側は切り捨て

JSON:[‘str’、’int’, ‘int’]

DB:[‘1’,2]

・JSON側よりDB側が多い時は、リストの最後の型で繰り返す

JSON:[‘str’、’int’]

DB:[‘1’,2,3,4,5]

・型変換用のJSON例:

{
    "コレクション名":{
        "キー": "変更する型",
        "キー2": "変更する型",
    },
    "コレクション名2":{
        "キー": ["変更する型","変更する型"],
    }
}

以下のedmanのドキュメントも参照してください

https://github.com/ryde/edman#type-conversion

◯各コマンド

ed_entry: jsonファイルからMongoDBに投入

ed_find: データを検索し、jsonに保存 検索用クエリを使用します

ed_item_delete: データ内の項目を消す embの時、階層指定クエリを使用します

ed_update: データの更新(更新用jsonファイルを用意)

ed_delete: ドキュメントの削除(embは全削除、refは指定したobjectid以下を削除)

ed_file_add: 該当データにファイルを添付する embの時、階層指定クエリを使用します

ed_file_dl: 添付ファイルをダウンロード embの時、階層指定クエリを使用します

ed_file_delete: 添付ファイルを削除 embの時、階層指定クエリを使用します

ed_db_create: データベース及びユーザ作成操作支援用(MongoDBの管理者アカウントが必要)

ed_db_destroy: データベース削除操作支援用(ユーザ削除はソース書き換えが必要)

ed_structure_convert: DB内のembをrefへ変換、またはその逆を行います

ed_pullout: コレクション内のembのキーを指定し、そのキーを含む階層を全てrefに変換します

ed_assign_bson_type: DB内のRefドキュメントに型を適応します

オプションなど詳しくは:

command_name -h

CONFIG FILE

各スクリプトからDBに接続するためには、DBの接続情報が書かれたファイルが必要です

[DB]
# MongoDB default port 27017
port = 27017

# MongoDB server host
host = 127.0.0.1

user = user_name
password = user_password
database = database_name
options = ["authSource=authenticate_database_name"]
# LDAP USER SETTINGS
# options = ["authMechanism=PLAIN"]

上記の内容のファイル、db.iniを作成し、任意の場所に保存してください

DB内にユーザの情報がある場合はauthSourceのauthenticate_database_nameに DBの認証ユーザ名を、 LDAPにユーザ情報がある場合は”authMechanism=PLAIN”を利用してください (上記例はLDAPの場合)

各スクリプトのヘルプを参考にして、引数にこのファイルのパスを指定してください

Install

pip install:

pip install edman_cli

Licence

MIT

PyPI Project

https://pypi.org/project/edman_cli/

Author

[ryde](https://github.com/ryde)