evapro 命令行工具使用说明

安装

pip install evapro

安装成功后会在conda环境的bin下生成evapro主程序，可在命令行直接使用该程序，例如 /seqyuan/Miniconda3/envs/annoeva/bin/evapro

命令列表

初始化数据库

这个命令仅需要程序管理员执行一次！！

evapro init -d /path/to/dbdir

参数说明:

• -d/--syncdbdir: 指定数据库存储目录路径

功能:

1. 创建 syncproject.db 数据库
2. 创建所需数据表
3. 设置数据库文件和目录权限为 777

查看修改配置文件路径

初始化完成后，需要手动修改evapro的配置文件，以使其能够正确访问:

• lims数据库
• annoeva程序
• annoeva配置文件

evapro conf

功能:

1. 显示当前使用的配置文件路径
2. 支持手动编辑配置文件

配置文件内容如下：

syncproject: /path/syncproject.db
# 数据库地址，通过evapro init命令创建的
cronnode: bj-sci-login
# 把项目从lims数据库同步到syncproject.db计划任务的执行节点，这是为了防止多节点执行造成的冲突
syn_lims_time: 2025-05-21 13:56:35
# 上次从lims同步项目的时间，下次会同步这个时间之后创建的项目
annoevaconf: /seqyuan/Miniconda3/envs/annoeva/lib/python3.11/site-packages/annoeva/config/evaconf.yaml
# annoeva的配置文件，这个文件记录的产品类型的项目才会被evapro自动加入到annoeva流水线监控
annoeva:  /seqyuan/miniconda3/envs/annoeva/bin/annoeva
# 流水线程序annoeva的程序路径

# 下面两项是lims数据库的配置，根据实际需要进行修改
cloud_message_info_db:
  host: mysql.rds.aliyuncs.com
  port: 3307
  user: cloud_message
  passwd: 
  db: cloud_message_info
  charset: utf8

lims3_db:
  host: mysql.rds.aliyuncs.com
  port: 3307
  user: 
  passwd:
  db: lims3
  charset: utf8

# 有一些用户的服务器账号和lims数据库记录的生信分析人域控账号不一致，导致不能识别到自己的项目，这项配置记录了服务器账号和域控的对应关系
# 管理员可更新此配置
ADuser:
  yuanzan: zanyuan
  renxue: xueren
  limeng: mengli

同步 LIMS 数据

这个命令是为程序管理员准备

/path/evapro lims2evapro

功能:

1. 从 LIMS 系统同步分析项目数据到本地数据库
2. 建议每4小时执行一次(需配置计划任务)

配置计划任务: 这个命令需要程序管理员加入到crontab计划任务即可实现定时自动从lims数据库导入项目到syncproject.db 数据库。

操作步骤:

1. 执行 crontab -e 打开crontab任务列表
2. 添加以下内容到新的一行(注意修改为实际的程序路径):

0 3 * * * /seqyuan/miniconda3/envs/annoeva/bin/evapro cron

3. 保存退出(:wq)

添加项目到监控系统

这个命令需要项目负责人执行

/path/evapro cron

功能:

1. 检查数据库中的项目
2. 将新项目添加到 annoeva 监控系统，只会添加运行账户的项目到运行账户的annoeva监控

自动计划任务:

• 首次运行evapro程序后，会自动将evapro cron命令添加到运行账户的crontab计划任务列表
• 默认执行频率: 每2小时执行一次

注意事项

重要提示:

1. 初始化时需要确保对指定目录有写入权限
2. 同步 LIMS 数据需要正确配置数据库连接信息
3. 自动设置 777 权限需要目录的属主执行evapro程序